La Cour de Naples ne s'en émut pas au point de suspendre les scandales qu'elle donnait à l'Italie. Un officier de la marine anglaise, nommé Horace Nelson, et qui commandait alors le vaisseau l'Agamemnon, de station dans le port de Naples, ayant été invité à une fête s'attira toutes les bonnes grâces de lady Hamilton, et fut bientôt son amant. Personne ne se serait imaginé qu'il allait devenir le premier amiral de l'Angleterre et remporter sur nous les succès meurtriers d'Aboukir et de Trafalgar. À ce moment il ne songea qu'au plaisir de posséder une femme qui faisait le désir universel.
Aux bruits des victoires du général Bonaparte, on commença de s'inquiéter de l'avenir; et une lettre confidentielle, adressée par la reine d'Espagne à Marie-Caroline, ayant été communiquée à lady Hamilton, apprit à l'ambassadrice d'Angleterre le véritable motif de l'expédition d'Égypte. Elle en informa sur le champ le cabinet de Saint-James, qui nomma Nelson au commandement de l'escadre envoyée pour nous barrer le passage.
À son retour d'Aboukir, Nelson fut accueilli en héros par la reine et par lady Hamilton qui, dès lors, conçut pour lui la plus violente passion. Des fêtes triomphales furent célébrées à Naples, en son honneur: la ville fut pavoisée, lady Hamilton présida en souveraine ces solennités, et depuis cet instant elle remplit les fonctions d'agent secret de l'Angleterre à la cour des Deux-Siciles. Par lord Acton qu'elle maîtrisait, par la reine qui ne savait rien refuser à sa belle amie, et par Nelson qui l'aimait, elle avait entre les mains un pouvoir considérable.
Cependant, mécontent des hostiles manifestations et de l'attitude du gouvernement de Ferdinand IV, le Directoire envoya en Italie quelques milliers d'hommes commandés par les généraux Championnet et Macdonald. En peu de temps, ayant repoussé le général Mack, qui commandait en chef soixante-dix mille Napolitains et sept mille Anglais, le général Championnet gagna les victoires décisives de Nepi, de Civitella et de Capoue, et contraignit le roi Ferdinand à signer un traité de paix dont la première clause était l'expulsion de lord Acton. Obligé de détruire l'insurrection italienne qui conservait des intelligences dans Naples, il entra dans cette ville le 23 janvier 1799 et l'occupa militairement.
Lady Hamilton et la reine qui étaient exécrées durent s'enfuir en toute hâte pour aller rejoindre le roi en Sicile.
Il y eut un épisode terrible dans cette sorte d'évasion.
Il s'agissait de gagner la plage par les caveaux secrets et les souterrains de la Villa-Reale. Déjà des sentinelles françaises s'y trouvaient apostées. L'une d'entre elles, au bruit que fit, en tombant à terre, un plat d'or qu'emportait une fille dévouée à la reine, demanda le: «Qui vive?» Lady Hamilton s'avança seule et, déguisée en camériste, elle imagina, sur le champ (paraît-il), une histoire de rendez-vous avec un officier français, en sorte qu'après quelques pourparlers (que, dans ses Mémoires, elle affirme avoir été très intimes avec ce soldat), la petite troupe, grâce à cette présence d'esprit et à ce dévouement, réussit à s'échapper à bord des vaisseaux de Nelson qui fit voile pour la Sicile. Au retour de Palerme, lorsque le roi Ferdinand rentra dans sa bonne ville de Naples, lady Hamilton donna des ordres sanglants au cardinal Ruffo, l'un de ses fanatiques, et fit exécuter, par des troupes de lazzaroni et de Calabrais, une foule de citoyens soupçonnés d'avoir bien accueilli les Français pendant l'occupation.
Ceci jette une ombre homicide sur Emma Harte. Les débauches pouvaient être, sinon pardonnées par l'histoire, du moins atténuées par l'entraînement des séductions qu'elle exerçait: mais tout le sang qu'elle fit couler, mais le meurtre d'un vieux marin, l'amiral Carracciolo, qu'elle fit pendre à une vergue, sous ses yeux et devant Nelson, uniquement pour se venger de la mésestime où il avait paru la tenir, ceci ne saurait être jugé avec indulgence.
Lady Hamilton avait alors trente-huit ans, elle était dans tout l'éclat de sa souveraine beauté. Les chagrins passés, les durs instants de son enfance, les amères passions et les luttes ambitieuses qui avaient traversé sa jeunesse, les terribles émotions des soudains changements de son sort, rien n'avait altéré le marbre de son magnifique visage. Elle régnait dans la patrie de ses rêves; elle pouvait y vivre en femme adorée de toutes parts; il faut la plaindre de ce qu'elle a préféré se faire maudire.
À dater de ces massacres, d'ailleurs, son existence cesse d'offrir cet attrait de curiosité qu'elle éveille jusqu'à cette époque.