Celle qu’on lui substitua et qui existe encore fut commencée en 1525 et achevée en 1612.
« En faisant les fondements de la neuve église », raconte le bon Gilles Corrozet dans ses « antiquités chroniques et singularités de Paris », on trouva sous le grand autel, dans un tombeau de pierre, le corps de son fondateur, ayant des bottines de cuir doré aux jambes, lequel, sitôt qu’il fut touché de l’air, tourna en poudre. Son épitaphe était auprès, la date duquel pour la vieillesse, ne put être reconnue. Cet épitaphe fut engravé en une autre pierre qui est au milieu du chœur et contient ainsi :
« Hic jacet vir boniæ memoriæ, Odo falconarius, fundator hujus ecclesiæ. »
Et Corrozet ajoute : « Anciennement n’était qu’une petite chapelle en laquelle, dit Vincent historial, au cinquième livre, chap. iiijxxij, saint Merry trépassa. Son corps y fut enterré et y reposa deux ans et depuis, en l’an 1304, il fut levé de terre et mis en une capse d’argent en la même chapelle. »
D’autre part, le Calendrier historique et chronologique de l’église de Paris, pour l’année 1747, nous fait savoir que le compagnon du saint, saint Frodulphe que le vulgaire appelle saint Frou, décéda, lui aussi, à Paris et que son corps fut enseveli près de celui de son maître, dans l’intérieur de Saint-Merry.
En édifiant le nouveau sanctuaire, on eut soin de bâtir, au lieu même du caveau où gisait la dépouille mortelle des deux saints, une crypte qui subsiste encore ; mais elle n’a jamais détenu leurs restes qui furent exposés au-dessus du maître-autel, dans le chœur et enfermés dans un reliquaire dont les chanoines de Notre-Dame vérifièrent le contenu, en 1625. Ils y remarquèrent, en sus des ossements, un flacon auquel était jointe une cédule sur laquelle étaient écrits ces mots : « C’est une fiole de baume creu et la donna Messire Etienne Maupas, l’an 1339, le vingt-cinquième jour de may. »
La châsse fut encore ouverte en 1793, mais, cette fois, par les sans-culottes qui s’empressèrent de jeter à la voirie et les pieux détriments et la fiole.
Il n’existe donc plus de reliques de saint Merry. En fait d’objets lui ayant appartenu, l’on peut voir, dit l’abbé Salmon, dans ses « Pèlerinages de Paris », le fragment d’une de ses chasubles ornée de dessins bizarres. Il est possédé par le trésor de l’église de Longpont.
Sauf la tour ogivale dans le bas mais dont les derniers étages arborent les pilastres et les cintres du dix-septième siècle, l’église actuelle est du gothique de la dernière période ; le portail principal s’étend sur la rue Saint-Martin. Il est difficile à saisir, en son ensemble, à cause du peu de recul que permet l’étroitesse de la rue ; percé de trois portes ogivales surmontées de crossettes et de fleurons, il n’a gardé de son ornementation primitive que des bribes mais d’aucunes, celles surtout de la porte de droite, méritent qu’on les loue.
Il y a là, en haut, tapis dans une torsade de feuillages, un chien et un lièvre qui se livrent à une éternelle partie de cache-cache et, plus bas, un joueur de cornemuse coiffé d’une sorte de lampion de déménageur, et qui regarde, accroupi, depuis bien des siècles, déambuler les petits-fils de ces Parisiens réunis pour le fêter, aussitôt qu’il naquit et qu’on le déposa dans le berceau préparé de sa porte.