Mais Paoli ne peut triompher seul dans une île livrée à l’anarchie des partis. Pour rompre l’unité du mouvement séparatiste, la Convention divise l’île en deux départements, le département du Golo et le département du Liamone (11 août 1793). Commissaire du Conseil exécutif, Joseph Bonaparte essaie d’animer sa patrie de l’esprit révolutionnaire et, pour cela, de «l’inonder de lumières». Il agit de loin, n’ayant pu dépasser Toulon, et il a pour collègue, dans cette «mission de fraternité et d’instruction», le fameux Buonarroti, dont le rôle en Corse n’a pas encore été suffisamment étudié. Cependant l’amiral Hood répond aux sollicitations de Paoli, et Nelson, alors capitaine de vaisseau, apparaît dans les eaux corses. Successivement le commandant bloque Calvi, débarque à Saint-Florent, dont il brûle la campagne, détruit les barques et les approvisionnements de Centuri, Macinaggio, Lavasina, Miomo et jette l’ancre enfin devant Bastia le 19 février 1794.
Sur la ville de Bastia et sur le siège qu’elle eut alors à subir, la correspondance de Nelson fournit des renseignements précis et curieux. C’était alors une grande cité, peuplée de 15.000 habitants, avec une belle jetée pour les navires. Elle est défendue par 6 forts détachés et une citadelle avec 20 embrasures; il y a 62 canons montés, en plus des mortiers, et une garnison de 4.500 hommes. Mais Nelson croit pouvoir compter sur le soulèvement des Paolistes, qui se sont fortifiés à Cardo. De plus, dès le 18 mars, la disette des vivres se fait sentir: «un petit pain se vend 3 livres»; et tandis que s’épuisent les munitions et les vivres, Nelson, dont la flotte est renforcée par 7 navires que lui envoie l’amiral Hood, multiplie les batteries et rend le blocus de plus en plus rigoureux. «Nous l’emporterons, écrit-il le 26 mars, il le faut, ou quelques-unes de nos têtes seront couchées bas.» Il a d’ailleurs compris toute l’importance stratégique de la Corse: «Cette île doit appartenir à l’Angleterre pour être régie par ses propres lois, comme l’Irlande, avec un vice-roi et des ports libres...; elle commandera la Méditerranée.»—L’héroïsme des assiégés fut à la hauteur des circonstances. Le représentant en mission, Lacombe Saint-Michel, aidé du maire Galeazzini et des généraux Rochon et Gentili, sut organiser une résistance opiniâtre: «J’ai des boulets rouges pour vos navires, déclarait-il fièrement à l’amiral Hood, et des baïonnettes pour vos troupes. Quand les deux tiers de nos hommes auront été tués, alors je me fierai à la générosité des Anglais.» Pourtant il fallut capituler le 22 mai: il ne restait plus que quelques jours de vivres; les assiégés avaient eu 203 tués et 540 blessés.
Maîtres de Bastia, les Anglais étaient maîtres de la Corse. Il ne leur restait plus qu’à s’emparer de Calvi. Il y fallut un siège qui dura du 19 juin au 10 août 1794 où s’illustra Abbatucci et où Nelson eut l’œil droit «entièrement fendu». Le 10 juin 1794 une consulte, convoquée à Corte par Paoli, rompit tout lien avec la France et, huit jours après, Charles André Pozzo di Borgo y faisait acclamer une constitution anglo-corse reconnaissant comme suzerain le roi d’Angleterre; sir Gilbert Elliot l’accepta au nom de George III. Le Parlement corse issu de cette constitution se réunit le 1ᵉʳ février 1795 à Bastia, et offrit la présidence à Paoli qui refusa pour ne pas troubler le fonctionnement du régime nouveau. Mais sa personnalité demeurait redoutable et Morosaglia devint bientôt le rendez-vous des mécontents. L’Angleterre prit peur et l’invita à quitter la Corse. Paoli hésita. Craignant de faire renaître la guerre civile, et d’ailleurs hors d’état de résister longtemps, il céda. Le 14 octobre 1795, il s’embarquait à Saint-Florent et partait pour Londres où il devait mourir en 1807.
