Après avoir vécu pendant six ans dans une tension cérébrale continue, et fourni coup sur coup une telle succession d'efforts intellectuels, au commencement de 1854, Taine tomba épuisé. Il éprouva une de ces incapacités de travail dont il eut souvent à souffrir dans la suite, en particulier, en 1857 et en 1863. Il trouvait pourtant moyen d'utiliser ces périodes de repos obligatoire et de les faire servir au plan général d'études tracé en 1848. Tout d'abord il se faisait faire des lectures, et c'est ainsi qu'il s'occupa pour la première fois de la Révolution française en se faisant lire l'ouvrage de Buchez et Roux. Il y fut surtout frappé de la médiocrité intellectuelle des hommes les plus fameux de la période révolutionnaire et se dit qu'il y avait là un problème historique intéressant à étudier. Il acquérait des connaissances physiologiques en suivant des cours de médecine, en particulier d'anatomie et de médecine mentale, pour donner à ses recherches de psychologie une solide base scientifique. Grâce à son admirable mémoire et à l'habitude de classer immédiatement les faits et les idées, il complétait ainsi sans effort son instruction en écoutant des cours ou en causant avec son cousin, l'éminent aliéniste Baillarger, et avec son beau-frère. En 1854, il séjourna longtemps à Orsay, chez ce dernier, l'accompagnant dans ses visites médicales, et recueillant des observations sur la campagne et les paysans. Dans cette même année 1854 on l'envoya pour sa santé aux eaux des Pyrénées. M. Hachette, qui cherchait à attirer à lui les jeunes universitaires de talent, qui avait favorisé les débuts de deux camarades de Taine, Libert[28] et Paradol, qui avait recruté dans les récentes promotions de l'École normale toute une élite de collaborateurs pour sa Revue de l'Instruction publique[29], eut l'idée de lui demander d'écrire un Guide aux Pyrénées. Taine rapporta de son voyage un livre qui ne ressemblait guère à un guide, et qui était un mélange original de puissantes descriptions de nature, d'amusants croquis de mœurs rurales, d'observations satiriques sur la société des villes d'eaux, de souvenirs historiques racontés avec une verve pittoresque. De plus, sous le voyageur érudit, observateur et humoriste, on voyait partout percer le philosophe dont la forte pensée affleurait à chaque page comme la roche au milieu des gazons des vallées pyrénéennes, et qui cherchait dans le sol, la lumière, la végétation, les animaux et les hommes, la force unique dont l'univers entier n'est que la manifestation infiniment variée. Le volume parut en 1855 avec de charmantes illustrations de Gustave Doré.
Cette année 1854 est une date importante dans la vie de Taine. Le repos auquel il fut contraint, l'obligation de se mêler aux hommes, de se promener, de voyager, l'arrachèrent à sa vie claustrale et à son travail solitaire pour le mettre en contact plus direct avec la réalité. Sa méthode d'exposition philosophique s'était modifiée pendant cette année d'observation de la vie réelle. Au lieu du procédé déductif qui part du fait le plus général ou de l'idée la plus abstraite pour en suivre de degré en degré les conséquences et les réalisations concrètes, il procédera dorénavant en sens inverse et par induction; il prendra la réalité pour point de départ et remontera par groupements successifs de faits jusqu'aux faits les plus généraux et aux idées directrices. Les conceptions a priori n'auront plus de place dans sa méthode que comme procédé d'investigation, au même titre que l'hypothèse dans les sciences. Rien de plus instructif à cet égard que la comparaison de sa thèse française avec le volume intitulé: La Fontaine et ses Fables, qui parut en 1860 et qui en est le remaniement. La théorie sur la Fable poétique qui formait en 1853 le premier chapitre devient en 1860 le dernier. Une introduction toute nouvelle sur l'esprit gaulois, le sol, la race, sur la personne et la vie de La Fontaine prend la place de cette théorie et est destinée à expliquer l'œuvre. Enfin, au lieu d'une conclusion abstraite et vague sur le beau, nous avons une conclusion très concrète et précise sur les circonstances historiques qui ont favorisé l'éclosion des divers génies poétiques. De même l'Essai sur les sensations sous sa première forme partait du moi, de [Grec: entelecheia] pour aboutir à l'impression sensible; dans l'Intelligence, Taine partira des sensations les plus ordinaires pour s'élever par des généralisations de plus en plus étendues à la loi et à la cause, et enfin jusqu'au point où l'être même s'identifie avec l'idée. Avec