Le plan de Rostopchine s'accomplit. Bientôt les flammes de tous côtés surgirent, disputant aux Français le sol sacré.
Rostopchine, par la suite, a repoussé l'honneur de cet acte d'héroïsme sauvage qui servit la Russie et perdit Napoléon.
Les preuves surabondent cependant pour démontrer que l'incendie fut non pas accidentel, ni mis par les Français, mais volontaire et exécuté comme une manœuvre stratégique: d'abord l'entassement des matières inflammables, pétards enfouis dans l'hôtel de Rostopchine; son explication de pièces d'artifice emmagasinées pour des fêtes prochaines n'est pas sérieuse. L'époque ne convenait guère aux réjouissances pyrotechniques. Son palais épargné presque seul dans la conflagration générale, ce qui fit que, par la suite, pour effacer cette exception accusatrice, il mit le feu de ses mains à sa maison de campagne; l'ordre d'évacuation signifié aux habitants; l'enlèvement des pompes à incendie, au nombre de cent treize,—une armée en retraite n'avait guère besoin de pompes et de pompiers; enfin l'incendie porté auparavant et par ordre, non seulement dans Smolensk, au moment de sa prise d'assaut, mais dans tous les villages que les Français occupaient, établissent surabondamment la sauvagerie et la gloire de Rostopchine. La Russie envahie se défendait, selon la tactique conseillée par Neipperg, d'Armsfeld et Rostopchine, par le feu en attendant le froid.
La comtesse Lydia Rostopchine, publiant les œuvres de son père, objet de son pieux respect, a expliqué le secret du problème contesté: «Mon père, dit-elle, ne donna jamais d'ordre direct à personne de mettre le feu à Moscou, mais il prit d'avance les mesures pour que cela arrivât.»
La distinction est subtile. L'œuvre n'en est pas moins constatée dans cette précaution si longtemps niée par Rostopchine. La comtesse Lydia ajoute que son frère accompagnait Rostopchine au moment où le gouverneur de Moscou sortit à cheval par la porte de Riazan, tandis que les cavaliers de Murat entraient à l'autre extrémité. Le gouverneur ôta son chapeau et, s'étant retourné, dit à son fils Serge:
—Salue Moscou pour la dernière fois, mon fils, dans une demi-heure elle sera en flammes!
Pourquoi Rostopchine a-t-il repoussé la gloire du patriote qui se résout, pour sauver son pays, à accomplir une action barbare et sublime? Pourquoi s'est-il lavé comme d'une souillure d'une réputation qui ne pouvait, même aux yeux des Français vaincus, que lui mériter admiration et respect? La comtesse Lydia a modifié cette dénégation: les Moscovites, dans les premiers temps, applaudirent à la destruction de leurs maisons, mais, rentrés dans leur capitale, ils commencèrent des plaintes contre l'auteur de ce désastre. Rostopchine, irrité, désillusionné, nia le fait qui eût dû lui valoir la reconnaissance et l'amour de ses compatriotes sauvés. Il écrivit alors: «Puisque les Moscovites se plaignent de cette auréole de gloire dont j'ai ceint leurs têtes, eh bien, je la leur ôterai!» L'histoire la leur a rendue.
Pendant trente-cinq jours, Napoléon demeura au Kremlin, environné des décombres et des débris fumants de la ville mal éteinte. On lui a reproché son inaction. Il était nécessaire cependant de laisser son armée, épuisée, affamée, se refaire et se ravitailler. Il se proposait tout d'abord d'élever un grand camp retranché, d'y passer l'hiver, de faire saler les chevaux qu'on ne pourrait nourrir, d'attendre le printemps et avec la belle saison des renforts qui permettraient d'achever la conquête.
Mais la préoccupation de l'opinion en France lui faisait écarter ce projet. «Que dirait Paris? s'écria-t-il soucieux. On ne saurait s'accoutumer à mon absence. On a besoin de me revoir!»
Le 18 octobre, il décide la retraite. Le 23 octobre, à une heure et demie du matin, à l'heure où le général Malet, sorti de la maison de santé, donnait ses premiers ordres et se préparait à entraîner les hommes de la 10e cohorte, une explosion formidable ébranla Moscou, en même temps que l'avant-garde franchissait la porte du sud-ouest. C'était le maréchal Mortier, qui, selon les ordres de Napoléon, faisait sauter le Kremlin évacué.