Heureusement, Robespierre, Saint-Just, Couthon, Carnot veillaient au Comité de salut public; les volontaires accouraient aux armées; de jeunes généraux comme Hoche et Marceau remplaçaient aux frontières les Dumouriez et les Custine, conspirateurs royalistes; heureusement, surtout, le hasard fit que les canons de la République, devant Toulon et la flotte anglaise, furent confiés à un jeune artilleur inconnu, Napoléon Bonaparte.
La ville traîtresse était occupée par une tourbe exotique venue, comme à la curée, de tous les ports du littoral: des Espagnols, des Napolitains, des Sardes, des Maltais. Le pape avait envoyé des moines chargés de fanatiser la population. C'était la Vendée du Midi. Une Vendée pire que celle de l'Ouest: les rebelles ayant la route de la mer pour recevoir des renforts et, au milieu d'eux, les troupes anglaises.
L'armée républicaine était divisée en deux corps séparés par le mont Pharon; l'enthousiasme, l'inexpérience, la bravoure et l'indiscipline se rencontraient, dans le mélange tumultueux de ces bataillons improvisés, qui furent le noyau de la future armée d'Italie.
Le commandement était échu un peu au hasard. De simples soldats devenaient généraux en une semaine. Le général en chef était un mauvais peintre, pire militaire, Carteaux. Le médecin Doppet et le ci-devant marquis Lapoype étaient ses seconds. Cette bigarrure s'expliquait par la désertion et l'émigration de presque tous les anciens officiers, appartenant à la noblesse.
Les commissaires de la Convention, Salicetti, Fréron, Albitte, Barras et Gasparin, se multipliaient, enflammant le zèle des chefs, haranguant les soldats, et décrétant la résistance, en attendant la victoire.
Le siège se prolongeait. Les gorges d'Ollioules, les défilés avoisinant Toulon, avaient été emportés, mais la place tenait toujours, défendue par de formidables ouvrages. Les sièges réclament de l'expérience militaire, de la science et des qualités de sang-froid qui faisaient défaut aux chefs comme aux soldats de cette armée, formée de la veille. Carteaux, le général en chef, ne connaissait même pas la portée d'une pièce d'artillerie.
Le hasard lui amena Bonaparte. Se rendant d'Avignon à Nice, Bonaparte s'arrêta à Toulon pour faire visite à son compatriote le représentant Salicetti.
Celui-ci le présenta à Carteaux, qui, avec une satisfaction réelle, quêtant un compliment, s'empressa de montrer à l'officier d'artillerie ses batteries. Bonaparte ne put que hausser les épaules; les pièces étaient si mal placées que les boulets destinés à atteindre la flotte anglaise n'allaient pas jusqu'au rivage.
Carteaux se retrancha derrière la mauvaise qualité de la poudre, mais Bonaparte n'eut pas de peine à démontrer l'inanité de l'explication. Les représentants, frappés de ses raisonnements, lui confièrent aussitôt la direction des opérations du siège.
En quelques jours, avec une activité prodigieuse, il fit venir du matériel, des pièces, des officiers, de Lyon, de Grenoble, de Marseille. Il sentait qu'il était inutile de faire un siège en règle. Si l'on parvenait à forcer l'escadre anglaise à s'éloigner de Toulon, la ville bloquée se rendrait. Il fallait donc s'emparer d'un point, d'où l'on pût battre la double rade, le promontoire de l'Eguillette. «Là est Toulon!» dit Bonaparte, avec la vision du génie. Il s'empara en effet du fort de l'Eguillette; la flotte anglaise mit à la voile, et Toulon se rendit. La coalition était vaincue. Le Midi ne connaîtrait point la Vendée, et Bonaparte entrait dans l'histoire, victorieux et tout surprenant de génie. Il fut fait général d'artillerie et envoyé à Nice au quartier général de l'armée d'Italie, commandée par Dumerbion.