Il établit ce raisonnement: faire une œuvre littéraire, qui soit un ouvrage issu, non pas de l'imagination, et de la combinaison plus ou moins heureuse de personnages fictifs et d'aventures exceptionnelles, mais fondé sur l'observation des faits de la vie courante, sur l'examen des hommes et des choses qu'on rencontre, qu'on voit, sur lesquels on a des analyses et des procès-verbaux, en se préoccupant des phénomènes biologiques, des maladies, des infirmités, des tares et des prédispositions de ces êtres, avec sincérité et sang-froid étudiés. Il ébaucha vaguement un plan, vaste et varié, qu'il résumait ainsi, dans ses songeries d'avenir, de travail et de gloire:
Tracer un tableau de la société actuelle, placer les personnages de l'action à imaginer dans leur milieu réel, et montrer les actes, les passions, les crimes, les vertus, les souffrances et les résignations de ces êtres, aussi vivants, aussi exacts, aussi contemporains que possible, provenant de leur organisme, des affections transmises par l'hérédité, des legs funestes ou favorables des parents.
Il y eut sans doute, dans l'inspiration de Zola, dans son désir de composer «l'histoire naturelle et sociale d'une famille sous le Second Empire», une autre préoccupation que celle de décrire les ravages successifs de la névrose d'Adélaïde Fouque, parmi ses descendants, tous placés dans des milieux divers et situés à des échelons différents de l'ordre social. L'étude détaillée, brillante aussi, de la lésion organique ancestrale d'une paysanne, et l'analyse des manifestations de cette tare originelle dans la postérité de cette démente, ne pouvaient suffire à l'imagination et à la puissance généralisatrice d'un poète tel qu'il était, à l'heure où il écrivait la première ligne de la Fortune des Rougon, tel qu'il est resté lorsqu'il nous donnait l'épopée sombre et grandiose de la Débâcle. Au fond, il rêvait une autre et plus vaste composition, qu'une série de procès-verbaux et d'observations physiologiques sur des accidents héréditaires, nerveux et sanguins. Il était romancier, poète, surtout, un grand artiste capable de peindre de larges fresques, il ne pouvait d'avance se confiner dans un travail de carabin, dans un rapport de médecin-légiste. Aussi a-t-il largement sauté, et par des bonds superbes, au-delà du cercle anatomique dans lequel il avait prétendu s'enfermer.
Il n'a pas toujours appliqué logiquement et scientifiquement la théorie de l'hérédité, qu'il attribuait comme base à l'édifice littéraire qu'il avait résolu de construire, et dont il portait déjà tous les devis et toutes les proportions, dans son jeune et ardent cerveau.
Le principe de l'hérédité est que tous les êtres tendent à se répéter dans leurs descendants. Les races, les nations, les populations, les familles ont une sorte d'identité collective et générale. L'hérédité se fait sentir dans les manifestations de la santé, de la maladie, dans les prédispositions à contracter certaines affections, et dans l'aptitude à leur résister.
Au physique, dans les dispositions morbides, dans le développement vital, la force héréditaire, nocive ou bienfaisante, est dominatrice. Elle agit, à notre insu, par elle-même. De nos parents, nous tenons une aptitude à contracter certaines maladies, à résister à certaines contagions. L'hérédité prédispose à la tuberculose, aux tumeurs cancéreuses, aux affections cardiaques, aux maladies mentales. Ceci n'implique point une fatalité complète et inévitable. L'évasion est possible du bagne de l'hérédité. Dans l'ordre des affections malheureusement transmissibles, il n'y a, en général, qu'une facilité fâcheuse à les contracter et une difficulté à en obtenir guérison. Toutefois, les soins, les changements de milieu et de climat, le genre de vie approprié à la cure peuvent contre-balancer les prédispositions héréditaires, et même les anéantir. Le fils d'un goutteux, urbain, menacé d'une affection essentiellement héréditaire, peut, en habitant la campagne, en exerçant un métier manuel, en vivant sobrement, en se privant d'alcool, quelques-uns disent en buvant du cidre, car la goutte est inconnue en Normandie, se rendre exempt de la maladie paternelle. Le diabète, l'albumine, attributs ordinaires des citadins aisés et des pères voués aux occupations sédentaires, aux travaux intellectuels, aux spéculations, ne se rencontrent pas chez les fils, transportés aux champs, ou tombés dans la pauvreté.
