—Dissertation sur le zodiaque de Denderah, 1806.
—Mémoires sur les Pélasges, dans le «Recueil de l'Institut», 1798.
—Mémoire sur le Phénix, inscrit dans la collection des Mémoires de l'Académie.
—Lettres sur l'origine astronomique de l'idolâtrie et de la fable, in-4o.
—Lettre sur le Dieu Soleil, in-4o.
—Lettre sur Janus, in-4o.
En 1805, Dupuis publia dans l'Almanach des Muses, un Fragment en vers du Poëme astronomique de Nonnus. Il laissa comme manuscrit, un travail fort étendu sur les Hiéroglyphes égyptiens, des Lettres sur la Mythologie, et une traduction des Discours choisis de Cicéron.
Maintenant voyons pour quel motif Monsieur Pérès fit: «Comme quoi Napoléon n'a jamais existé».