Le pouvoir judiciaire avait à sa tête des syndics ou censeurs, élus par l’assemblée générale et chargés de recueillir les plaintes du peuple contre l’administration de la justice: véritables missi dominici se transportant de piève en piève et rendant des sentences sans appel. Institution excellente qui exerça une influence énorme et bienfaisante sur la pacification des esprits. Paoli, qui ne voulait pas de magistrature vénale, voulait également extirper la vendetta: son premier décret punit de la peine capitale un de ses propres parents; d’où vint l’expression de justice paoline, giustizia paolina.
La justice comprenait trois degrés: les tribunaux des podestats, les tribunaux de province et la rota civile ou cour suprême. Tous les magistrats étaient élus pour un temps limité, à l’exception des membres de la Cour suprême qui étaient nommés à vie. Quand la situation devenait grave, soit par l’imminence d’une offensive génoise, soit par l’annonce des troubles intérieurs, la Consulte ordonnait la formation d’une junte de guerre, dont elle désignait les membres: tribunal d’exception, sorte de cour prévôtale, munie des pouvoirs les plus étendus et pouvant faire exécuter immédiatement ses sentences.
L’élection, la souveraineté du peuple, la séparation des pouvoirs, tels étaient les principes dont s’inspirait cette belle constitution qui devançait celle des États-Unis d’Amérique et celle de la France révolutionnaire. Après quatre siècles de luttes malheureuses, le pavillon national à la tête de Maure flottait librement dans le «royaume» presque entier, à l’exception des ports.
Pourtant les Corses n’étaient pas unanimes dans cet effort d’unité nationale; trop de rivalités féodales subsistaient; entre l’Au-delà et l’En-deçà des ferments de haine subsistaient, que Gênes, suivant sa politique de divisions et de discordes, avait naturellement cultivés et développés.
En septembre 1757, un des notables de l’Au-delà, Antonio Colonna, réunit une consulte des gens du Talavo, Ornano, Rocca et Istria, et leur fit adopter les propositions suivantes: «Que tous les peuples de l’Au-delà-des-monts affirment vouloir vivre et mourir en union avec l’En-deça en ce qui est de l’exécration du nom génois, mais déclarent une séparation formelle pour ce qui regarde le gouvernement économique..., qu’il soit créé un Conseil d’Etat composé d’un président et de huit conseillers en qui résidera l’autorité suprême, pour ce qui concerne le gouvernement politique.» Schisme possible où la Corse risque de perdre son indépendance enfin recouvrée, jalousie que nous retrouvons à l’origine de toutes les démocraties. Ayant vu le danger, Paoli sut y parer avec son énergie habituelle. Il part pour l’Au-delà, visite Sari, Mezzana, Cauro, l’Ornano et l’Istria, réunit à Sari le 10 décembre 1757 une consulte pour les pays de Cinarca, Celavo, Cauro, y établit un tribunal provincial sur le modèle de ceux qui fonctionnaient de l’autre côté des monts. A Olmeto, il réunit une consulte des régions de l’Istria et de la Rocca, installe aussi une magistrature provinciale et en fait donner la présidence à Antonio Colonna. Ainsi, «au lieu d’essayer d’abattre celui qui se dressait contre lui dans une étroite conception de particularisme provincial et peut-être aussi de rivalité personnelle, il se montre au peuple, prêche aux chefs l’union contre l’ennemi commun, leur fait comprendre qu’il n’est pas leur chef mais leur ami et les invite à collaborer avec lui dans la lutte pour la liberté». Peu après (juillet ou août 1758), il propose à Colonna de prendre, avec l’assentiment du peuple, le titre de «commandant de-l’Au-delà-des-monts»—et Colonna devient le plus vaillant adversaire de l’influence génoise dans le fief d’Istria dont les seigneurs ont récemment poussé les habitants à se proclamer indépendants du gouvernement de Paoli et fidèles à la République (19 mai 1758).
Le 24 décembre de l’année suivante, Paoli délègue son autorité à un notable de Levie, nommé Peretti, afin que celui-ci maintienne l’autorité de la nation dans la province de la Rocca, un peu éloignée du gouvernement central. Il écrit: «Jusqu’à ce que le gouvernement provincial soit mieux établi dans la province de la Rocca, nous avons cru utile, en vertu des présentes, de vous concéder toute faculté de pouvoir commander ses troupes et nous voulons que dans cette région vous soyez obéi en notre place par les commissaires des pièves et les capitaines et lieutenants d’armes des paroisses de cette province...» Ne fallait-il pas, en effet, prouver à ces provinces lointaines, un peu portées à se croire abandonnées, la sollicitude constante du gouvernement? Ne fallait-il pas ménager la susceptibilité «pomontiche» et montrer que les citoyens corses ne devaient être distingués que par leur plus ou moins grand attachement à la cause de la patrie? Aussi le résultat ne se fait-il pas attendre: le 23 août 1760, toute la Rocca se déclarait contre les Génois dans une assemblée où les chefs des communes signèrent un acte d’adhésion au gouvernement national.
Depuis cette époque, il n’y eut plus en Corse de mouvement séparatiste. Paoli qui, le 3 septembre 1755, écrivait au président Venturini: «Mon objet n’est que d’unir nos peuples, afin que tous de concert soutiennent les droits de la patrie», avait atteint son but: tous les Corses collaboraient avec lui pour le bien de la patrie.
Les Génois, expulsés de l’intérieur de l’île, ne tenaient plus que dans les forteresses du littoral, où les nationaux les bloquaient de près. A Ajaccio, par exemple, il existe un parti paoliste extrêmement fort, à la tête duquel se trouvent les Masseria, Santo et Annibalo Folacci, Marc-Aurelio Rossi, Giambattista Pozzo di Borgo, le chanoine Levie, l’abbé Moresco, l’abbé Carlo Felice Pozzo di Borgo, Girolamo Levie, le chanoine Susini, etc. Ils ne négligent aucune occasion de manifester au général leur loyalisme, et Paoli répond en accordant aux Ajacciens les mêmes droits qu’aux autres Corses devant les tribunaux et en les autorisant à circuler dans l’île sans passeport. Les Ajacciens reconnaissants composent en l’honneur de Paoli une chanson où Gênes était malmenée. Le refrain surtout exaspérait le commissaire génois:
Hai la stizza, ti vorra passa:
Paoli è a Murato è ti casticarà.
«Tu es en colère, ça te passera: Paoli est à Murato et te châtiera.»