Mais les Guise ne livraient rien au hasard. Leur plan était de frapper tout de suite un grand coup et de placer les députés devant un fait accompli. Les Etats convoqués à Orléans, le roi de Navarre et Condé furent invités à s'y rendre. S'ils refusaient, ils s'avouaient coupables et se mettaient hors la loi. S'ils venaient avec des troupes, ils trahissaient une mauvaise conscience. S'ils venaient seuls, ils se livraient à leurs adversaires. C'est ce qui eut lieu. Le roi de Navarre, que son irrésolution rendait inoffensif, fut intimidé par un accueil glacial et une étroite surveillance. Quant à Condé, sommé par le roi d'expliquer sa conduite, il répondit qu'il était calomnié par les Guise. Arrêté, jugé, il fut condamné pour trahison. Les Guise avaient obtenu ce qu'ils voulaient. En frappant les princes de Bourbon, ils avaient frappé le parti protestant à la tête.
La mort de François II, dans la même année 1560, atteignit les Guise au milieu de ce succès. Cette mort changeait tout, car le nouveau roi, Charles IX, étant mineur, la reine mère et L'Hospital prenaient la haute main. On peut croire que, dès ce moment, l'idée d'un changement de dynastie hanta les Guise, comme elle était dans l'esprit des protestants. Et du changement de dynastie à la suppression du régime monarchique, il n'y a qu'un pas. Un état d'esprit révolutionnaire se répandait.
Apaisement, réconciliation: c'était le programme de Catherine et de L'Hospital. Programme chimérique: les positions étaient trop nettes, les passions trop brûlantes. L'habileté de l'Italienne, le libéralisme du chancelier réussirent quelque temps à écarter les questions qui irritaient, les questions de personnes d'abord. Mais il n'était pas possible d'être si impartial que la balance ne penchât de quelque côté. Les Guise écartés du pouvoir, le roi de Navarre au conseil, Condé gracié, l'amnistie pour les calvinistes: la balance penchait du côté des protestants qui s'enhardirent, tandis que les catholiques s'alarmaient. L'Hospital s'était trompé sur la nature du problème, ou plutôt il ne l'avait pas vue. Il n'avait pas distingué ce que Sainte-Beuve appelle «l'esprit républicain primitif des Eglises réformées et leur dessein exprès de former un Etat dans l'Etat». L'Hospital ne crut pas seulement contenter les calvinistes par des concessions et des édits de tolérance. Ne distinguant pas le cours des événements, il affaiblit l'Etat au moment le plus mauvais. Il a ainsi une lourde responsabilité dans les massacres et les guerres civiles. L'ordonnance qu'il rendit, selon l'usage, après les Etats Généraux d'Orléans, répondait aux réformes demandées par les députés bourgeois, effrayés surtout de la dépense et du déficit qui atteignait 43 millions, chiffre énorme alors. Le chancelier fit des économies, mais de l'espèce des économies ruineuses. Il diminua la force publique, licencia la garde écossaise. Les pensions réduites firent des mécontents et des «demi-solde». Ce n'était pas tout. Les pouvoirs des municipalités furent accrus: c'est comme si, dans des temps troublés, la police intérieure était abandonnée aux communes. L'Hospital pensait que la liberté arrangerait tout: il désarmait le gouvernement et il armait les partis. Michelet, presque malgré lui, traite ce libéral comme un imbécile: «Aux flots de la mer soulevée, aux éléments furieux, au chaos, il dit: Soyez rois.»
Ces circonstances expliquent comment, presque d'un seul coup, la France flamba. En vain le chancelier multipliait les édits; personne ne les observait. Les calvinistes ne trouvaient pas qu'il leur donnât assez et le parti catholique trouvait qu'il leur donnait trop. Les uns troublaient la messe, les autres le prêche, sans qu'on sût jamais qui avait commencé. La singulière idée qu'eut L'Hospital de convoquer à Poissy un colloque d'évêques et de ministres pour rapprocher les deux religions s'acheva par une violente querelle et laissa penser aux catholiques que le pouvoir était prêt à sacrifier leur foi. Dans son rôle de conciliatrice, Catherine de Médicis se rendait suspecte. Déjà, le duc de Guise, le vieux connétable de Montmorency et le maréchal de Saint-André avaient formé une sorte de gouvernement à côté du gouvernement, le triumvirat. Un incident plus grave que les autres, où le duc de Guise fut personnellement mêlé, donna le signal de la guerre civile. Les protestants, dont les coreligionnaires avaient eu le dessous dans la sanglante échauffourée qu'on a appelée le massacre de Vassy, crièrent à la persécution et prirent les armes. On était en mars 1562: la véritable guerre civile commençait et un manifeste du prince de Condé l'ouvrit.
Cette guerre, François de Guise, avec sa décision ordinaire, voulut l'entreprendre dans de bonnes conditions. Il avait pour lui Paris, qui restera jusqu'au bout catholique, et la résistance passionnée de la capitale annonce l'échec de la nouvelle religion, car déjà la France ne peut plus être qu'à l'image de Paris. Guise voulut encore autre chose: être sûr du gouvernement. Par un coup aussi calculé et aussi hardi que celui d'Orléans, il s'empara, à Fontainebleau, de la reine mère et du jeune roi, les conduisit à Paris, et reprit le pouvoir.
