Au point de vue logique, il est certain que cette classe de phénomènes est un cas spécial, mais plus complexe des propriétés vitales en général, de la même manière que celles-ci sont une combinaison supérieure et particulière des propriétés chimiques, physiques, mécaniques, lesquelles, en fin de compte, le sont en général de la figuration et de la situation (géométrie) d'un certain nombre (calcul) d'éléments ou d'agrégats d'éléments inorganiques dans le temps et dans l'espace. L'étude des phénomènes psychiques est impossible sans la connaissance préalable des lois de la physiologie générale et de celles de toutes les sciences antécédentes. Historiquement, du reste, la physiologie psychique s'est dégagée seulement dans ces derniers temps de la gangue fruste des dogmes religieux et des systèmes métaphysiques: elle n'a commencé à être en possession constante de sa méthode scientifique que dans la dernière moitié de ce siècle. L'antique classification même des sciences, basée non pas sur leurs caractères objectifs, mais sur les facultés subjectives déduites a priori de la constitution imaginaire de la nature humaine, telle que l'établirent F. Bacon et après lui d'Alembert lui-même, dans la Grande Encyclopédie, est la meilleure preuve qu'aux xviie et xviiie siècles la science des phénomènes mentals était encore, chez ses représentants les plus éminents, dans sa période de gestation métaphysique. Le tableau des facultés cérébrales dressé par A. Comte est aussi essentiellement subjectif, et les déductions sociologiques qu'il en tira étaient la négation radicale de sa propre méthode positive. Il a fallu, en définitive, que nos laboratoires de physiologie, après que celle-ci elle-même fut devenue une science expérimentale, prêtassent aux psychologues leurs instruments d'observation et d'expérimentation, pour que la science des phénomènes mentals fût enfin entraînée dans le courant scientifique général. Alors seulement la psychologie, devenue positive, put s'arracher notamment à la simple et stérile observation interne du moi par le moi, procédé si imparfait qui excluait naturellement et tout d'abord et la psychologie infantile et la psychologie des populations primitives, y compris celle de ces masses attardées qui grouillent au fond de nos hautes civilisations. A l'aide d'instruments enregistreurs dont l'usage lui fut révélé principalement par la physiologie, la psychologie put alors seulement aussi commencer à mesurer, d'une façon exacte, la quantité, la durée, l'intensité des faits psychiques, problèmes si importants au point de vue, par exemple, de la question du temps normal et utile qu'il convient de consacrer au travail, tant physique qu'intellectuel. L'observation interne et même la simple observation externe étaient également impuissantes à aborder l'examen des phénomènes plus ou moins anormaux, tels que ceux relatifs à la psychologie des idiots, des déments, des délinquants, sans compter celle des femmes et des vieillards; tous ces états mentals, le plus grand métaphysicien et prestidigitateur du monde ne peut évidemment les produire en lui-même à volonté aux fins de les contempler dans le champ de sa propre conscience, et, s'il le pouvait, il ne serait plus guère à même de les observer, car on ne se figure pas aisément ce dédoublement mystérieux d'une âme dont une part, en pleine conscience scientifique, observerait avec sérénité l'autre devenue déraisonnable et même imbécile. L'étude des passions en général, dans ce système, révèle la même inconséquence, les mêmes contradictions. L'observation directe externe elle-même ne peut nous en révéler que les caractères également externes, c'est-à-dire superficiels. L'une et l'autre dans tous les cas étaient impuissantes à transformer les simples descriptions psychiques qualitatives en ces mensurations quantitatives qui sont l'idéal de toute science parfaite en possession de sa méthode.
Il faut donc étudier la physiologie végétale d'abord et animale ensuite avant la psychologie; cette initiation préliminaire est indispensable, ne fût-ce que pour acquérir la notion de ce que sont la structure et le fonctionnement des êtres vivants, ces deux aspects, l'un statique, l'autre dynamique, de la science de la vie et de la mort. La biologie proprement dite, la première élève notre intelligence à la notion de structures, d'organes, d'appareils d'organes, etc.; la physiologie nous fournit celle du fonctionnement, non plus d'entités idéales, mais de combinaisons objectives supérieures dont l'activité constitue la vie des organes et des systèmes généraux de structure.
En fait, c'est par les progrès d'une dépendance directe de la physiologie, c'est-à-dire par la psychiatrie, que la psychologie s'est émancipée et des dogmes religieux et des hypothèses métaphysiques. Ce progrès, réalisé dans les cas anormaux ou morbides, s'étendra naturellement de plus en plus à l'ensemble de la science mentale. Il restera à la philosophie métaphysique cette gloire, qui n'est pas petite au point de vue des progrès de l'esprit humain, d'avoir contribué, au nom de la raison à arracher nos conceptions en général au joug des superstitions religieuses; ce fut son grand rôle social; dans l'oraison funèbre que l'histoire impartiale prononcera sur sa tombe, il ne faudra jamais oublier le caractère positif et organique par lequel la métaphysique, comme du reste les religions elles-mêmes, ont participé au progrès de l'humanité par la réduction successive des superstitions et des systèmes: de ce progrès, religion et métaphysique furent inconsciemment les artisans sociaux.
