Outre le sanctuaire, six chapelles orientées donnent sur le transsept, dont les croisillons débordent de beaucoup la nef. Le degré a communiquait au premier étage des bâtiments du cloître. Le tombeau de saint Étienne est placé en b.
Il est évident que ce transsept était réservé aux religieux et que la clôture était posée en cc. La figure 8 donne la coupe sur ef de ce transsept, couronné, sur la croisée, par un clocher. Ainsi, du bas choeur, les religieux pouvaient sonner les cloches; ils officiaient aux chapelles sans sortir de leur clôture, et la nef n'était que le lieu de réunion des fidèles, complétement indépendant des parties réservées au culte. Les églises cisterciennes présentent des dispositions analogues, permettant aux fidèles d'assister aux cérémonies sans pénétrer dans les clôtures.
Il ne paraît pas qu'au XIIIe siècle, du moins, les bénédictins aient tenu à conserver ces usages claustraux.
Le plan de l'église abbatiale de Saint-Denis nous en fournirait la preuve, soit que l'exemple des évêques qui avaient livré toute la surface des nouvelles cathédrales aux fidèles ait fini par modifier les règles monastiques, soit que les bénédictins, en présence de ces dispositions libérales de l'épiscopat, et peut-être aussi de l'affluence que les moines prêcheurs attiraient dans leurs vastes églises ouvertes à tous et dépourvues de clôtures, aient senti la nécessité de ne plus se séparer des fidèles, habitués à circuler librement dans les églises; toujours est-il que les religieux de Saint-Denis semblent avoir cherché (lorsque leur église fut en grande partie reconstruite vers le milieu du XIIIe siècle) à provoquer l'affluence du public dans leur basilique par de larges dispositions, bien éloignées des habitudes claustrales des siècles précédents.
Il fallait lutter contre la vogue qui entraînait les populations vers ces moines prêcheurs dont les églises n'étaient que de larges salles de conférences, et ce n'était pas certes en maintenant ces obstacles nombreux, qui, dans les églises clunisiennes mêmes, gênaient la vue et la circulation, que l'on pouvait espérer ramener la foule vers les reliques dont le prestige se perdait tous les jours. Aussi n'est-ce plus dans le fond des cryptes que les châsses sont conservées; elles sont placées dans les sanctuaires, entourées d'objets précieux. On les exhibe d'autant plus, que le peuple perd peu à peu la vénération qu'il leur portait. La pompe des cérémonies, les facilités données aux fidèles d'y assister, remplacent chez les bénédictins la discipline sévère maintenue jadis dans leurs églises; à défaut de la foi qui s'endort ou vacille, on excite du moins la curiosité.
Or, les plans successifs de l'église de Saint-Denis nous font, pour ainsi dire, toucher du doigt cette modification dans les habitudes religieuses des grandes abbayes. Ils méritent donc une étude attentive. Voici (fig. 9) ces plans présentés les uns sur les autres et tels que les fouilles et les traces de constructions encore existantes ont pu les faire reconnaître. On voit en a les restes des soubassements de l'abside et du transsept de l'église de Dagobert, bâtie avec des débris de monuments gallo-romains [206]. Pendant la période carlovingienne, l'église fut très-allongée en b au delà de l'abside de Dagobert [207]; puis viennent s'implanter les constructions de Suger [208], encore visibles au-dessus du sol en c. Alors les deux descentes aux cryptes plus anciennes furent ménagées en e [209]; le sanctuaire se développa largement au-dessus des caveaux de l'église carlovingienne, et l'on dut y monter par des degrés établis en g, des deux côtés de l'autel, et en h.
Un caveau voûté qui existe encore entier en f montre clairement que le mur i donnait sur le dehors, puisqu'il possède une fenêtre relevée; les murs j du fond du collatéral du transsept existent encore, et l'on retrouve en K les fondations qui indiquent que les constructions de Suger ne s'étendaient pas au delà des pignons actuels.