sa méthode, son style se modifiait aussi. Sa thèse se ressentait encore des souvenirs de collège et d'école, des élégances apprêtées des devoirs de rhétorique; il y avait encore dans l'Essai sur Tite-Live quelque chose de raide, de froid et d'abstrait. Avec le Voyage aux Pyrénées le style de Taine devient vivant et coloré; son œil se montre extraordinairement sensible à toutes les apparences extérieures des choses; il s'applique à les rendre dans tout leur relief, et il recouvre la logique de ses raisonnements d'un brillant manteau d'images. Ses carnets de notes, où autrefois tout était classé par idées abstraites, deviennent des recueils d'impressions visuelles, d'observations de caractères et de mœurs, rendues avec une intensité parfois excessive. Mais en même temps il est fidèle à ses habitudes d'ordre méthodique et de construction régulière. Son imagination est mise au service de sa logique et c'est par des procédés de développement oratoire qu'il cherche à donner du mouvement et de l'animation à ses classifications progressives. On reconnaîtra toujours en lui l'homme qui avait éprouvé ses premières sensations littéraires en lisant Guizot et Jouffroy, et qui eut un culte pour Macaulay. «Ma forme d'esprit, dit une note écrite le 18 février 1862, est française et latine; classer les idées en files régulières, avec progression, à la façon des naturalistes, selon les règles des idéologues, bref oratoirement… Je me souviens fort bien qu'à dix où onze ans, chez ma grand'mère, je lisais avec intérêt une discussion de je ne sais plus qui sur le Paradis perdu. de Milton. C'était un critique du XVIIIe siècle, qui démontrait, réfutait en partant des principes. L'histoire de la civilisation de Guizot, les cours de Jouffroy m'ont donné la première grande sensation de plaisir littéraire, à cause des classifications progressives. Mon effort est d'atteindre l'essence, comme disent les Allemands, non de primesaut, mais par une grande route, unie, carrossable. Remplacer l'intuition (Insight), l'abstraction subite (Vernunft), par l'analyse oratoire; mais cette route est dure à creuser.» Il est deux dons de l'artiste et de l'écrivain qu'il admirait par-dessus tous les autres et qu'il regretta toujours de ne pas posséder: l'art de raconter et celui de créer des personnages vivants et agissants. Il mettait au premier rang l'art du romancier. Il essaya même d'écrire un roman, mais s'arrêta au bout de quatre-vingt-dix pages, s'apercevant que son roman n'était que de l'analyse psychologique personnelle. Aussi disait-il avec une modestie excessive: «J'ai vu de trop près les vrais artistes, les têtes fécondes, capables d'enfanter des figures vivantes, pour admettre que j'en sois un[30].»
En même temps que ce changement se produisait dans sa manière d'écrire et dans sa méthode d'exposition, sa vie même devenait moins concentrée et moins solitaire. Il s'était installé avec sa mère et sa sœur dans l'île Saint-Louis. Il avait retrouvé à Paris, Planat, Paradol, About qui revenait de Grèce plus exubérant de vie et plus étincelant d'esprit que jamais; il faisait la connaissance de Renan et par Renan celle de Sainte-Beuve; il entretenait des relations amicales avec M. E. Havet qui avait été trois mois son professeur à l'École normale, et qui lui témoignait le plus affectueux intérêt; Gustave Doré et Planat l'avaient mis en relation avec des artistes; il continuait ses études de médecine et de physiologie: il s'entretenait avec Franz Wœpke[31] de philologie et de mathématiques. Ceux qui l'ont connu pendant les années 1855-1856 nous le représentent comme plein de verve et de gaieté, recherchant, non le grand monde, mais la société de camarades intelligents, avec qui il pouvait causer, discuter librement comme autrefois dans la maison de la rue d'Ulm, se détendre après les heures de travail. Ces années 1855-1856 furent des années d'activité féconde et joyeuse où Taine sentait son talent s'affermir de jour en jour. Il débute le 1er février 1855 dans la presse périodique par un article sur La Bruyère donné à la Revue de l'Instruction publique. Il publie dans cette Revue dix-sept articles en 1855, vingt en 1856, sur les sujets les plus divers, passant de La Rochefoucauld à Washington et de Ménandre à Macaulay. Le 1er août 1855, il commence à la Revue des Deux Mondes, par un article sur Jean Reynaud, une collaboration qui devait continuer jusqu'à sa mort. Le 3 juillet 1856 paraissait son premier article au Journal des Débats, sur Saint-Simon, et à partir de 1857, il devint un des collaborateurs assidus de ce journal.