Les instincts, chez les animaux, se transmettent, se perpétuent. Tout ce qui a rapport à la nutrition, à la reproduction, à la défense et à la conservation de l'animal, passe de sujet en sujet, de génération en génération. Les qualités particulières d'une espèce: la vitesse des chevaux de courses, le flair et la sagacité des chiens de chasse, sont tellement considérés comme essentiellement héréditaires que le prix d'achat de ces animaux est fondé sur leur filiation exacte. Certains prix, dans les épreuves de courses, les paris, les enchères sont établis d'après les noms des parents et les renseignements que l'on a sur leurs anciennes actions. L'élevage, en général, attribue l'importance la plus grande à l'hérédité. L'animal vaut, à sa naissance, par son pedigree.
En est-il de même, chez l'homme, pour le caractère, pour la santé morale, pour la vigueur intellectuelle, pour les talents, pour les vertus civiques ou privées? Le doute est permis. On signale, il est vrai, des familles où des supériorités artistiques se sont maintenues, d'autres, où des habiletés professionnelles se sont visiblement transmises. Il est des lignées notoires de musiciens, de peintres, de militaires, d'athlètes, de maîtres d'armes, de constructeurs, d'inventeurs. L'hérédité est-elle seule en cause? L'exemple, les propos perçus dès les primes auditions, les encouragements paternels ou maternels, la familiarisation, au bas âge, avec les instruments ou les outils de l'art et du métier des parents, ont une influence plus décisive sur la vocation, et sur la future maîtrise de l'enfant, que l'hérédité en soi.
Les légistes, les criminalistes, les médecins rendent l'hérédité responsable de bien des infirmités morales. Sans doute, il est fréquent de voir le fils d'un alcoolique, d'un débauché, d'un paresseux, d'un voleur, ou d'un meurtrier, suivre les traces paternelles. Mais qui ne voit que la fatalité du milieu, la contagion perverse du voisinage, la misère, le manque de bons exemples et d'utiles enseignements, ne jouent, dans cette transmission malfaisante, un rôle aussi puissant que l'atavisme? La contradiction du proverbe, sur ce sujet énigmatique, formule bien l'incertitude de l'opinion: «Tel père, tel fils», dit l'axiome favorable à la transmission morale héréditaire. A quoi un autre dicton, non moins populaire, réplique: «A père avare, fils prodigue.» De nombreux exemples, sous les yeux de chacun, justifient ce dernier proverbe, en particulier, et démontrent qu'en général les enfants qui héritent des vertus, des vices, des talents, des antipathies, des goûts et des opinions des parents, forment la minorité. La richesse, la culture intellectuelle, les relations sociales font, le plus souvent, du fils, un personnage bien différent du père, au moins par les manières, les tendances, les sentiments. Toutefois les habitudes alimentaires, les goûts, les préférences professionnelles, les vocations, les opinions aussi, et ce qu'on appelle les préjugés, ne sont que la transmission de croyances et de répugnances ancestrales.
Mais la loi biologique de l'hérédité, incontestable dans l'ordre physique, et qui se manifeste par la génération perpétuant l'espèce, se trouve-t-elle vérifiée dans le domaine psychologique, dans la pensée, dans la conscience? C'est un mystère redoutable, et qui constituerait, s'il était réellement établi, et scientifiquement démontré, la plus épouvantable des fatalités. Les discussions théologiques interminables sur la prédestination et la grâce, et la vieille théorie du péché originel reprendraient toute leur âpreté, toute leur funeste vigueur, sous le couvert, non plus de la foi et de dogmes révélés, mais sous le terrible évangile nouveau de la science et de l'expérimentation. L'existence serait le bagne où l'être, en naissant, se trouverait enfermé à perpétuité, sans espoir de libération. La scholastique, et sa damnation irrévocable, revivraient sous les controverses scientifiques, avec la prédestination de l'homme au châtiment ou à la grâce.