Les protestants avaient commis une faute grave. Ils obligeaient la monarchie à les regarder comme des rebelles, et ils détournaient d'eux le tiers parti qui, avant tout, respectait la couronne. L'Hospital, rendu responsable de ce qui avait failli arriver, dut quitter le pouvoir. L'influence revint aux Guise et la répression commença. L'armée royale était si peu puissante qu'en deux ans, malgré des succès (à Jarnac, où le prince de Condé fut tué, et à Moncontour), elle ne parvint pas à écraser la sédition. Coligny avait pour point d'appui La Rochelle d'où il communiquait par mer avec ses alliés protestants d'Angleterre et des Pays-Bas. Parfois il réussissait à donner la main à d'autres forces calvinistes formées dans le Centre ou dans le Midi, venues de Hollande ou d'Allemagne, et il parut jusqu'en Bourgogne. Cette troisième guerre civile finit encore par épuisement mutuel. Et puis Charles IX désirait se réconcilier avec les protestants pour des raisons de politique intérieure. Une transaction ne valait-elle pas mieux que ces guerres qui ruinaient la France? En outre, la maison de Lorraine redevenait bien puissante, bien exigeante, et le jeune Henri de Guise, fils de François, commençait à porter ombrage à la couronne. Au dehors, on avait à se méfier de Philippe II dont «l'alliance catholique» était peu sincère et qui n'était pas fâché que la France s'affaiblît par ses divisions. Toujours conseillé par sa mère, élevé dans la politique du tiers parti, Charles IX, qui avait même eu pour nourrice une protestante, n'avait pas de haine pour les calvinistes. Il désirait se réconcilier avec eux. Déjà il leur avait accordé la liberté de conscience. Par la paix de 1570, il leur donna encore la liberté du culte, sauf quelques restrictions en vue de l'ordre public, et quatre «places de sûreté», La Rochelle, Cognac, La Charité et Montauban.

En somme la monarchie avait traité avec un parti rebelle comme avec des belligérants. Cette politique, pour réussir, supposait un apaisement général, une vaste réconciliation de famille entre les Français. Afin de l'obtenir, Charles IX voulut commencer par en haut. Le premier prince du sang, c'était le fils d'Antoine de Bourbon et de la reine de Navarre, c'était le futur Henri IV, à qui revenait la couronne si le roi et ses jeunes frères mouraient sans enfants. Henri de Bourbon était protestant. Sa mère, l'ardente calviniste Jeanne d'Albret, l'avait conduit à La Rochelle et il avait fait ses premières armes sous Coligny. On pouvait prévoir une situation très grave le jour où la couronne passerait des Valois aux Bourbons, où le principe héréditaire appellerait au trône un protestant que les catholiques refuseraient de reconnaître. C'était et ce devait être la plus grande des difficultés que la monarchie eût rencontrées en elle-même depuis ses origines. Il fallait donc aider, préparer la fusion, faciliter la transmission de l'héritage. L'idée de Charles IX, idée à laquelle, malgré toutes les oppositions, il ne renonça pas, fut de donner sa sœur Marguerite en mariage à Henri de Bourbon pour rapprocher les deux branches de la famille.

En 1571, Catherine écrivait, avec la joie d'un grand succès: «Nous avons ici l'amiral à Blois.» Coligny à la cour, c'était un renversement complet de la situation. Le chef des rebelles, qui avait, quelques mois plus tôt, presque assiégé Paris, brûlé un de ses faubourgs, entra dans la ville à la droite du roi. Il devenait son conseiller. Il fit avec lui des plans de politique extérieure fondés sur une alliance avec le prince d'Orange contre Philippe II. On se réconcilia même avec la reine d'Angleterre, qui tenait pourtant Marie Stuart en prison. Un mariage entre Elisabeth et le duc d'Anjou ou, à son défaut, le duc d'Alençon, fut ébauché. Coligny rendit ses places de sûreté en témoignage que les calvinistes avaient cessé d'être les ennemis de l'Etat et il envoya ses bandes en avant pour délivrer les Pays-Bas des Espagnols. La «guerre d'Espagne» devait rallier tous les «bons Français», et la conquête de la Flandre détourner la nation de la guerre civile.

Par un brusque revirement, la politique de la France devenait protestante et Coligny avait manqué de mesure. Un grand et rapide succès de la diversion qu'il avait conçue eût peut-être tout entraîné. Mais ses calculs étaient chimériques. Une entreprise de la France aux Pays-Bas inquiétait l'Angleterre et l'Allemagne. L'Espagne de Philippe II était puissante et l'on ne savait jusqu'où une guerre avec elle pouvait mener. Les esprits politiques s'alarmaient des dangers de cette entreprise et ils sentaient la population catholique s'énerver de la faveur et de l'autorité croissante des protestants. Surtout, le mariage de Marguerite de Valois et d'Henri de Bourbon, le premier «mariage mixte» et sans dispense du pape, faisait scandale. On prêchait dans Paris contre les fiançailles. Charles IX, pour qui cette union était le point capital de sa politique, persévéra. Il força même le consentement de sa sœur. A Notre-Dame elle hésitait encore, et l'on raconte que le roi, d'un geste brusque, la força d'incliner la tête pour dire oui.

