Custines passa en revue tous les reproches que lui avait faits l'accusateur public; il répéta ce qu'il avait déjà dit sur la plus grande partie de ces délits. Sa défense fut celle d'un brave militaire, à qui il ne manquait que des juges capables de l'apprécier. Tronson-Ducoudrai dont la mémoire sera toujours chère au barreau, prit ensuite la parole et défendit Custines, avec un zèle et un talent dignes des plus grands éloges. Mais que pouvaient le langage de la vérité et les ressources de l'éloquence contre des tigres altérés de sang?
Le 27 août, à neuf heures du soir, le tribunal, d'après la déclaration du jury, prononça contre Custines la peine de mort. Quand on fit rentrer l'accusé, le président poussa l'hypocrisie jusqu'à recommander au peuple qui remplissait la salle de ne donner aucune marque d'approbation ou d'improbation, en disant que l'accusé n'appartenait plus à la république, mais à la loi qui allait le frapper, et qu'il fallait le plaindre d'avoir encouru, par sa conduite, un pareil sort.
Custines, marchant d'un pas assuré, sous une nombreuse escorte de gendarmerie, reparut dans la salle d'audience. Le calme profond qui y régnait et la clarté des bougies qu'on avait allumées pendant son absence, parurent lui causer une vive impression. Le président lui fit part de la déclaration des jurés, en lui annonçant que la première question avait eu une majorité de dix voix sur onze, la seconde de neuf et la troisième de huit. Il lui fit donner ensuite lecture du jugement, en le prévenant qu'il pouvait, soit par lui-même, soit par l'organe de ses défenseurs, faire des observations sur l'application de la loi.
Custines, regardant de nouveau autour de lui, et n'apercevant ni Tronson-Ducoudrai, ni son conseil, à qui leur profonde émotion n'avait pas permis d'être témoins de ce déchirant spectacle, dit à ses juges ou plus tôt à ses bourreaux: Je n'ai plus de défenseurs, ils se sont évanouis; ma conscience ne me reproche rien; je meurs calme et innocent.
Après la clôture de l'audience, il entra dans le greffe, se mit à genoux et resta dans cette attitude religieuse pendant deux heures. Il pria son confesseur de passer la nuit avec lui. Il écrivit à son fils une lettre dans laquelle, après lui avoir fait les adieux touchans d'un père prêt à mourir, il l'exhortait à faire, dans les beaux jours de la république, tout ce qui dépendrait de lui pour obtenir la réhabilitation de sa mémoire.
Le lendemain, vers dix heures et un quart, il sortit de la Conciergerie pour aller au supplice. Arrivé au lieu de l'exécution, il se mit à genoux sur le premier degré de l'échelle, puis se relevant et reprenant toute sa force, il monta sur l'échafaud avec courage, et reçut la mort avec la plus grande résignation, le le 27 août 1793, à l'âge de cinquante-trois ans.
Ce n'était pas assez pour les scélérats, usurpateurs du pouvoir, d'avoir immolé le père; il leur fallait encore le sang du fils; sa mort fut dont jurée. On redoutait que ce jeune homme, doué d'une âme énergique, ne cherchât l'occasion de venger l'assassinat de son père. Il fut arrêté et conduit devant le tribunal révolutionnaire. Un seul témoin, nommé Vincent, parut pour l'accuser; sa déposition portait en substance: «Que Custines fils fuyait les patriotes, qu'il s'était lié avec les contre-révolutionnaires, et qu'il avait été complice des projets liberticides de son père.»
Dumas, président du tribunal, ayant demandé au témoin quelles preuves il pouvait donner à l'appui de sa déposition, il répondit qu'il avait ouï dire ce qu'il venait d'alléguer, et qu'au surplus, la chose était connue de tout le monde. Dumas interrogea ensuite Custines, sur une lettre qu'il avait confiée à un courrier du général et qu'on avait interceptée, dans laquelle il lui témoignait la part qu'il prenait à ses peines, et l'instruisait de la manière dont le nouveau comité de salut public venait d'être composé.
«Quelles étaient, lui dit-il, les peines de votre père, auxquelles vous vous montriez si sensible?—Custines répondit qu'il s'agissait alors de la prise de Condé, qui avait eu lieu presqu'au moment où son père avait été appelé au commandement de l'armée du Nord, et que la ville de Valenciennes étant menacée du même sort, il craignait que ses ennemis ne lui en fissent un crime, quoique depuis son arrivée à l'armée, il lui eût été impossible d'avoir la moindre communication avec ces deux places.»
Interrogé pourquoi il avait instruit son père du renouvellement du comité de salut public, il répondit que rien n'était plus intéressant pour un général, que de savoir à quels hommes il avait affaire, et quel parti il pouvait tirer de leurs lumières.