La nef de l'église de Suger était plus étroite que celle de l'église actuelle, ainsi qu'il est aisé de le reconnaître à l'entrée occidentale et par des fouilles pratiquées en l. Donc le transsept de l'église abbatiale du XIIe siècle, muni d'un bas côté vers le sanctuaire, comprenait l'espace mnop. Ce bas côté AA était d'ailleurs nécessaire pour recevoir les emmarchements qui montaient au sanctuaire et ceux qui descendaient aux cryptes.
Ces constructions, en partie établies sur les restes assez mal bâtis de l'église de Dagobert, ou sur des fondations insuffisantes, ainsi qu'il est aisé de le reconnaître, menaçaient ruine très-probablement vers le milieu du XIIIe siècle. Que cette raison ait été déterminante, ou que l'édifice ne répondit plus parfaitement aux nécessités du moment, on se résolut à le rebâtir presque entièrement, et notamment toutes les parties du transsept, sous le règne de saint Louis (1230 à 1240).
Notre figure indique, en noir, toutes les constructions refaites alors. Un coup d'oeil sur ce plan fait comprendre l'importance nouvelle que l'on donne au transsept et aux collatéraux qui l'accompagnent. La nef fut sensiblement élargie et se raccorda avec le sanctuaire, dont les écartements de piles furent conservés, par des biais, qui paraissent fort étranges si l'on ne se rend compte de l'état des constructions antérieures que l'on prétendait conserver vers l'abside.
Les piles B du sanctuaire furent refaites à neuf, celles T du rond-point sur des socles du XIIe siècle. Celles B furent fondées à nouveau dans la crypte, en passant à travers les voûtes carlovingiennes. On se contenta de rebâtir sur la vieille fondation les piles qui portent sur l'angle de l'abside mérovingienne; mais au lieu des trois travées D, on n'en fit que deux, et les emmarchements montant au sanctuaire furent reportés en E. Des chapelles furent établies en F au niveau du sol du sanctuaire. Une des portes de l'ancien transsept de Suger fut remontée en G [210]. Saint Louis voulut refaire à neuf les tombeaux de ses prédécesseurs. Ces tombeaux furent disposés en H, c'est-à-dire sur l'emplacement qu'ils avaient occupé dans les églises précédentes. Celui de Dagobert s'éleva en L, très-probablement sur le lieu où la tradition plaçait sa sépulture [211]. Alors le choeur des religieux s'étendit dans la nef depuis le transsept jusqu'au point M, et le public put circuler dans les collatéraux et traverser les bras de croix. Des chapelles furent dédiées en N et en P. Beaucoup plus tard cette dernière fut occupée par le tombeau de François Ier. Au XIVe siècle, on éleva d'autres chapelles le long du collatéral nord en R. Les sépultures des abbés remplirent le croisillon S.
Ces plans superposés ont cela d'intéressant, qu'ils nous font reconnaître les modifications que le temps apporta dans les usages monastiques de l'une des plus puissantes abbayes de France. D'abord, comme dans l'église primitive, le transsept, très-étendu, relativement à la largeur de la nef, est fait pour contenir et enclore les religieux qui n'ont, avec les fidèles, aucune communication. Puis, sous les carlovingiens, tout en maintenant la disposition du transsept primitif, on y ajoute un sanctuaire profond, qui fait comme une seconde église propre à l'exhibition des reliques. Sous Suger, ce sanctuaire s'élargit, se garnit de chapelles nombreuses et le transsept s'ouvre davantage sur la nef. Enfin, au XIIe siècle, la clôture monastique, dans l'église, n'est plus absolue; le choeur des religieux est complétement entouré des fidèles, qui ont accès partout comme dans les cathédrales, excepté dans le sanctuaire occupé par les reliques, et dans le choeur entouré de stalles, clos par un jubé vers la nef, et par des grilles basses sur les deux croisillons. On observera que, dans cette église particulièrement vénérée, ce qui se modifie le moins, c'est le transsept; jusqu'aux derniers travaux entrepris, il demeure à la même place. L'autel reste encore au XIIIe siècle, en V, au-dessus du point consacré par la tradition [212]. Ce transsept est mis en communication avec les bâtiments de l'abbaye, par une large porte. Il s'ouvre également du côté extérieur, donnant sur l'ancien cimetière, dit des Valois. D'amples emmarchements permettent aux fidèles de circuler dans le collatéral du sanctuaire et d'assister aux offices des chapelles.
Mais si le transsept a conservé sa position et presque ses dimensions primitives, il ne se trouve plus au XIIIe siècle dans les conditions où il se trouvait au VIe et même au XIIe. Autour de lui, l'église s'est développée, et cela au profit de l'assistance.
Cependant ces transformations ne se manifestaient que dans les églises des grandes abbayes, les petits établissements religieux conservaient à peu près les dispositions anciennes du transsept réservé aux moines. L'église de Saint-Jean aux Bois, près de Compiègne, est un exemple d'une de ces constructions monastiques élevées au XIIIe siècle sur de petites dimensions. Dépourvue de collatéraux, cette église se compose d'une large nef et d'un sanctuaire, séparés par un transsept dont les croisillons sont chacun divisés par une colonne sur le prolongement des murs latéraux [213]. Cette jolie disposition, si convenable pour une petite église conventuelle, est présentée dans la vue perspective (fig. 10).
On aperçoit dans cette figure la trabes de l'entrée du sanctuaire [214]. Les stalles des religieux étaient adossées aux croisillons, et ceux-ci, derrière ces stalles, laissaient des espaces libres pour les hôtes ou les personnages qui avaient accès dans le monastère. La nef était ainsi réservée aux gens du dehors. On ne pénétrait dans les croisillons que par de petites portes donnant dans l'enceinte du couvent.
Les églises paroissiales subissaient l'influence des abbayes ou cathédrales voisines. Dès une époque reculée, elles possédaient, la plupart, des transsepts, principalement dans les provinces du Nord, du Centre et de l'Est. Dans le Poitou, la Saintonge et l'Angoumois, au contraire, il n'est pas rare de trouver des églises paroissiales des XIIe et XIIIe siècles dépourvues de transsepts. Le centre de la croisée de ces églises paroissiales est habituellement surmonté de tours dans les provinces de l'Île-de-France, de la Normandie, de la Bourgogne et de l'Auvergne. Les croisillons sont, ou percés de portes, ou fermés, surtout quand ils s'ouvrent sur des chapelles orientées, afin que les entrants et sortant ne puissent gêner les fidèles. Nous avons un bel exemple de ces croisillons fermés, de transsepts paroissiaux, dans l'église si remarquable de Notre-Dame de Dijon (fig. 11).