C'est dans ce mariage, pourtant destiné à être le symbole de la réconciliation des Français, qu'est l'origine de la Saint-Barthélemy. La vendetta des Guise contre Coligny ne suffit pas à expliquer cette explosion de fureur. Il est vraisemblable qu'un premier attentat dirigé contre Coligny, qui fut seulement blessé, fut inspiré par Henri de Guise en représailles du meurtre de son père. Mais l'excitation de Paris était grande. On avait annoncé que les noces d'Henri de Bourbon seraient des «noces vermeilles». En somme le gouvernement, par sa nouvelle politique favorable aux protestants, s'était mis dans une de ces situations fausses dont on ne sort plus que par la violence. La sincérité de Charles IX ne peut être mise en doute. Après l'attentat de Maurevel contre Coligny, il avait encore pris des mesures pour la protection des calvinistes. Ce ne fut pas sans de longues hésitations qu'il finit par se ranger au parti contraire et par se rendre aux conseils de Catherine de Médicis qui, ramenée à d'autres sentiments, lui représenta qu'il mettait la monarchie en danger, que Coligny l'entraînait à sa perte, que si les Guise prenaient la direction de la réaction catholique qui s'annonçait, ils deviendraient les maîtres de l'Etat. L'unique ressource était de les devancer et de frapper le parti protestant à la tête.

La Saint-Barthélemy fut ainsi bien moins l'effet du fanatisme que la conséquence de la politique de bascule et de la politique de ménagements. Le roi, pour avoir penché du côté de Coligny, était dans une impasse. Les protestants étaient installés au Louvre avec son beau-frère. Comment les renvoyer? Mais s'il continuait à gouverner avec Coligny, une révolution pouvait les renverser tous les deux. Chasser Coligny? Autre perplexité. C'était aussi chasser Henri de Bourbon à qui le roi venait de donner sa sœur. C'était désavouer ce mariage qui avait coûté tant de peine, suscité tant d'opposition, et qui avait tant d'importance pour l'avenir du trône. Cependant un coup d'Etat des Guise, qui avaient refusé de quitter Paris et que la population approuvait, était imminent.

Les deux journées qui précédèrent le 24 août 1572 furent remplies par des conseils orageux où furent exprimés les avis les plus divers. Le plus curieux, celui qui peint le mieux la situation, fut donné par Catherine de Médicis qui songeait à laisser le champ libre aux Lorrains, comme on appelait les Guise, pour se retourner contre eux quand ils auraient décapité le parti calviniste. Ainsi la monarchie n'eût pas trempé dans la sanglante affaire et elle eût été affranchie de tous les grands, de tous les chefs, catholiques et protestants. Ce plan parut compliqué, dangereux, incertain, capable de donner aux Guise une autorité qu'il eût été difficile de leur reprendre ensuite. D'ailleurs le temps pressait. Il fallait se décider. Il fallait agir. On savait que les huguenots allaient venir en corps accuser les Guise devant le roi. Charles IX se vit entre deux périls et ses dernières hésitations furent vaincues.

Loin qu'il y ait eu préméditation dans la Saint-Barthélemy, on y distingue au contraire l'effet d'une sorte de panique. Les objections du roi étaient celles d'un homme qui ne voit que dangers à tous les partis qu'on lui soumet. Un autre trait révélateur, c'est que Charles IX commença à se décider lorsque Gondi lui eut suggéré que le roi pourrait dire à la France: «Messieurs de Guise et de Châtillon se sont battus. Je m'en lave les mains.» Ce n'était pas héroïque, mais cette anxiété, cette prudence, ce soin de se couvrir de tous les côtés montrent que Charles IX avait le sentiment que le sort de la monarchie et de l'Etat se jouait. Michelet convient que, dans le conseil royal, l'hypothèse qui parut la plus redoutable (et elle se réalisera plus tard avec la Ligue) fut celle où un grand parti catholique s'organiserait et se dresserait contre la monarchie compromise avec le parti protestant. L'expérience devait prouver que la raison était forte. Par elle se décida le coup.

Il n'y eut pas besoin qu'on excitât Paris. Non seulement Coligny et les chefs, mais tous les protestants furent massacrés avec une fureur enthousiaste. Paris avait de vieilles rancunes, à la fois religieuses et politiques. Le petit commerce parisien reprochait aux huguenots de faire du tort aux «affaires» par leurs guerres civiles. Jusque dans le Louvre, on tua les gentilshommes protestants, et il y avait parmi eux les plus beaux noms de France. Charles IX eut peine à sauver son beau-frère et Condé, qu'il voulait épargner, non seulement par sentiment de famille, mais aussi pour garder quelqu'un à opposer aux Guise. Le vrai sens de la fameuse journée est là. Plus tard, dans ses Considérations sur les coups d'Etat, Gabriel Naudé écrira que celui de 1572 était resté «incomplet» parce que les princes lorrains n'avaient pas subi le même sort que les Châtillon.

Avec passion, les provinces avaient suivi l'exemple de Paris. Un peu partout les protestants furent tués en masse, comme si les catholiques n'eussent attendu que ce signal et l'autorité intervint pour modérer cette ardeur plutôt que pour exciter au massacre. L'effet de terreur fut profond sur les calvinistes. Beaucoup abjurèrent, surtout les gentilshommes, les grands bourgeois, à l'exemple d'Henri de Bourbon, qui, une première fois, se convertit. Le protestantisme, décapité, mais privé de ses éléments conservateurs, en aura désormais des tendances plus républicaines et plus révolutionnaires. S'il s'éteint dans une partie de la France, il se réfugie dans l'Ouest, à La Rochelle, et dans le Midi, autour des Cévennes où le souvenir des Albigeois lui donnait une sorte de prédestination. La guerre civile n'est donc pas finie. Ce qui l'est, c'est l'expérience tentée par Charles IX, l'essai d'une collaboration avec les calvinistes. Le fait qui reste, c'est que la France n'a voulu accepter ni la Réforme ni l'influence des réformés sur le gouvernement.