A l'étude des mathématiques, il joignit celle de l'astronomie, et eut pour maître Lalande, qui devint son ami.
Il fut beaucoup parlé de lui lorsqu'il publia son «Mémoire sur l'origine des constellations et sur l'explication de la fable par le moyen de l'astronomie», à cause de la hardiesse de ce mémoire, qui lui attira quelques admirateurs.
Après avoir été professeur d'éloquence latine au collège de France (1787), il rentra à l'académie des inscriptions (1788).
Ensuite, il fut élu par le département de Seine-et-Oise, député à la Convention Nationale. Là, tout à fait indifférent aux luttes des partis, qu'il avait constamment sous les yeux, il travailla dans le comité d'instruction publique, dont il était un des membres, puis il fit partie du conseil des Cinq-Cents et s'occupa énergiquement de l'organisation des écoles centrales. Il termina sa vie politique au Tribunat, où il eut un siège du 18 brumaire jusqu'en 1802, puis se retira complètement.
M. Dupuis a laissé comme écrits:
L'Origine de tous les cultes ou religion universelle, 3 volumes in-4o avec atlas et en 12 volumes in-8o, 1794.
Plusieurs fragments de cet ouvrage furent publiés dans le «Journal des Savants» et dédiés à l'académie des inscriptions.
Plus tard ces fragments furent réunis dans l'«Astronomie de Lalande» et donnés séparément en un volume in-4o sous le titre:—Mémoire sur l'origine des constellations et sur l'explication de la fable par l'astronomie.
On raconte que dans la crainte de blesser les âmes religieuses et de s'attirer la haine des dévots, M. Dupuis fut sur le point de détruire le manuscrit de ce grand travail. C'est sa femme qui aurait caché le fruit de tant de veilles, pour le soustraire aux flammes, et ne l'aurait rendu que sous la promesse formelle de sa publication prochaine.
En effet, son apparition excita une vive curiosité; les louanges et les critiques affluèrent à son auteur avec un entrain formidable. Il y eut même de vives controverses, car s'il y eut des admirateurs pour son talent littéraire, ceux-ci ne partageaient pas du tout ses idées.