Il avait cependant, à ce moment même, soulevé de nouvelles tempêtes et avait eu à subir de violentes attaques. La nomination de Renan au Collège de France et la candidature de Taine à l'École polytechnique avaient alarmé monseigneur Dupanloup. Il avait lancé, en 1863, un virulent Avertissement à la Jeunesse et aux Pères de famille, dirigé contre MM. Renan, Taine et Littré, auxquels il avait joint, bien gratuitement, l'inoffensif M. Maury. Cet avertissement était un appel peu déguisé de l'autorité ecclésiastique au bras séculier. Le bras séculier sévit en effet. Le cours de Renan fut suspendu et la nomination de Taine à Saint-Cyr, un instant rapportée, ne fut confirmée que sur l'intervention pressante de la princesse Mathilde. Au mois de décembre 1863, paraissait l'Histoire de la Littérature anglaise, précédée d'une introduction où se trouvait exposée, sans aucun ménagement pour les idées reçues, une philosophie de l'histoire strictement déterministe. Taine présenta son ouvrage à l'Académie française pour le prix Bordin. En 1864 comme en 1854, il eut M. Guizot pour chaud défenseur; mais cette fois l'hérésie n'était plus latente comme dans l'Essai sur Tite-Live, elle se faisait agressive; elle était développée dans tout l'ouvrage et condensée dans l'introduction en corps de doctrine. M. de Falloux et monseigneur Dupanloup attaquèrent Taine avec violence; Sainte-Beuve et Guizot le défendirent avec ardeur. Après trois séances de discussions passionnées, l'Académie décida que le prix ne pouvant être donné à M. Taine ne serait décerné à personne[42]. Cette décision sans précédents était le plus flatteur des hommages. Taine ne devait plus se soumettre aux suffrages de l'Académie que comme candidat, une première fois en 1874 où il échoua dans une triple élection contre MM. Mézières, Caro et Dumas, et deux fois en 1878 où, après avoir échoué en mai contre H. Martin, il fut enfin élu en novembre en remplacement de M. de Loménie, peu de temps après Renan. Entre la première et la troisième élection avaient paru les deux premiers volumes des Origines de la France contemporaine; et, par un curieux revirement, il fut soutenu en 1878 par beaucoup de ceux qui l'avaient combattu en 1864 et 1874. Il apporta, dans l'accomplissement de ses devoirs académiques, la scrupuleuse conscience qu'il mettait à toutes choses, et il ne tarda pas à acquérir une réelle autorité dans cette compagnie à laquelle il avait inspiré une si longue défiance.

Les années 1864 à 1870 forment une période nouvelle et particulièrement heureuse dans la vie de Taine. Ce n'est plus le travail solitaire et claustral des années 1852 à 1854; ce n'est plus l'exubérance un peu batailleuse des années 1855 à 1864; c'est une activité calme, régulière et comme épanouie. Il aimait ses fonctions d'examinateur pour Saint-Cyr, non seulement parce que trois mois de travail assidu lui assuraient une situation matérielle qui, avec ses habitudes de vie simple, était presque la richesse, mais aussi parce que ses tournées en province lui permettaient de faire une enquête minutieuse sur la société française, département par département, interrogeant ses anciens camarades, faisant causer, suivant sa coutume, bourgeois, ouvriers et paysans. L'École des beaux-arts, où il devait professer vingt ans, de 1864 à 1883, avec une seule interruption en 1876-77[43], ne prenait également qu'une part très limitée de son temps. Il n'avait que douze leçons à donner par an et il avait borné son enseignement, réparti sur un cycle de cinq ans, aux exemples les plus caractéristiques à ses yeux, la Grèce, l'Italie et les Pays-Bas. L'Italie occupait à elle seule trois années, une année était donnée aux Pays-Bas et une à la Grèce. Il connaissait particulièrement bien l'Italie et songea même un instant à lui consacrer un ouvrage étendu. Il y fit plusieurs voyages et, par une heureuse coïncidence, l'année même où il fut nommé à l'École des beaux-arts, il y avait passé trois mois, de février à mai 1864, pour se reposer des fatigues causées par l'achèvement de sa Littérature anglaise. Mais ce voyage, qui lui fournit la matière des deux étincelants volumes publiés en articles dans la Revue des Deux Mondes, de décembre 1864 à mai 1866[44], ne fut guère un repos pour lui. Il passait ses journées dans les églises et dans les musées, lisait beaucoup, prenait des notes sans nombre, et allait le soir dans le monde, étudiant l'Italie moderne, sociale et politique, avec autant de soin qu'il étudiait l'Italie ancienne dans son histoire et ses monuments[45]. À peine installé dans sa chaire, il publiait coup sur coup la Philosophie de l'Art (1865), la Philosophie de l'Art en Italie (1866), l'Idéal dans l'Art (1867), la Philosophie de l'Art dans les Pays-Bas (1868), et la Philosophie de l'Art en Grèce (1869), petits écrits qui devaient être réunis plus tard (1880), en deux volumes, sous le titre de: Philosophie de l'Art. Ce titre était exact, car ces petits livres si vivants, si pleins de faits et d'images, ne sont pas autre chose que la démonstration, par des exemples tirés de l'histoire de l'art, des idées dont la Littérature anglaise avait donné la démonstration par des exemples tirés de l'histoire littéraire.

