D'Angoulême, où il avait été détaché, il passa à Rome où, à la suite d'actes d'insubordination affichant son désaccord avec le général Miollis, il fut révoqué.
Cette mesure ne fut point pour calmer ses idées de rébellion. Il voua une haine vigoureuse à l'Empereur. Il chercha donc avec une tenace patience à profiter de tous les événements, à les susciter s'il était possible, à les supposer au besoin, pour s'emparer de l'armée, soulever le peuple et renverser son ennemi.
Cette haine, plus que le passé de Malet, explique ses sentiments républicains qui sont incontestables, quoiqu'il ait cherché des alliés parmi les royalistes.
Il tenta, comme nous l'avons vu, en 1807, avec le comité de la rue Bourg-l'Abbé dont le jacobin Demaillot était le mineur, de détrôner Napoléon. Son plan consistait à profiter de l'éloignement de l'Empereur, pour répandre le bruit de sa mort. Le complot fut dénoncé et Malet ne tarda pas à être emprisonné.
Nous avons reproduit la lettre, pleine de soumission, par laquelle il demandait sa grâce à l'Empereur, offrant de quitter la France et d'aller vivre de l'existence du colon à l'île de France.
A la suite de la démarche faite par Renée, accompagnée de La Violette, et sollicitant, à Saint-Cloud, la grâce de Malet et du major Marcel, compromis dans son complot, l'Empereur avait accordé remise de sa peine au major et autorisé Malet à séjourner dans la maison du docteur Dubuisson.
C'est là que nous le retrouvons le jeudi 22 octobre 1812,—le jour même, à jamais tragique, où Napoléon évacuait Moscou et commençait, avec la Grande Armée en haillons, la sinistre étape dans les neiges.
Malet, même en prison, n'avait pas cessé de conspirer. En 1809, il avait voulu recommencer sa tentative, c'est-à-dire répandre le bruit que l'Empereur avait été tué à Wagram; puis, à la faveur du désarroi général, marcher sur Notre-Dame,—il avait choisi le 29 juin, où l'on y célébrait un Te Deum. Là, il se serait emparé des autorités civiles et militaires rassemblées pour la cérémonie. Un Italien nommé Sorbi, détenu avec lui à la Force, avait surpris en partie son plan. Malet conçut des doutes sur la fidélité de cet homme. Il donna contre-ordre à ses affidés. Le Te Deum de Wagram se passa donc sans incidents.
Ce conspirateur opiniâtre avait une idée fixe: profiter de la stupeur qui suivrait la nouvelle de la mort de l'Empereur, brusquement proclamée, et se rendre maître, à la faveur de la confusion universelle, de divers postes et du suprême pouvoir militaire. Il évoque ainsi la physionomie sombre et restée quelque peu mystérieuse d'un autre prisonnier d'État, Auguste Blanqui, comme lui cherchant le renversement du pouvoir par des coups de surprise, des émeutes faites à petit nombre, et l'usurpation des ministères, de l'Hôtel de ville, de la police, soit par la force, soit à l'aide de faux cachets et d'actes fabriqués.
Malet a-t-il conspiré seul, en 1812, avec les quelques compagnons qui figurèrent à son procès; ou bien était-il soutenu par des complices puissants, restés secrets et indemnes? Comptait-il sur l'appoint de ce qui restait des Philadelphes, sur le secours immédiat des officiers révoqués partageant ses rancunes et n'attendant qu'une occasion de se jeter dans une insurrection? Tout porte à le croire, mais la preuve historique de cette double complicité n'a pas été faite, et l'on ne peut, en toute sécurité, donner à Malet d'autres auxiliaires que ceux qui furent connus par la suite.