Il ne faudrait pourtant pas croire que l'ordre et la tranquillité fussent revenus et les divisions effacées du jour au lendemain. Les esprits avaient été trop émus, la France trop secouée et l'on devine ce qu'un demi-siècle de guerre civile avait laissé d'anarchie. En l'absence d'autorité publique, une sorte de féodalité s'était reconstituée. C'est elle que Richelieu devra achever d'abattre. Henri IV, jusqu'au jour de son assassinat, fin d'une longue série d'intrigues, sera entouré de haines et de complots. Avant de tomber rue de la Ferronnerie, il échappera à d'obscurs régicides comme Jean Châtel, il devra condamner à mort un haut conspirateur comme Biron. Entre les catholiques et les protestants, la balance sera difficile à tenir, les catholiques toujours en méfiance contre l'hérésie, les protestants, avec leur «esprit inquiet», toujours avides de ces «sûretés» par lesquelles ils tendaient à former un Etat dans l'Etat.
Henri IV passa encore quatre ans en opérations de police, en négociations et en marchandages de toute sorte avant de redevenir le maître dans son royaume. Il achetait ceux qu'il ne pouvait réduire et beaucoup d'anciens ligueurs, parmi lesquels les princes de la maison de Lorraine, vendirent très cher leur ralliement. Mayenne fut pardonné parce qu'il n'avait jamais accepté le démembrement de la France: l'idée du roi, celle de la réconciliation nationale, paraissait dans ce noble motif.
La Ligue n'abdiqua vraiment comme organisation politique que le jour où Henri IV eut reçu l'absolution du pape. Restait à vaincre l'obstination de Philippe II qui ne se résignait pas au relèvement de la France et qui gardait encore chez nous quelques complices. Henri IV appela le pays à s'affranchir tout à fait de l'étranger. Cette guerre de délivrance devait effacer le souvenir des guerres civiles, et le calcul était bon. Malheureusement, la France était si épuisée que, malgré un succès à Fontaine-Française, nous éprouvâmes de sérieux revers. En 1595, Amiens fut pris, Paris menacé et il fallut solliciter le secours de l'Angleterre qui se fit beaucoup prier, demanda même, ce qui lui fut de nouveau refusé, de mettre des soldats à Calais, et nous aida faiblement sur terre mais se chargea volontiers de poursuivre les Espagnols sur mer. L'Espagne ne s'était jamais remise du désastre naval de l'Armada. Il fallut qu'elle fût épuisée elle-même pour que Philippe II consentît à signer la paix de Vervins. Il avait perdu la partie en France et il l'avait à moitié perdue aux Pays-Bas. La Hollande s'était affranchie et le nouvel Etat, les «Provinces-Unies», formé par de durs combats pour sa liberté, ajoutait un élément actif à la politique de l'Europe.
Presque en même temps que la paix de Vervins fut signé l'Edit de Nantes (13 avril 1598). Les protestants avaient été aussi longs que la Ligue et l'Espagne à reconnaître le fait accompli. Depuis la conversion du roi, ils ne cessaient de s'agiter, de tenir des assemblées, d'adresser au gouvernement des plaintes et des sommations, de chercher des appuis au dehors, et même de profiter, pour accroître leurs exigences, des embarras et des revers du gouvernement, comme ce fut le cas au désastre d'Amiens. C'est quand ils virent que la paix avec l'Espagne allait être conclue qu'ils réduisirent leurs prétentions et acceptèrent un accord. En effet, l'Edit de Nantes ne fut pas un acte gracieux, dû à la volonté du roi, dans la plénitude de sa souveraineté, mais un traité dont les articles furent débattus comme avec des belligérants. Si Henri IV l'avait pu, il n'aurait pas payé l'apaisement d'un tel prix, ni accepté des conditions aussi dangereuses. Si les calvinistes n'avaient été remplis de méfiance, s'ils avaient désiré rentrer dans la communauté au lieu de rester organisés en parti, ils se fussent contentés de la liberté de conscience. A cette liberté, il fallut, pour obtenir leur signature, ajouter les garanties non seulement politiques, mais territoriales: plus de cent villes, dont quelques-unes très importantes et capables de soutenir un siège, La Rochelle, Saumur, Montauban, Montpellier. Et ces places de sûreté devaient être entretenues aux frais du Trésor, c'est-à-dire par tous les contribuables, même catholiques. En