Son départ ne rendit pas la sécurité aux Anglais pas plus que les glorieuses croisières de Nelson au nord du Cap Corse. Tout cela ne pouvait empêcher les victoires continentales de la France de produire leurs résultats. Quand l’Italie du Nord eut été conquise par Bonaparte, le général Gentili reparut à Livourne et, avec un millier de Corses, se prépara à revenir combattre dans sa patrie. Nelson fut chargé de bloquer le port italien pour empêcher ce projet d’aboutir. Il avait réussi à merveille, s’était emparé des îles d’Elbe et de Capraja, lorsque, au mois d’octobre 1796, le gouvernement anglais décida d’évacuer la Corse. Nelson dut se rendre à Bastia, où il recueillit le vice-roi avec la garnison anglaise. Il intimida à tel point par ses menaces les habitants de la ville et la petite troupe de Gentili, débarquée près de Rogliano, qu’il put emporter tout ce qu’il voulut. Le 20 Octobre il s’embarquait le dernier, abandonnant cette île qu’il avait contribué à conquérir et où il avait commencé cette carrière glorieuse qui devait finir à Trafalgar en 1805.
Du quartier général de Modène, Bonaparte, général en chef de l’armée d’Italie, expose aux citoyens directeurs, le 26 vendémiaire an V (17 octobre 1796), quelques idées sur la Corse: «La Corse, restituée à la République, offrira des ressources à notre armée et même un moyen de recrutement à notre infanterie légère.» Saliceti est envoyé dans l’île pour proclamer l’amnistie et réaliser l’apaisement; mais le gouvernement sent le danger de laisser tous les pouvoirs «entre les mains d’un homme né dans le pays, ayant des injures personnelles à venger et qui, en supposant même qu’il restât impartial dans le maniement des affaires, ne pourrait jamais persuader à ses compatriotes qu’il le fût réellement». Le Directoire lui adjoint Miot de Melito, un ancien fonctionnaire de la Guerre, délégué auprès du grand duc de Toscane. Joseph Bonaparte l’accompagne et lui sera «d’un précieux concours». Là où Saliceti—u compatriottu—a échoué, Miot—u francesi—va réussir. Il débarque à Erbalunga le 22 décembre 1796, parcourt le pays, réprime les insurrections, organise les deux départements du Golo et du Liamone, nomme les commissaires du pouvoir exécutif, met le pays sous l’empire de la constitution de l’an III et regagne le continent (29 nov. 1797). Mais l’adjudant-général Franceschi, dont Miot a fait son aide de camp, constate que l’esprit public a été complètement corrompu par les Anglais. Une véritable croisade est fomentée par les prêtres au couvent de San Antonio en Casinca: ils ont persuadé aux insulaires que les Français «nient Dieu et veulent abolir la religion». Une foule d’hommes portant à leurs coiffures une petite croix blanche—la Crocetta,—sèment la terreur et la destruction dans les cantons de Moriani de Casinca et d’Orezza, n’épargnant à Ampugnani que la maison du curé Sebastiani (l’oncle du général), connu pour sa haine des Français.
Quand le bruit de cette insurrection, qui fut réduite dans le sang par le général de Vaubois, parvient à Paris, le 18 brumaire est fait. Saliceti lutte en vain contre les troubles du Fiumorbo et de la Balagne: il multiplie les commissions militaires et frappe le pays d’une contribution de guerre de deux millions. C’est l’anarchie: l’île tombe au pouvoir du général Ambert. Enfin Miot est renvoyé en Corse avec mission de rétablir la paix et de régénérer le pays. Il débarque à Calvi le 25 mars 1801. Joseph Bonaparte l’accompagne, Lucien cède 6.000 volumes pour la Bibliothèque d’Ajaccio. Un pépiniériste en vogue, Noisette, fonde les jardins botaniques d’Ajaccio et de Bastia. La culture du coton est inaugurée, et celle de la cochenille. Miot prend des arrêtés restés célèbres où il atténue certains droits de douane, d’enregistrement et de succession. Il supprime totalement les taxes des contributions indirectes. Pour mieux lutter contre le banditisme, il suspend l’exercice de la constitution et, supprimant l’institution du jury, il forme un tribunal exceptionnel. La ville d’Ajaccio est embellie et agrandie: sur l’emplacement des anciennes fortifications abattues, un quartier nouveau s’élève. Quittant le pays le 24 octobre 1802, Miot pouvait déclarer au premier consul qu’il laissait le pays «généralement tranquille, affectionné au gouvernement et jouissant de l’avantage des améliorations qu’il vous doit».
