Roi de France, Henri IV était plus faible que roi de Navarre, presque aussi faible que l'avait été Henri III. Il n'était en réalité qu'un prétendant et sa seule force était le principe héréditaire. Obligé de lever le siège de Paris, le voilà courant l'ouest de la France, poursuivi par l'armée de la Ligue, recevant des secours et des troupes de la reine d'Angleterre, tandis que les ligueurs étaient aidés par le roi d'Espagne: à travers nos guerres civiles, Elisabeth et Philippe II cherchaient à s'atteindre, l'étranger profitait de nos querelles, mais Henri IV s'honora en refusant à quelque prix que ce fût de promettre Calais. Mayenne, le frère d'Henri de Guise, qui commandait, d'ailleurs mal, l'armée de la Ligue, se fit battre à Arques, près de Dieppe. A Ivry (1590), le jour du «panache blanc», Henri IV remporta un autre succès. Victoires infiniment utiles à sa cause mais qui ne terminaient rien. Revenu sous les murs de Paris, la ville lui résista passionnément.
Que de sièges a subis Paris dans sa longue histoire! Celui-là ne ressemble à aucun autre par l'obstination des assiégés. Tantôt bloqué, tantôt débloqué, Paris, de plus ou moins près, fut investi pendant près de quatre ans. Deux fois Henri IV crut y entrer de force. Il échoua deux fois. Il semblait que le roi calviniste fût rejeté par les murs eux-mêmes. Peut-être eût-il réussi enfin par le blocus et la famine, qui fut terrible, si le duc de Parme, envoyé par Philippe II à la tête d'une armée espagnole, ne l'eût obligé à s'éloigner. Toutefois Henri IV ne cédait pas et Paris non plus. Les six mois qu'il avait fixés étaient écoulés depuis longtemps et, la situation n'ayant pas changé, Henri IV jugeait toujours sa conversion humiliante et plus propre à l'affaiblir qu'à le fortifier. Pour sortir de là, il fallait que la Ligue se reconnût impuissante à donner à la France un gouvernement régulier.
Le sien était chaotique, révolutionnaire. Sans doute la Ligue avait un roi, mais ce roi, le prétendu Charles X, cardinal de Bourbon, n'était qu'une figure décorative et, par surcroît, il était prisonnier de son neveu Henri IV, comme il avait été prisonnier d'Henri III qui s'était bien gardé de le relâcher, le hasard l'ayant mis entre ses mains. Le roi de la Ligue ne devait pas tarder à mourir, et sa mort excita de nombreuses ambitions. On était tellement convaincu que jamais Henri IV ne parviendrait à se faire reconnaître, que des candidats au trône se présentèrent. Le roi d'Espagne le réclama, nonobstant la loi salique, pour sa fille Isabelle, petite-fille d'Henri II. Le duc de Savoie, petit-fils de François Ier, se mit sur les rangs: celui-là pensait que la France serait démembrée et se fût contenté du Dauphiné et de la Provence. Le duc de Lorraine était encore candidat, ainsi que Mayenne qui comptait bien que le pain cuisait pour lui. Ces ambitions s'opposaient et se paralysaient. Henri IV en profita.
Cependant, les maîtres de Paris, appuyés sur l'organisation de la Ligue, c'étaient les Seize, et ce comité de salut catholique régnait par la terreur, appliquait à ses adversaires et même aux modérés les mesures classiques des révolutions, loi des suspects, saisie des biens d'émigrés, proscription, épuration des fonctionnaires. Après un jugement sommaire, le premier président du Parlement et deux conseillers furent pendus pour «trahison». Cet acte de terrorisme inquiéta Paris, plus encore le duc de Mayenne. Jusqu'où les obscurs tyrans iraient-ils? Déjà ils avaient appelé une garnison espagnole, ils envoyaient des adresses de fidélité à Philippe II. Le duc de Mayenne, encouragé par les ligueurs «politiques» qui, au fond, étaient les plus nombreux dans la population parisienne, brisa la faction des Seize dont quelques-uns furent pendus à leur tour. Ceux qui ne s'enfuirent pas furent jetés en prison.
La Ligue subsistait, mais son pouvoir politique était diminué, son organisation affaiblie. En frappant la démagogie, Mayenne rendait service à Henri IV, s'il croyait ne travailler que pour lui-même. D'ailleurs, le temps passait et, ni d'un côté ni de l'autre, on n'arrivait à rien. On couchait sur ses positions. Henri IV, repoussé de Paris, avait, dans les mêmes conditions, échoué devant Rouen qui ne voulait pas non plus de «roi hérétique». Cette impuissance des deux camps engendrait la lassitude qui elle-même conduisait à des tentatives de rapprochement. Le parti des politiques, le tiers parti, commençait à dire tout haut que le mieux serait de s'entendre avec le roi de Navarre. Mais la difficulté était toujours la même, car Henri IV voulait être reconnu sans conditions. Déjà résolu à «sauter le pas», à se convertir, il voulait que son abjuration fût volontaire. Il entendait ne devoir la couronne qu'à la légitimité et ne laisser la monarchie dépendre de rien ni de personne, ni de la religion, ni du pape, ni de l'autorité usurpés par une ligue. Toute sa manœuvre tendit à préserver l'indépendance du pouvoir royal et à éviter jusqu'aux apparences d'une constitution imposée par les ligueurs.
