Dans la nuit du 12 au 13, un corps de 15,000 hommes, envoyé par le duc de Guise à travers la Chaussée-d'Antin, acheva de bloquer la Cour, sur toute la rive droite, dans son quartier militaire trop rétréci.
La reine-mère et Villequier exhortèrent Henri III à sortir du Louvre pour se montrer au peuple; ils assuraient qu'éblouis de l'éclat de la majesté royale, les mutins le respecteraient et rentreraient dans le devoir.
Le roi, qui ne manquait pas de courage, trouva ce conseil trop téméraire; il ne jugea pas à propos d'exposer sa réputation, sa dignité, et peut-être sa vie, à la discrétion de cette multitude déchaînée.
Faute d'approvisionnements de vivres et de munitions, dans le Louvre, la défense y était impossible.
Le 13 mai, au matin, tandis que la reine-mère était venue écouter les arrogantes propositions du duc de Guise, Henri III sortit par la porte neuve du pont Royal, jurant de ne rentrer dans sa capitale que par la brèche, et de la mettre hors d'état de se révolter désormais. Le duc de Guise ne put déguiser son dépit et ses craintes, en apprenant que le roi s'était soustrait à la révolte pour mieux la combattre. Cette nouvelle inattendue, modifiant tout à coup ses projets, frappa un moment d'indécision et de découragement ce chef, jusque-là toujours maître de lui-même.
Henri III, bientôt suivi des gardes françaises et des suisses, coucha à Rambouillet; il fut le lendemain rallier, à Chartres, son gouvernement et ses moyens de répression.
Cette victoire inespérée des milices urbaines sur des troupes aguerries surprend les deux partis dans l'incertitude; la reine-mère et la régente restent au Louvre pour tenter encore de profiter de ce moment de stupeur; néanmoins, la capitale, compromise plus qu'elle ne l'avait voulu, rejette l'autorité royale et délègue tous pouvoirs au conseil secret des Seize. Guise, peu confiant dans la masse des émeutiers, organise aussi bien que possible ses partisans les plus éprouvés en deux régiments; il se hâte de prendre Saint-Cloud, Lagny, Charenton, Pontoise, d'occuper Corbeil et Troyes, pour prévenir le blocus de la capitale dans la lutte longue et sérieuse à laquelle, dès ce moment, il croit devoir s'attendre. Il ne partage aucune des illusions de l'anarchie, et, pour ne pas échouer, s'efforce d'organiser, en dehors d'elle, des ressources de guerre plus réelles et moins ingouvernables.
En juin, le roi s'établit à Rouen, en septembre à Blois, où les États-Généraux furent convoqués. Le 14 août, à l'instigation des deux reines restées à Paris, le duc de Guise fut nommé lieutenant-général du royaume, mesures de conciliation qui restèrent sans résultat.
En juillet 1589, les rois de France et de Navarre, après avoir pris Gergeau, Pithiviers, Étampes, Pontoise, réunirent, à Saint-Cloud, 42,000 hommes dont 15,000 suisses amenés par Sancy.
Henri III s'établit au nord de la Seine, le roi de Navarre au midi, pour attaquer, le 2 août, Paris et les 8,000 hommes de Mayenne, également découragés; mais le 1er août, au matin, le roi était assassiné.