Il faut reconnaître que l'horreur de la Saint-Barthélemy, répandue et répercutée par l'histoire, n'a été que modérément ressentie par les contemporains. Charles IX et sa mère, si troublés au moment de prendre leur résolution, n'étaient pas sans inquiétude après. Mais on cherche en vain la trace d'une grande réprobation de l'Europe. En somme, l'événement fut jugé au point de vue de ses résultats politiques. La monarchie française s'était tirée d'un péril pressant: Philippe II n'en eut aucun plaisir. Quant aux puissances protestantes, elles pensèrent que le roi de France serait plus fort pour maintenir l'équilibre en face du roi d'Espagne. La reine d'Angleterre, le prince d'Orange, les princes protestants d'Allemagne se rapprochèrent de la cour de France. Avec leur assentiment, le troisième fils de Catherine de Médicis, le duc d'Anjou, fut élu roi de Pologne. Louis de Nassau travaillait même pour que Charles IX fût élu empereur.
Le roi, très jeune encore, allait d'ailleurs mourir dès 1574. Avec la passion qui travestit cette période de notre histoire, on a prétendu que le remords de la Saint-Barthélemy l'avait tué. Que ces terribles scènes aient frappé son imagination, c'est à l'honneur de Charles IX. Mais sa mort—une pleurésie—fut troublée par autre chose que des souvenirs. Dans un pays où, depuis cinquante ans, des guerres civiles incessantes avaient succédé à une grande guerre étrangère, il y avait des souffrances et de l'irritation. Aux protestants insoumis du Midi et de La Rochelle, les «malcontents» s'étaient joints. Et, de même qu'il y avait les Guise avec les catholiques et les Châtillon avec les calvinistes, les malcontents avaient eux une autre grande famille, celle des Montmorency, qui représentait le tiers parti. Ainsi, il était facile d'entrevoir de nouvelles convulsions, mais aussi une nouvelle combinaison de tendances et de forces, celle des catholiques modérés unis aux huguenots, regroupés sous la direction d'Henri de Bourbon, roi de Navarre.
La deuxième phase des guerres de religion, si tourmentée, presque fantastique, est un renversement curieux des situations. La France ne sera pas protestante: c'est pour l'histoire une affaire jugée. Mais les catholiques ne sont pas encore rassurés, loin de là. Charles IX ne laisse pas de fils. Il est peu probable qu'Henri III en laisse un. Alors l'héritier du trône, ce sera Henri de Bourbon, le protestant mal converti qui est déjà retourné à la Réforme. Plutôt un autre roi, plutôt la République qu'un roi huguenot: ce sera la formule de la Ligue. Mais Charles IX, puis Henri III, ces derniers Valois décriés et injuriés plus que tous les autres souverains français, tiennent bon, à tous risques, sur le principe essentiel, le rocher de bronze de l'Etat: la monarchie héréditaire. C'est pour ce principe qu'Henri III, qui passe pour efféminé comme il passe pour avoir conseillé la Saint-Barthélemy, va lutter quinze ans. A la fin, il le paiera de sa vie.
Il était en Pologne à la mort de son frère et il ne rentra en France que pour trouver un royaume divisé, un trône chancelant. Son plus jeune frère, le duc d'Alençon, était contre lui, avec la coalition des mécontents et des huguenots. Rébellion, coups de main, combats partout. Le roi n'était pas assez fort pour venir à bout des séditieux. Il le tenta vainement. Vainement aussi il tenta, en négociant, d'arrêter une armée allemande, vingt mille reîtres en marche pour rejoindre les rebelles de l'Ouest et du Midi. Pour empêcher cette jonction redoutable, Henri III préféra capituler et céder de bon gré ce que lui eussent imposé les rebelles. Le duc d'Alençon reçut un apanage. Les Montmorency reprirent leurs charges. Les protestants obtinrent le libre exercice de leur culte, sans restriction d'aucune sorte, des places de sûreté, des sièges dans les Parlements, tout ce qu'ils demandaient, depuis un quart de siècle, les armes à la main, plus un désavœu de la Saint-Barthélemy, une vraie amende honorable, quatre ans après la célèbre journée. Encore une fois, la monarchie cherchait un accord avec le parti protestant.
Chez les catholiques, la réponse ne tarda pas, et elle fut violente. C'est alors que naquit la Ligue que pressentait Charles IX et dont la crainte l'avait déterminé, la veille de la Saint-Barthélemy. A l'exemple des protestants qui avaient levé des armées, formé un gouvernement, dressé un Etat contre l'Etat, les catholiques constituèrent à leur tour une association politique. Le mouvement partit de Picardie, dont les habitants refusaient de laisser Péronne comme place de sûreté aux huguenots, mais l'idée s'en était déjà répandue sur beaucoup de points lorsque le manifeste de la «Sainte-Union» fut lancé par Henri de Guise. Le Balafré (il venait d'être blessé au visage en combattant les reîtres) était aussi populaire que son père l'avait été. La situation qui s'était vue sous les règnes précédents avec le duc François se reproduisait: le parti catholique aurait un chef politique plus puissant que le roi lui-même.
