Pendant le procès auquel cette affaire donna lieu, les hommes anciennement attachés au parti de Robespierre, furent surveillés de très-près. David eut particulièrement à supporter quelques épreuves d'autant plus pénibles pour lui, qu'elles réveillèrent le souvenir d'un temps de sa vie qu'il cherchait à faire oublier, et que sa position fausse ne lui permit pas en cette occasion de tenter, pour sauver son élève Topino de la mort, tous les efforts qu'il aurait désiré faire.
Le complot d'assassinat contre le premier consul devait recevoir son exécution à l'Opéra, le jour de la première représentation des Horaces, dont la musique avait été composée par un Italien nommé Porta, auquel David avait donné asile dans sa maison. Ce pauvre musicien, désirant assurer le succès de son ouvrage, avait mis à la disposition de David un assez grand nombre de billets pour être distribués à ses élèves. Obligé de faire un voyage en campagne, David remit les billets à Alexandre, en le priant de les distribuer entre ses camarades. Cette circonstance força David et Alexandre de comparaître au tribunal comme témoins à décharge pour Topino, qui, en effet, avait réclamé et reçu une portion des billets. Alexandre fit une déposition insignifiante et évasive; quant à la déclaration de David, elle porta entièrement sur le mérite de Topino comme artiste, et il n'y fut rien dit touchant les opinions et la moralité de l'accusé. En effet, l'embarras du nouveau courtisan de Bonaparte devait être grand dans cette circonstance, puisqu'il fallait se taire ou condamner en Topino un crime politique que lui David avait commis, quelques années avant, envers la personne de Louis XVI.
L'échauffourée de Ceracchi et de Topino contraria donc beaucoup ceux des anciens partisans de Robespierre qui fréquentaient alors la cour du premier consul; et, pour dire la vérité, il est vraisemblable que, soutenus tout à la fois par l'opinion publique qui faisait bon marché de ces derniers Brutus, et par la volonté de Bonaparte très-disposé à s'en défaire, les républicains convertis prirent assez tranquillement la sentence qui condamnait à mort des extravagants toujours prêts à troubler le repos que beaucoup d'entre eux commençaient à trouver assez doux. Rien n'est plus gênant pour un parti vaincu et qui a capitulé que la persévérance de ceux qui préfèrent mourir plutôt que de se rendre.
Cependant la haute destinée de Bonaparte allait s'accomplir. Déjà maître de la France au moment où il venait de préluder au rétablissement des idées monarchiques en instituant l'ordre de la Légion d'honneur, il n'était plus indécis que sur le titre qu'il devait prendre. Se ferait-il roi ou empereur? telle était la question qu'il se posait à lui-même et qu'il eut l'art de faire agiter à chacun. Mais si l'on disputait encore sur le titre, on s'accordait sur la nature du pouvoir, surtout depuis que, par une combinaison aussi habile que hardie, le chef de l'armée et de l'État, le premier consul, sous prétexte de récompenser les services militaires et civils, mit sur la poitrine de ses compagnons d'armes, et sur celles des royalistes et des républicains qui s'étaient rangés sous sa protection, un signe uniforme qui ne fit qu'un corps de ces éléments divers.
La satisfaction tant soit peu puérile avec laquelle David porta toute sa vie l'étoile de la Légion d'honneur est un trait qu'il faut ajouter à tout ce que l'on sait déjà des opinions contraires qui ont traversé en tout sens l'esprit de cet artiste. Ainsi que ceux qui désiraient alors voir le premier consul monter sur le trône impérial, David invoquait l'exemple de Charlemagne entouré de ses preux; et les républicains convertis, surtout, trouvaient naturel et juste qu'à une dynastie épuisée comme celle des Bourbons, en succédât une nouvelle, et qu'enfin le nouveau chef de race s'entourât d'une noblesse choisie parmi les hommes qui s'étaient rendus utiles par leur valeur et par leurs talents.
Parmi les causes secondaires qui ont facilité l'élévation de Napoléon au trône, cette idée fut peut-être l'une des plus puissantes; car il n'y eut pas un de ceux qui le saluèrent empereur qui ne se flattât au fond de l'âme de devenir un jour ou l'autre duc, comte ou au moins baron de l'empire.
Enfant de la révolution, Napoléon devenu empereur établit l'équilibre dans sa cour en partageant ses faveurs entre les hommes dont les principes étaient le plus opposés. D'un gentilhomme de l'ancien régime il fit un chambellan, tandis qu'il nomma le collègue, l'ami de Robespierre, son premier peintre; car peu après que Napoléon eut été proclamé empereur, David reçut avec une reconnaissance respectueuse cette distinction, contre laquelle il s'était élevé avec tant de véhémence autrefois.
Avant même que la cérémonie du couronnement eût eu lieu, l'impatient Napoléon fit venir son premier peintre et lui commanda quatre grands tableaux destinés à la décoration de la salle du trône: 1° le Couronnement de Napoléon; 2° la Distribution des aigles au champ de Mars; 3° l'Intronisation de Napoléon dans l'église de Notre-Dame; 4° l'Entrée de Napoléon à l'hôtel de ville. Cet ordre de l'empereur remplit de joie le cœur de David, et l'artiste était si impatient d'obéir à son nouveau maître, qu'une semaine était à peine écoulée que l'idée des quatre compositions était déjà dessinée sur le papier.
L'histoire de Charlemagne et de ses preux, à laquelle on avait donné du retentissement dans le public pour ramener les esprits aux habitudes monarchiques, quand Bonaparte voulut passer de la dignité de consul à celle d'empereur, ne fut pas sans influence sur la réaction qui se déclara alors contre le mode sévère de peinture que David avait adopté; et en effet, c'est particulièrement à compter de cette époque, 1803, que les idées chevaleresques et les sujets tirés de l'histoire moderne ayant été remis en vogue, un certain nombre d'artistes abandonnèrent le musée des Antiques du Louvre pour fréquenter celui des Petits-Augustins.
L'Assemblée constituante, après avoir décrété que les biens du clergé appartenaient à la chose publique, avait encore chargé son comité d'aliénation de veiller à la conservation des monuments des arts recueillis dans les établissements religieux. M. de la Rochefoucauld, président de ce comité, désigna des savants et des artistes pour procéder au choix des monuments et des livres qu'il importait de conserver. La municipalité de Paris, spécialement chargée de l'exécution de ce décret, nomma aussi d'autres savants, d'autres artistes pour les adjoindre aux premiers. Ainsi réunis, ces savants formèrent une commission des monuments. On chercha un endroit convenable pour recevoir les objets précieux que l'on désirait préserver de la destruction, et le comité d'aliénation choisit l'église, le cloître et le jardin des Petits-Augustins pour y placer les monuments de sculpture et les tableaux, dont la conservation fut confiée à Alexandre Lenoir, en janvier 1791. Telle fut l'origine du Musée des monuments français, qu'un sentiment religieux mal entendu fit détruire pendant la restauration.