Un esprit aussi puissant et aussi constructif que celui de Taine ne pouvait se contenter de poursuivre, par une série d'études isolées, à travers les histoires et les littératures[32], la vérification de son système sur «la race, le moment, le milieu et la faculté maîtresse», système dont il avait fait la première application rigoureuse à Tite-Live. Il avait besoin de l'adapter à un vaste ensemble de faits, d'écrire un grand chapitre d'histoire littéraire qui serait en même temps un chapitre de l'histoire du cœur humain, un essai partiel de philosophie de l'histoire, ou pour parler son langage, d'anatomie et de physiologie historiques.
Dès le 17 janvier 1856, son Histoire de la Littérature anglaise est annoncée, et à partir de cette date, les articles qui paraissent coup sur coup en 1856 dans la Revue de l'Instruction publique, et depuis 1856 dans la Revue des Deux Mondes, nous montrent l'œuvre déjà construite tout entière dans son esprit, et son exécution poursuivie avec une régularité et une vigueur qui ne faiblissent pas un instant.
Mais avant de procéder à cette grande synthèse historique et philosophique, Taine avait à y préparer les esprits et à déblayer le terrain devant lui. Il avait un compte à régler avec l'éclectisme, qui mettait la rhétorique à la place de la science, et qui était à ses yeux la négation même de la philosophie, par cela même qu'il prétendait l'administrer et avoir seul le droit d'être enseigné[33]. Du 14 juin 1855 au 9 octobre 1856, il publia dans la Revue de l'Instruction publique une série d'articles sur les Philosophes français au XIXe siècle, articles qui parurent en volume au commencement de 1857. Sous une forme ironique jusqu'à l'irrévérence, mais aussi avec l'argumentation la plus vigoureuse et la plus pressante, il attaquait tous les principes sur lesquels reposait le spiritualisme classique. Il réhabilitait le sensualisme de Condillac en le complétant et en l'élargissant, et il terminait son livre par l'esquisse d'un système qui appliquait aux recherches psychologiques et même métaphysiques les méthodes des sciences exactes. Faut-il voir dans ce livre une œuvre de rancune contre la doctrine au nom de laquelle il avait été naguère condamné? Il serait sans doute téméraire d'affirmer que ses déboires universitaires ne lui eussent pas laissé d'amers souvenirs; mais il était incapable de céder consciemment à des ressentiments personnels. Il considérait sincèrement l'existence d'une doctrine philosophique officielle comme une atteinte à la liberté de penser, comme un obstacle à tout progrès spéculatif. S'il donna à ces attaques une forme parfois irrespectueuse, c'est que cette doctrine lui paraissait manquer souvent de sérieux. Comme il s'agissait moins de réfuter des idées que de détruire la tyrannie d'une école et qu'il voulait se faire entendre du grand public et surtout des jeunes gens, il employait la plus redoutable des armes, l'ironie, qu'il maniait, il faut le dire, à la façon d'une catapulte plutôt que d'une fronde. Enfin, il avait vingt-sept ans, il sentait sa jeunesse et sa force et il avait besoin de les dépenser. Les Philosophes français représentent, dans la vie de M. Taine, ses folies de jeunesse. Ce fut sa manière de jeter sa gourme.
