Cette lettre ne fut ni lue ni publiée: faire connaître ces patriotiques paroles, ce désintéressement si noble, c'eût été sauver Vergniaud.
Le 6 octobre 1798, il fut transféré à la Conciergerie et le 18, Dumas l'interrogea. Il répondit nettement à des questions perfidement posées. Il nia avoir provoqué un soulèvement départemental, et, en effet, dans sa correspondance avec les Jacobins de Bordeaux, tant incriminée, il n'y a qu'une demande éventuelle d'un secours pour venir, en cas d'insurrection parisienne, «forcer à la paix les hommes qui provoquent à la guerre civile». Il entra, à ce sujet, dans des développements qui embarrassèrent tellement Dumas, qu'il refusa de les insérer dans le procès-verbal de l'interrogatoire où ce refus est constaté. Déjà on fermait la bouche à Vergniaud.
Cependant il préparait soigneusement sa défense. Il se croyait presque sûr d'un acquittement, si on le laissait parler, tant était grande la confiance des Girondins en la toute-puissance de la parole! Un contemporain raconte qu'ils trépignaient de joie, dans leur prison, quand ils avaient trouvé un bon argument.
On sait comment les choses se passèrent. Vergniaud n'eut la parole que pour répondre aux dépositions des témoins, et encore ses réponses furent-elles tronquées et peut-être défigurées dans le compte-rendu officiel. La plupart cependant paraissent dignes de son caractère.
D'abord, à la déposition de Pache, maire de Paris, qui avait reproché aux Girondins leur projet de garde départementale, il répond en rappelant qu'il a voté contre ce projet, et il réfute brièvement d'autres inculpations du même témoin.
Chaumette déposa ensuite. «Il est étonnant, s'écria Vergniaud, que les membres de la municipalité et ceux de la Convention, nos accusateurs, viennent déposer contre nous.» Puis il justifia son rôle au 10 août; dans les explications qu'il donne sur les termes dans lesquels il proposa la suspension, il y a une obscurité, qui n'est évidemment pas la faute de son talent, mais celle des perfides rédacteurs du compte-rendu. Serré de près par Chaumette, qui objectait l'article du projet de décret relatif au gouverneur du prince royal, il repartit: «Lorsque je rédigeais cet article, le combat n'était pas fini, la victoire pouvait favoriser le despotisme, et, dans ce cas, le tyran n'aurait pas manqué de faire le procès aux patriotes; c'est au milieu de ces incertitudes que je proposai de donner un gouverneur au fils de Capet, afin de laisser entre les ennemis (sic: les mains?) du peuple un otage qui lui serait devenu très utile dans le cas où il aurait été vaincu par la tyrannie.»
Mais il prononça un véritable discours, qui dura plus d'une heure, en réponse à la déposition de Hébert. Le Bulletin du Tribunal a beau le mutiler et en éteindre la flamme, l'extrait qu'il en donne est admirable.
«Le premier fait que le témoin m'impute est d'avoir formé, dans l'Assemblée législative, une faction pour opprimer la liberté. Était-ce former une faction oppressive de la liberté que de faire prêter un serment à la garde constitutionnelle du roi et de la faire casser ensuite comme contre-révolutionnaire? Je l'ai fait. Était-ce former une faction oppressive de la liberté que de dévoiler les perfidies des ministres, et, particulièrement celles de Delessart? Je l'ai fait. Était-ce former une faction oppressive de la liberté lorsque le roi se servait des tribunaux pour faire punir les patriotes, que de dénoncer le premier ces juges prévaricateurs. Je l'ai fait. Était-ce former une faction oppressive de la liberté que de venir au premier coup de tocsin, dans la nuit du 9 au 10 août, présider l'Assemblée législative? Je l'ai fait. Était-ce former une faction oppressive de la liberté que d'attaquer La Fayette? Je l'ai fait. Était-ce former une faction oppressive de la liberté, que d'attaquer Narbonne, comme j'avais fait de La Fayette? Je l'ai fait. Était-ce former une faction oppressive de la liberté, que de m'élever contre les pétitionnaires désignés sous le nom des huit et des vingt-mille, et de m'opposer à ce qu'on leur accordât les honneurs de la séance? Je l'ai fait, etc.»
Vergniaud continue cette énumération de faits qui prouvent la division qui existait, en 1791 et au commencement de 1792, entre son parti et celui de Montmorin, Delessart, Narbonne, La Fayette; il allègue que cette conduite doit le dispenser de répondre aux reproches qui lui sont faits pour sa conduite postérieure au 10 août; il pense qu'il ne doit pas être soupçonné d'avoir, comme on l'en accuse, varié dans les principes, pour former une coalition nouvelle sur les débris de celle que l'insurrection du peuple avait renversée. En effet, dit-il, «j'ai eu le droit d'estimer Roland, les opinions sont libres, et j'ai partagé ce délit avec une partie de la France. J'atteste qu'on ne m'a vu dîner que cinq à six fois chez lui, et ceci ne prouve aucune coalition.» Il se défend même d'avoir eu des intimités avec Brissot et Gensonné. Il répond aussi au reproche de s'être opposé obstinément à la déchéance, quand on pouvait la décréter.
«Le 25 juillet, un membre, ajoute-t-il, emporté par son patriotisme, demanda que le rapport sur la déchéance fût fait le lendemain. L'opinion n'était pas encore formée; alors, que fis-je? Je cherchai à temporiser, non pour écarter cette mesure que je désirais aussi, mais pour avoir le temps d'y préparer les esprits.