Il caractérise admirablement sa conception de l'histoire, dans une lettre à E. Havet du 29 avril 1864:

«Je n'ai jamais prétendu qu'il y eût en histoire ni dans les sciences morales des théorèmes analogues à ceux de la géométrie[46]. L'histoire n'est pas une science analogue à la géométrie, mais à la physiologie et à la zoologie. De même qu'il y a des rapports fixes, mais non mesurables quantitativement, entre les organes et les fonctions d'un corps vivant, de même il y a des rapports précis, mais non susceptibles d'évaluations numériques, entre les groupes de faits qui composent la vie sociale et morale. J'ai dit cela expressément dans ma préface en distinguant entre les sciences exactes et les sciences inexactes, c'est-à-dire les sciences qui se groupent autour des mathématiques et les sciences qui se groupent autour de l'histoire, toutes deux opérant sur des quantités, mais les premières sur des quantités mesurables, les secondes sur des quantités non mesurables. La question se réduit donc à savoir si l'on peut établir des rapports précis non mesurables entre les groupes moraux, c'est-à-dire entre la religion, la philosophie, l'État social, etc., d'un siècle ou d'une nation. Ce sont ces rapports précis, ces relations générales nécessaires que j'appelle lois, avec Montesquieu; c'est aussi le nom qu'on leur a donné en zoologie et en botanique. La préface expose le système de ces lois historiques, les connexions générales des grands événements, les causes de ces connexions, la classification de ces causes, bref, les conditions du développement et des transformations humaines… Vous citez mon parallèle entre la conception psychologique de Shakspeare et celle de nos classiques français, et vous dites que ce ne sont pas là des lois; ce sont des types, et j'ai fait ce que font les zoologistes lorsque, prenant les poissons et les mammifères, par exemple, ils extraient de toute la classe et de ses innombrables espèces un type idéal, une forme abstraite commune à tous, persistant en tous, dont tous les traits sont liés, pour montrer ensuite comment le type unique, combiné avec les circonstances générales, doit produire les espèces. C'est là une construction scientifique semblable à la mienne. Je ne prétends pas plus qu'eux deviner, sans l'avoir vu et disséqué, un être vivant, mais j'essaie comme eux d'indiquer les types généraux sur lesquels sont bâtis les êtres vivants, et ma méthode de construction ou de reconstruction a la même portée en même temps que les mêmes limites.

«Je tiens à mon idée parce que je la crois vraie, et capable, si elle tombe plus tard en bonnes mains, de produire de bons fruits. Elle traîne par terre depuis Montesquieu; je l'ai ramassée, voilà tout.»

Tout en publiant ses Nouveaux Essais de critique et d'histoire (1865), il se délassait du professorat et de ses travaux de longue haleine en réunissant, dans un cadre de fantaisie, les notes qu'il avait prises depuis dix ans sur Paris et la société française. Bien que la Vie parisienne, où la Vie et opinions de Thomas Graindorge parut de 1863 à 1865[47], fût loin d'être alors ce qu'elle est devenue depuis, on eut quelque peine à reconnaître l'auteur de la Littérature anglaise sous les traits du marchand de porcs de Chicago; et, tout en admirant la verve de Graindorge et la profondeur philosophique de quelques-uns de ses traits satiriques, on fut bien aise de retrouver le vrai Taine dans le volume complémentaire de la Littérature anglaise, paru en 1867, et consacré à l'époque contemporaine.