Le succès du livre fut retentissant. Taine devint célèbre du jour au lendemain. Jusque-là les seuls articles importants qui eussent été consacrés à ses écrits étaient un article d'About sur le Voyage aux Pyrénées[34], un article de Paradol[35] et deux articles de Guillaume Guizot sur le Tite-Live[36]; mais c'étaient des articles d'amis. Après les Philosophes français, les articles de Sainte-Beuve dans le Moniteur[37], de Planche dans la Revue des Deux Mondes[38], de Caro dans la Revue contemporaine[39], de Schérer dans la Bibliothèque universelle[40], nous prouvent qu'il est désormais au premier plan parmi les hommes de la nouvelle génération littéraire. Renan seul pouvait lui disputer la première place, et Caro les attaquait ensemble dans son article sur «l'Idée de Dieu dans une jeune école», article habile et éloquent, violent sous des formes courtoises, qui fut considéré comme la réponse de l'école éclectique, et fut reproduit tout entier dans le Journal général (officiel) de l'Instruction publique. Les critiques ne s'accordaient pas très bien dans leurs tentatives pour caractériser les doctrines de Taine. La presse religieuse, dans sa vieille haine contre M. Cousin, parlait du livre avec faveur; Schérer faisait de lui un pur positiviste, Planche, un panthéiste spinoziste, Caro un matérialiste. Planche prétendait qu'il exposait en rhéteur ce que Spinoza avait exposé en géomètre; Caro lui reprochait de revêtir des formules de Hegel le naturalisme de Diderot. Personne, sauf Cournault dans la Correspondance littéraire, ne paraît avoir bien saisi sa théorie sur l'identité de l'idée de cause et de l'idée de loi, ni compris que son système, loin d'être un mélange hybride de métaphysique allemande et d'idéologie française, était parfaitement cohérent, solidement construit et en partie nouveau. Tous d'ailleurs, à l'exception de Cournault, étaient d'accord pour le blâmer de vouloir appliquer des classifications, des méthodes et des formules scientifiques à la critique littéraire et à l'histoire, et pour condamner son système, tout en admirant son talent.
Taine avait une foi trop candide dans la puissance de la vérité pour aimer la polémique. Il croyait que le vrai doit triompher tôt ou tard par sa seule vertu, et que les polémiques, qui transforment les luttes de doctrines en querelles de personnes, ne font qu'obscurcir les questions. Il ne répondit aux objections que par des œuvres nouvelles. Il publia en 1858 un volume d'Essais de critique et d'histoire, en 1860 La Fontaine et ses Fables, et une deuxième édition légèrement adoucie des Philosophes français[41]. Il poursuivit sans défaillance l'achèvement de son grand ouvrage sur la littérature anglaise jusqu'à Byron, qui parut en trois volumes in-8° à la fin de 1863.
Taine avait raison d'avoir confiance dans l'avenir. Non seulement il avait porté à l'éclectisme des coups dont celui-ci devait demeurer à jamais meurtri, mais, en dépit de toutes les résistances, ses principes de critique et ses doctrines philosophiques pénétraient peu à peu dans tous les esprits. Modifiées sans doute et atténuées, mais toujours reconnaissables, elles ont fini par prendre place parmi les idées courantes du siècle, au même titre que les vues de Kant sur le caractère subjectif des notions premières de la raison, que la conception de l'éternel devenir de Hegel ou que la théorie des trois états de Comte. Aucun écrivain n'a exercé en France dans la seconde moitié de ce siècle une influence égale à la sienne; partout, dans la philosophie, dans l'histoire, dans la critique, dans le roman, dans la poésie même, on retrouve la trace de cette influence.
À aucun moment elle ne fut plus marquée que dans les dix dernières années du second Empire. Taine était devenu presque un chef d'école; les jeunes gens allaient lui demander des directions et des conseils; il était obligé de laisser le monde usurper une petit part de son temps; Sainte-Beuve, qu'il voyait régulièrement aux fameux dîners de quinzaine du restaurant Magny, avec Renan, Schérer, Nefftzer, Robin, Berthelot, Gautier, Flaubert, Saint-Victor, les Goncourt, l'avait présenté à la princesse Mathilde en qui il trouva une admiratrice intelligente et une amie dévouée. L'air et la liberté commençaient à rentrer dans l'Université en même temps que dans le gouvernement, et Taine pouvait espérer que l'enseignement public allait lui être rouvert. En 1862, il fut candidat à la chaire de littérature de l'École polytechnique, et si M. de Loménie lui fut préféré, il s'en fallut de peu qu'il ne réussît. L'année suivante, en mars 1863, sur la présentation de M. Duruy, ministre de l'instruction publique, le maréchal Randon, ministre de la guerre, le nomma examinateur (d'histoire et d'allemand) au concours d'admission à Saint-Cyr. Le 26 octobre de l'année suivante, il remplaçait Viollet-le-Duc comme professeur d'esthétique et d'histoire de l'art à l'École des beaux-arts. Il était bien vengé des persécutions de 1851 et 1852.