La tutelle et la surveillance que les Guise imposaient à la royauté et que Catherine subissait impatiemment, contre lesquelles Charles IX et Henri III se défendront plus tard, étaient fort illégales. Toutefois, sans cette dictature, la France eût couru de bien plus grands périls. Le coup d'œil de Guise était prompt et sûr. Il avait vu tout de suite la marche que les événements devaient suivre. Toute guerre civile introduit l'étranger dans les affaires d'un pays. Quand une guerre civile a en outre un principe religieux, elle prend un caractère international. La crainte des Guise était que les protestants de France n'eussent recours aux protestants du dehors. Comme nous avions encore de bonnes relations avec ceux d'Allemagne, les Guise cherchèrent à les convaincre qu'il y avait bien moins de différence entre luthériens et catholiques qu'entre luthériens et calvinistes. Le cardinal de Lorraine, par une politique qu'on lui a beaucoup reprochée, fit même, dans un entretien fameux sur la foi et le dogme, d'étonnantes concessions au duc de Wurtemberg. Cette politique réussit et, les subsides aidant, on put voir des reîtres allemands combattre dans les rangs catholiques contre d'autres reîtres. Du côté de l'Angleterre, favorable au protestantisme, les Guise étaient sans moyens d'action. Mais une alliance s'offrait à eux, celle de l'Espagne. Philippe II avait pris position contre la Réforme en Europe, Elisabeth d'Angleterre était son ennemie. Ainsi, en France, chacun des deux camps trouvait des alliés.
Si les interventions étrangères étaient déplorables, celle de l'Espagne semblait à ce moment la moins dangereuse. Catherine elle-même y avait recouru pour intimider le roi de Navarre, menacé dans son Etat, et la manœuvre avait été efficace. Ensuite l'entente du parti catholique avec l'Espagne se faisait par les voies régulières et diplomatiques, tandis que le parti protestant, parti rebelle, bien qu'il s'en défendît, était en mauvaise posture pour négocier. Elisabeth lui donna son appui moyennant des gages: la remise du Havre d'abord et plus tard la restitution de Calais. Condé et Coligny qui signèrent cette convention ont nié qu'ils eussent voulu trahir. Cependant ils livraient leur pays.
On a comparé l'année 1562 à 1793. Ce fut, en effet, une année de massacres et de terreur où aucun des partis n'épargna l'autre: Montluc et le baron des Adrets, dans le Midi, ont attaché leur nom à ces luttes impitoyables. Mais la Révolution a détruit moins de monuments, d'églises, de tombeaux et de statues, car les protestants s'en prenaient aux «images». Beaucoup de lieux de France montrent encore les ruines de ce temps-là. Cependant la carte des opinions et des religions a sensiblement changé. Car si, au Sud, catholiques et protestants, personnifiés par Montluc et des Adrets, sont toujours restés en présence, l'Ouest, en partie calviniste au seizième siècle, a vu la défaite de la Réforme. C'est en Normandie, où Condé et Coligny trouvaient leur appui principal, que la bataille se livra. Parti pour protéger le Havre contre les Anglais et reprendre Rouen, Guise rencontra Condé et Coligny près de Dreux et remporta une victoire difficile, mais une victoire. Il lui restait à s'emparer d'Orléans, une des places du protestantisme, lorsqu'il fut assassiné par Poltrot de Méré (1563). A ce guet-apens, le fils de François de Guise répondra dans la nuit de la Saint-Barthélemy. A la guerre civile et religieuse, ce crime ajoutait la vendetta.
En attendant, les événements avaient travaillé pour Catherine de Médicis. Le duc de Guise, ce roi non couronné, et l'incertain roi de Navarre, tué au siège de Rouen, étaient morts. Le triumvirat cessait d'exister. Le prince de Condé et les protestants étaient vaincus. Catherine, qui avait compris la force du parti catholique, utilisa ces circonstances. Le parti calviniste était découragé, fatigué de la lutte. Elle le divisa. Elle offrit la paix à Condé et aux gentilshommes protestants, leur accordant la liberté du culte qui était refusée à quiconque ne pouvait célébrer la Cène en privé et dans son château. Ainsi l'aristocratie protestante avait satisfait son point d'honneur et semblait abandonner la plèbe. Un coup était porté au parti, mais c'était loin d'être le coup de grâce.
A peu près en ce temps, Catherine de Médicis se comparait à Blanche de Castille qui avait dissous une révolte des grands par son habileté et qui n'avait pas voulu que la monarchie fût souillée du sang des Albigeois. Pendant cette accalmie, où Charles IX atteignit sa majorité, l'autorité et les traditions royales se relevèrent. La reine mère, qui gardait la haute direction, croyait cette fois avoir trouvé la vraie formule de l'équilibre: un gouvernement catholique avec le respect de la justice légale pour les huguenots. Catherine se flattait d'avoir rétabli la tranquillité du royaume et d'avoir su mieux s'y prendre que Philippe II qui ensanglantait les Pays-Bas. Catherine de Médicis était trop optimiste. La tranquillité était fort incertaine. Le parti protestant n'était pas assez vaincu pour se contenter de la place qui lui était faite et pour ne pas se redresser. Il comptait des fanatiques qui aspiraient à reprendre la lutte et qui, pour ranimer les énergies, exploitaient tous les incidents. Ils finirent par entraîner Coligny qui, s'inspirant à la fois de La Renaudie et de François de Guise, de la conjuration d'Amboise et du coup d'Etat de Fontainebleau, voulut, avant de recommencer la guerre, s'emparer de la personne du roi. Se proposait-il de dominer Charles IX ou de le remplacer par un Bourbon? Avait-il les arrière-pensées républicaines que croit découvrir Michelet? Son échec ne permet pas de le savoir. Malgré l'aveuglement de L'Hospital, qui ne voulait pas croire à tant d'audace, le coup de Coligny fut manqué et Charles IX, après avoir failli être pris à Meaux, put se réfugier à Paris.