Cette œuvre achevée, bien des projets s'agitaient dans son cerveau. Il traça le plan d'un livre sur les Lois de l'Histoire, puis d'un autre sur la Religion et la Société en France au XIXe siècle. Enfin, il se décida à donner au public le livre qu'il méditait et auquel il travaillait sans cesse depuis 1851, sa Théorie de l'Intelligence. Il s'y consacra tout entier en 1868 et 1869 et l'ouvrage parut en janvier 1870. C'est l'œuvre maîtresse de Taine par la force et l'originalité des idées, par la solidité de la construction, par la fermeté et l'austère beauté du style. Tous les travaux de psychologie qui ont été entrepris depuis lors sont tributaires de cet ouvrage magistral, que les découvertes ultérieures de la science n'ont fait que confirmer dans presque toutes ses parties. Ce livre était si bien le fruit naturel et lentement mûri de tout le développement intellectuel de Taine que sa composition, loin d'être une fatigue, fut une joie. Il en possédait toutes les parties tellement présentes à son esprit que la dernière copie fut écrite par lui sans brouillon sous les yeux et presque sans rature.

Pendant ces années, un grand changement était survenu dans la vie de Taine. Le 8 juin 1868, il avait épousé mademoiselle Denuelle, la fille d'un architecte de grand mérite. Je contreviendrais à la volonté maintes fois exprimée de M. Taine si je faisais ici autre chose que l'histoire de ses livres et de son esprit; mais cette histoire serait-elle complète si je ne disais pas que dans l'existence nouvelle et plus large qui lui était faite, dans les affections qui s'ajoutaient sans rien leur retrancher à celles dont son cœur avait vécu jusque-là, dans la présence d'une femme capable et digne de s'associer à tous ses intérêts, et d'enfants qui ne lui ont apporté que de la joie et de la fierté, il a trouvé, avec un bonheur complet, les forces nécessaires pour accomplir la dernière et la plus fatigante partie de son œuvre. Il put organiser sa vie selon les exigences de son travail et de sa santé, renoncer entièrement aux obligations mondaines sans avoir à souffrir de la solitude, se faire le centre d'un cercle choisi de lettrés, de savants et d'artistes, passer de longs mois à la campagne sur les bords du lac d'Annecy, dans cette charmante propriété de Boringe qu'il acquit en 1874, où il trouvait, avec un renouveau de vigueur, le calme indispensable pour mettre en œuvre les matériaux accumulés à Paris pendant l'hiver, et où sa famille et ses amis jouissaient délicieusement, dans de longues et libres causeries, des trésors de son cœur et de son esprit, répandus sans compter avec une bonne grâce toujours souriante.

Ce bonheur domestique, ces joies intimes allaient lui être particulièrement nécessaires dans les jours troublés qui se préparaient pour la France et qui devaient lui imposer une tâche inattendue et accablante. Une fois sa psychologie théorique fixée dans le livre de l'Intelligence, il songeait, comme diversion à ce grand effort d'abstraction, à revenir aux choses concrètes et vivantes, en continuant les études de psychologie sociale, les observations de mœurs qui étaient à ses yeux la base même de la philosophie et de l'histoire. Il avait rapporté d'un long séjour en Angleterre, en 1858, des notes abondantes, qu'il devait publier en 1872 après les avoir complétées dans un second voyage en 1871. Graindorge est un ouvrage du même genre sous une forme humoristique. Ses voyages en France et en Italie lui avaient fourni des notes analogues qu'il comptait utiliser un jour. Il lui manquait la connaissance directe de l'Allemagne dont la transformation récente par la conquête prussienne lui paraissait mériter une étude. Il partit le 28 juin 1870 pour la visiter. Il avait déjà vu Francfort, Weimar, Leipsig, Dresde, quand son voyage fut subitement interrompu par un deuil de famille et par la déclaration de la guerre.

Son projet de livre sur l'Allemagne ne devait jamais être repris. Une œuvre nouvelle s'imposait à lui. À Tours, où il avait passé l'hiver de 1870-1874, il avait pu voir de près, dans les jours de crise révolutionnaire et de désarroi universel, les vices de la machine gouvernementale et les défaillances de l'esprit public. En se rendant pendant la Commune en Angleterre, où il avait été appelé pour faire des conférences à Oxford, il fut frappé de la puissance de ce pays aux fortes traditions historiques, en regard de la désorganisation du pays qui avait en 1789 fait table rase du passé pour reconstruire l'édifice politique et social d'après des vues de l'esprit. Il avait été bouleversé jusqu'au fond de l'âme par la guerre, par les conditions cruelles de la paix, par les atrocités de la Commune. Il sentait la nécessité pour tout Français, dans ce naufrage de la grandeur nationale, de travailler au salut de la France. Il publiait, le 9 octobre 1870, un admirable article sur l'Opinion en Allemagne et les conditions de la paix et, en 1874, une brochure pleine de sagesse sur le Suffrage universel et la manière de voter, où il exposait les avantages du suffrage à deux degrés. Il prit une part active et un intérêt passionné à la création de l'École des sciences politiques, fondée par son ami E. Boutmy, et dans laquelle il voyait un instrument puissant de relèvement social.