Mathématiques, astronomie, physique, chimie, physiologie, psychologie, telle est donc d'après A. Comte et la philosophie positive en général, à part certaines divergences particulières inutiles à discuter ici, la classification hiérarchique, à la fois logique et historique des sciences abstraites, non compris la sociologie, qui en est le couronnement et dont nous nous occuperons plus loin.
D'après A. Comte, cette classification hiérarchique serait conforme non seulement à l'ordre logique et historique, mais à l'ordre dogmatique, c'est-à-dire relatif à l'enseignement des sciences. Il restreint cependant cette vue trop générale en ajoutant qu'au point de vue dogmatique l'ordre logique est et doit rester prédominant, tandis qu'au point de vue de la constitution historique des sciences, il faut tenir compte d'un phénomène considérable, c'est-à-dire de leur connexion statique, ou de structure et de leur interdépendance dynamique, c'est-à-dire de leur activité réciproque, de l'influence mutuelle qu'elles exercent les unes sur les autres au cours de leur évolution progressive. De ce phénomène capital résulte leur avancement, non plus simplement successif, mais aussi et à la fois connectif ou collectif et simultané.
Cette considération de Comte nous semble elle-même devoir être restreinte, en ce sens qu'elle s'applique principalement à la structure et à l'évolution historiques des sciences concrètes. Toutes les sciences abstraites dont nous venons de parcourir la série ont, en effet, leurs sciences correspondantes concrètes. Il en est ainsi des mathématiques, y compris la mécanique, en tant que sciences appliquées; il y a de même une astronomie concrète; les sciences physico-chimiques abstraites ont leurs équivalents concrets, par exemple, dans la minéralogie et la géologie; la physiologie, dans la médecine, la botanique, la zoologie, l'anthropologie; la sociologie abstraite, dans l'histoire des civilisations particulières.
Ces sciences concrètes préparées et fortifiées pendant des siècles, par des procédés d'abord empiriques, doivent faire seules, en réalité, l'objet principal de la restriction apportée par Comte à la concordance qui existe entre la constitution logique des sciences abstraites et leur constitution historique; en tant que sciences abstraites, même au point de vue historique comme nous l'avons indiqué, la correspondance entre l'ordre logique et l'ordre historique est, peut-on dire, parfaite, sauf les variations accessoires et négligeables que l'on rencontre à l'occasion de l'étude de tous les phénomènes sociaux, variations dont l'importance disparaît, pour ainsi dire, à mesure que l'on embrasse un champ d'expérience plus étendu dans le temps et dans l'espace.
L'observation de Comte exige encore d'être rectifiée et complétée sous un autre rapport: sa distinction entre l'ordre logique et dogmatique d'un côté et l'ordre historique de l'autre est insuffisante; l'ordre dogmatique n'est pas et ne peut pas être absolument le même que l'ordre logique; il est quelque chose d'intermédiaire, par sa nature, entre les lois de la pensée et du raisonnement et les lois de l'histoire; il emprunte aux unes et aux autres des caractères spéciaux qui en font un type à part qu'on ne peut confondre avec elles sans amener des conséquences graves à la fois théoriques et pratiques. Dans l'enseignement, le procès logique et le procès historique doivent se prêter un constant et mutuel appui; par là seulement l'enseignement à tous ses degrés revêt ce grand caractère social de simultanéité et de continuité qui ne permet pas que les diverses parties de l'organisme scientifique soient disloquées et mutilées à l'école, non plus qu'elles le sont dans la structure générale effective des sociétés et dans leur évolution ou dynamique réelle.
Sous ce rapport, de tout temps l'enseignement public officiel et libre s'est heureusement, comme par un besoin instinctif, conformé plus ou moins, bien que d'une façon encore empirique et insuffisante, aux véritables et permanentes nécessités scientifiques des sociétés. A tous les degrés, dans l'enseignement primaire, dans l'enseignement moyen, y compris les athénées, et dans les universités, l'enseignement est déjà et continuera d'une façon de plus en plus raisonnée et systématique à être à la fois successivement et simultanément intégral; l'ordre successif, logique, et historique des sciences y sera seulement de plus en plus combiné avec les nécessités dogmatiques de simultanéité et d'interdépendance de toutes les sciences, en ce sens, qu'à chaque degré plus élevé dans la hiérarchie de l'enseignement et dans chaque classe plus élevée de chaque degré, cet enseignement sera de plus en plus approfondi dans toutes et chacune des branches spéciales. L'enseignement, en un mot, à tous les degrés devra toujours être à la fois général et spécial, c'est-à-dire encyclopédique; en outre, il devra devenir de plus en plus approfondi et spécial, à mesure que l'on gravit les échelons scolaires, mais en contre-balançant de plus en plus rigoureusement cette spécialisation croissante par le contrepoids nécessaire de considérations générales et abstraites tirées des sciences particulières et des rapports qui les unissent entre elles. Cette prédominance constante et progressive de l'ensemble sur le particulier imprime seule à l'enseignement son véritable caractère social.
Ces observations sont surtout importantes, si, avec Comte et toute l'école positiviste y compris Spencer, nous complétons maintenant le tableau hiérarchique des sciences, tel que nous venons de l'exposer, par l'adjonction de la science la plus spéciale et la plus complexe de toutes et qui en est comme le couronnement, la sociologie.