Pour que la légitimité l'emportât, il fallait une dernière expérience: c'était que la Sainte-Union fût reconnue incapable de fonder un gouvernement régulier. Les états généraux de 1593, convoqués pour l'élection d'un roi, aboutirent à un échec complet. Là encore, ce fut le duc de Mayenne qui, sans le vouloir, aida Henri IV. Désireux de prendre pour lui-même la royauté vacante et d'écarter l'infante dont la candidature était posée par Philippe II, protecteur de la Ligue, Mayenne adressa un appel aux royalistes et leur demanda de participer aux états. Henri IV saisit cette occasion pour affirmer ses droits et annoncer qu'il était prêt à se convertir. Cette nouvelle, lancée à point, produisit une sensation immense. Parmi les ligueurs, le groupe des politiques fut encouragé. L'élan, la faveur publique passaient de leur côté et le pamphlet que rédigeaient quelques-uns d'entre eux, polémistes et journalistes de talent, la célèbre Satire Ménippée, ridiculisait les intransigeants et rendait odieux leurs alliés espagnols. Même dans les états ligueurs, la résistance à l'intervention étrangère grandit. Des voix s'élevèrent pour protester contre l'abrogation de la loi salique, et la candidature de l'infante Isabelle, présentée par Philippe II, soutenue par le légat du pape, combattue en arrière par Mayenne, souleva de nombreuses objections. L'affaire traînait dans des débats sans fin, lorsque le Parlement, conservateur des lois fondamentales, prit une initiative. Par un arrêt retentissant qui fut porté et signifié à Mayenne, la cour suprême déclara que le royaume ne pouvait être occupé par des étrangers. L'intrigue espagnole, qui languissait, fut écrasée du coup.
Les événements conspiraient pour Henri IV et les intransigeants de la Ligue perdaient du terrain. Le sentiment national s'était réveillé et ce réveil profitait au droit royal. Depuis la fin d'avril, des conférences duraient à Suresnes entre ligueurs modérés et royalistes catholiques à la recherche d'une solution. Ce rapprochement était à lui seul un résultat considérable, d'autant plus que les négociateurs, se sentant soutenus par l'opinion publique, persistaient à garder le contact malgré les difficultés qui surgissaient. Henri IV avait espéré que sa promesse de conversion suffirait pour qu'il fût reconnu. Mais il devint évident qu'il fallait céder sur ce point pour réussir et qu'il devait se convertir d'abord. D'ailleurs, la conversion précédant la reconnaissance n'avait plus les inconvénients qu'elle présentait avant les états généraux. Le désir de paix, le besoin d'un gouvernement régulier étaient devenus tels que le roi ne risquait plus, comme il l'eût risqué quelques mois plus tôt, de se convertir pour rien. Dès qu'il serait catholique, le mouvement en sa faveur serait irrésistible. Mais il fallait qu'il fût catholique pour entraîner le mouvement.
C'est en effet ce qui se passa. Le 25 juillet 1593, Henri IV abjura en l'église Saint-Denis, à deux pas de Paris où la Ligue résista encore huit mois, sans espoir. Du moins son obstination prouvait-elle la puissance de l'idée d'où elle était sortie: quinze ans plus tard c'est encore sa passion qui armera Ravaillac. Dans sa défaite, la Ligue restait victorieuse: elle avait arraché l'Etat au protestantisme. Elle avait détruit la chance qu'avait eue un moment la cause calviniste, la chance qui avait voulu que le légitime héritier de la couronne fût un protestant. Mais ce que la Ligue avait méconnu, c'est-à-dire le caractère héréditaire et national de la monarchie, prenait aussi sa revanche. La France n'avait pas voulu d'un roi hérétique, mais elle n'avait pas voulu d'un roi étranger ou d'un roi élu. Ses institutions étaient sorties intactes de la tempête. La restauration d'Henri IV,—car ce fut, comme pour Charles VII,—une restauration, consolidait la monarchie dont l'avenir, depuis cinquante ans, était devenu douteux.
Les talents politiques du roi, sa bonne humeur firent le reste. Il a plu à la France, mais sa plus grande qualité a été de lui rendre l'ordre et le repos. On lui passa, on trouva héroïque et charmant ce qu'on eût condamné chez d'autres, ses caprices, ses amours, et même des indélicatesses choquantes. Ni les contemporains, ni l'histoire n'ont eu de blâme très sévère pour Gabrielle d'Estrées et Henriette d'Entraigues, et l'on admire qu'il ait mérité ce nom de Vert-Galant. Ainsi, La Vallière, Montespan, Maintenon rayonnent de la gloire de Louis XIV tandis que Louis XV est flétri, et que les vertus de Louis XVI ne lui ont pas été un titre. C'est la politique qui fait les réputations.
A partir de l'abjuration, tout réussit à Henri IV parce que les Français étaient las de l'anarchie et de l'intervention étrangère et, selon son mot, «affamés de voir un roi». Ne pouvant aller à Reims, encore aux mains des Guise, il fut sacré à Chartres. Il négociait avec le pape pour que son excommunication fût levée. Cependant, ses forces grandissant chaque jour, il menaçait de reprendre les hostilités contre ce qui restait de rebelles tout en leur laissant espérer de l'indulgence, et la Ligue, qui avait perdu sa raison d'être, commençait à se dissoudre. Le parti des politiques l'emportait presque partout. Le duc de Mayenne, jugeant la partie perdue, quitta Paris dont les ligueurs ralliés ouvrirent bientôt les portes à Henri IV. Le 22 mars 1594, le roi fit son entrée dans la ville, presque sans résistance. Le gouvernement de la Ligue s'évanouit, la garnison espagnole sortit librement et une large amnistie fut accordée à ceux qui s'étaient compromis jusqu'au bout.