Le manifeste d'Henri de Guise n'était pas expressément dirigé contre la monarchie. Mais il contenait déjà des indications inquiétantes. On y demandait pour les «provinces de ce royaume» le rétablissement des «droits, prééminences, franchises et libertés anciennes, telles qu'elles étaient du temps du roi Clovis, premier roi chrétien, et encore meilleures, plus profitables, si elles se peuvent inventer». Ce bizarre souci d'archaïsme et de tradition, cachait, disait-on, la grande idée des Guise, qui prétendaient descendre de Charlemagne et qui voulaient se faire rois. En tout cas la Ligue, à peine constituée, montra sa force. Henri III s'empressa de la reconnaître et de se mettre à sa tête pour ne pas être débordé. Il était difficile de gouverner dans des conditions pareilles et la monarchie, par ses oscillations, trahissait sa faiblesse. Dans son perpétuel effort pour maintenir l'équilibre, elle suivait les impulsions et ne les donnait pas. Elle n'avait même plus d'argent pour les dépenses les plus nécessaires ni autorité pour en avoir. Afin d'obtenir les ressources indispensables, des états généraux, où la Ligue ne fit élire que des catholiques, furent tenus à Blois en 1576. Ils s'achevèrent dans la confusion de vœux et de votes contradictoires, tant sur la question de religion que sur celle des subsides. Henri de Guise n'en sortait pas vainqueur, mais le roi en sortit bien diminué.
De cette date jusqu'à 1585, le gouvernement vécut au jour le jour dans un affaiblissement extrême. L'année d'après les états de Blois, Henri III tenta un coup d'autorité et prononça la dissolution de toutes les ligues, protestantes aussi bien que catholiques. Ce fut en vain. Les moyens d'être obéi lui manquaient. Beaucoup de gens crurent alors la royauté près de la fin. C'est à peine si le roi était en sûreté dans son Louvre et sa cour ressemblait à celle d'un petit prince d'Italie entouré de complots et d'assassinats. Il lui fallait à son service, pour le protéger, des spadassins, qu'on appela les mignons et qui furent ensuite les Quarante-Cinq. Conseillé par sa mère, il essaya, pour durer, toutes les recettes de Catherine de Médicis et même celles de Charles IX, l'entente avec Elisabeth d'Angleterre et la diversion extérieure par une campagne aux Pays-Bas. L'expédition réussit mal et c'est après l'échec d'Anvers que mourut le duc d'Alençon, quatrième fils d'Henri II. Dès lors, Henri de Bourbon qui, depuis longtemps, s'était échappé de Paris et qui était retourné au calvinisme, devenait, de toute certitude, l'héritier du trône. Ce fut pour les Guise l'occasion de ranimer la Ligue en excitant les catholiques contre Henri III qui voulait laisser sa couronne à un protestant et imposer un «roi hérétique» à la France.
La Ligue, qui eut à Paris son foyer le plus ardent, était une minorité, mais une minorité active et violente. La petite bourgeoisie, les boutiquiers irrités par la crise économique, en furent l'élément principal. Aussi n'est-on pas surpris de retrouver aux «journées» de la Ligue le caractère de toutes les révolutions parisiennes, celles du quatorzième siècle comme celles de la Fronde et de 1789.
En 1576, la Ligue avait langui. Cette fois, elle mit encore plusieurs mois avant de faire explosion. L'idée d'Henri III était d'user les catholiques et les protestants les uns par les autres. Tout en affectant de se conformer aux désirs des ligueurs, il cherchait à ménager les protestants. Une maladresse dérangea ses projets. Contre ses instructions, son lieutenant, le duc de Joyeuse, chargé de contenir le roi de Navarre, redevenu chef des calvinistes, lui offrit la bataille et l'occasion de la gagner. Le Béarnais vainquit à Coutras (1587). C'était la première victoire que les protestants remportaient. Henri de Bourbon en profita modérément. Il donnait déjà l'impression qu'il se comportait en futur roi de France plutôt qu'en chef de parti et «qu'il voulait laisser entier l'héritage qu'il espérait». Mais Coutras produisit un effet profond sur les catholiques. Henri III devint suspect de faiblesses et de ménagements calculés en faveur des ennemis de la religion et de l'Etat. Il fut accusé de trahir. D'innombrables libelles, d'une violence extraordinaire, furent publiés contre lui. Le cri de la Ligue devint: «Sus au roi!» Les ligueurs réclamaient des états généraux. Ils annonçaient ouvertement que, si Henri III mourait, l'ordre de succession serait changé et que le cardinal de Bourbon serait appelé au trône et non pas le protestant Henri de Navarre. Des prêtres, en chaire, accusaient le roi de tous les vices et de tous les crimes: il n'est pas étonnant que sa mémoire nous soit arrivée si salie.
Aucun gouvernement n'eût souffert pareil scandale sans se condamner à disparaître. Henri III voulut sévir et ordonna l'arrestation des prédicateurs qui l'insultaient. Aussitôt la ville s'émut, les ligueurs prirent les armes et appelèrent le duc de Guise qui vint à Paris malgré la défense du roi et fut acclamé par la foule. La ville se remplissait de ligueurs accourus des provinces environnantes et l'insurrection se préparait devant les autorités impuissantes, puisque la commune de Paris assurait elle-même sa police. Le gouvernement devait se défendre ou abdiquer. Henri III se résolut à une sorte de coup d'Etat, et, violant le privilège municipal, fit entrer un régiment suisse et des gardes françaises. Alors les ligueurs crièrent à l'illégalité et à la tyrannie, des barricades se dressèrent dans toutes les rues et jusqu'autour du Louvre, où les agitateurs parlaient d'aller prendre le roi. Henri III était presque seul au milieu de Paris hostile. Il n'attendit pas d'être arrêté et s'échappa secrètement avec un petit nombre de gentilshommes et de conseillers.