Mais il faut des mesures exceptionnelles pour guérir la Corse de ses maux séculaires: une justice rapide et impartiale, une dictature militaire. Et les consuls nomment en Corse le général Joseph Morand (22 juillet 1801), investi des pouvoirs les plus étendus. Morand fait une levée générale de troupes, prohibe les ports d’armes de la façon la plus absolue. Mais il rencontre des obstacles de la part des autorités constituées—Pietri, préfet du Golo, Arrighi, préfet du Liamone, Casabianca, titulaire de la sénatorerie de la Corse. Il se heurte surtout à la méfiance, à la colère des Corses qui le calomnient et essaient d’obtenir sa destitution. Il reste fidèle à sa mission, dénonce l’existence du Comité anglo-corse d’Ajaccio et réprime cruellement la conspiration de 1809 dont beaucoup l’ont accusé d’avoir exagéré l’importance. En 1811, il remédie à la famine que de mauvaises récoltes ont déterminée dans l’île, ordonnant que tous les approvisionnements de l’armée contenus dans les vastes magasins de la guerre, à Bastia, à Ajaccio, à Calvi, à Bonifacio, à Corte, soient mis à la disposition des habitants à titre remboursable, signalant au gouvernement les misères des Corses «qui se nourrissent d’herbes des champs» et appelant sur eux, par de pressantes correspondances, les secours de la métropole. Fonctionnaire énergique, d’une implacable sévérité, mais administrateur éminent, il ne mérite pas la réprobation dont les Corses l’ont accablé. Le général Berthier, qui le remplace (1811-1814), se brouille avec Bastia en organisant l’unité administrative de l’île dans un seul département avec Ajaccio pour chef-lieu (19 avril 1811).
L’empereur n’a cessé de s’occuper de son pays et sa correspondance en fait foi. Il porte son activité sur toutes les branches de l’administration: justice et finances, armée de terre et marine, commerce, travaux publics, agriculture, organisation de la police. Il veut à la tête des services des hommes qui connaissent le pays et la langue. Il essaie d’établir à Ajaccio «une fabrique de briques et une poterie pour le menu peuple, afin qu’il ne soit pas pour ces objets tributaire des Génois». Il se préoccupe du développement économique de l’île. Il y songe à Paris, à Fontainebleau, à Compiègne, à Saint-Cloud; il y songe également sur les chemins de l’Europe, à Strasbourg, à Potsdam, à Schœnbrunn, à Dresde. Il encourage la culture du coton; il s’intéresse à l’établissement de hauts fourneaux destinés à employer le minerai surabondant de l’île d’Elbe. Il s’occupe d’une manière spéciale, surtout à partir de 1810, de la réorganisation financière du pays et de l’exploitation de ses forêts.
Le temps manqua à Napoléon pour accomplir en Corse ses généreux projets. Trop souvent aussi il lui manqua le concours loyal et désintéressé des chefs de services, qui détournaient à leur profit ou faisaient servir à d’autres usages les fonds envoyés pour améliorer la situation de l’île.
Il n’eut pas non plus la population corse avec lui. A la nouvelle de l’abdication de Fontainebleau, personne ne songea à se soulever en sa faveur. Le 28 avril, le préfet du Liamone, Arrighi, se rallie aux Bourbons; le maire, François Levie, fait hisser «le cher drapeau des lis» sur le clocher de la cathédrale et la mairie est illuminée pour saluer le retour «des rois légitimes». Un buste en marbre de l’empereur, donné en 1806 par le cardinal Fesch à la ville d’Ajaccio, est livré à la foule qui le précipite à la mer. On n’a que mépris contre ce bastardino, dont il faut effacer jusqu’au souvenir: les rues de la ville prennent des noms royalistes. Bastia ouvre ses portes aux Anglais, mais ceux-ci ne font en Corse qu’une courte apparition et le traité de Paris la rendit à la France. Bonapartistes aux Cent Jours, les Corses redeviennent royalistes avec le retour de Louis XVIII.