outre, avec leur synode et leurs assemblées, les calvinistes gardaient les organes d'un gouvernement, une autonomie, ce qu'on a pu définir une «république autorisée». Un pareil démembrement de la souveraineté publique serait inconcevable de nos jours. Même alors, quand le régime des privilèges et des franchises était couramment admis, les concessions accordées au parti protestant parurent fortes. Il ne devait pas tarder à paraître qu'elles étaient dangereuses. Ces conditions s'accordaient mal, de part et d'autre, avec l'idée de tolérance. Henri IV signa sans doute avec l'espoir que c'était un premier pas, que l'apaisement définitif viendrait. Il dut surtout considérer que le parti protestant était toujours capable de mettre sur pied vingt-cinq mille soldats et de reprendre la guerre. Les huguenots lui avaient arraché l'Edit de Nantes par la force comme la Ligue lui avait arraché sa conversion. L'opinion publique ne s'y trompa pas et l'Edit ne passa qu'avec peine: c'était l'annonce de la future révocation. Il fallut, pour obtenir l'enregistrement, que le roi négociât, que le traité subît des retouches, enfin qu'il agît sur les Parlements soit par son éloquence, soit par autorité. Celui de Rouen ne s'inclina tout à fait qu'en 1609.
Henri IV qui connaissait et craignait ses anciens coreligionnaires, ne fut tranquille que quand il eut donné une sévère leçon à leur protecteur, le duc de Bouillon, qui, par sa principauté de Sedan, alors hors de France, pouvait être redoutable. Cependant une autre leçon avait été administrée au duc de Savoie qui continuait à convoiter nos provinces du sud-est. Une brillante campagne nous valut la Bresse, le Bugey et Gex, tandis que la France, en renonçant au marquisat des Saluces, marquait qu'elle renonçait aux aventures d'Italie. La politique des agrandissements reprenait, la politique traditionnelle, patiente, mesurée, observant la loi de l'utile et du possible, celle que Richelieu définira: «Achever le pré carré.» Le roi améliora encore sa position européenne en épousant Marie de Médicis, apparentée à la maison d'Autriche et au pape Clément VIII, et la reine, en donnant un héritier au trône, abolissait la crainte d'une autre succession protestante, ainsi que d'une ligue nouvelle. Après tant de traverses, la monarchie se consolidait.
En même temps, peu à peu, revenaient le calme et l'ordre. Aux premières années du dix-septième siècle, le passif du seizième commençait à se liquider. Le relèvement économique et financier alla du même pas que le relèvement politique. Avec Sully, type nouveau de l'homme d'affaires protestant, Henri IV travailla à rétablir la fortune de la France. Le délabrement du pays, le désordre de l'administration, l'appauvrissement des familles, étaient immenses. Lorsque le roi souhaitait que chacun pût, le dimanche, mettre la poule au pot, il évoquait des années de privations. Lorsque Sully disait l'autre mot célèbre: «Labourage et pâturage sont les deux mamelles de la France», il partait de cette idée juste que l'agriculture est la source de notre richesse. On reconstruisit, comme on reconstruit toujours, avec du bon sens, par le travail et l'épargne, avec des principes paysans et bourgeois. Sur sa base agricole, sa terre qui récompense toujours le labeur, la France refit de la richesse. Comme on dit, les affaires reprirent. Des industries, encouragées par le gouvernement, se fondèrent. L'esprit d'entreprise se ranima et nos Dieppois commencèrent nos colonies.
La France se reconstituait, elle reprenait des forces au moment où l'Europe avait besoin d'elle. Ce qui nous avait sauvés, pendant nos déchirements, c'était la rivalité de l'Angleterre et de l'Espagne, c'était la lutte des Pays-Bas contre leurs maîtres espagnols, c'était l'effacement de l'Empire germanique. Depuis que Charles Quint avait disparu, les Habsbourg de Vienne, tout en gardant la couronne impériale, n'avaient plus de pouvoir réel en Allemagne. L'indépendance des princes allemands, les progrès du protestantisme, le conflit des religions avaient divisé l'Allemagne et rendu inoffensifs les Habsbourg relégués au fond du Danube. Ils pouvaient toujours redevenir dangereux par leur alliance avec les Habsbourg de Madrid et le devoir de la politique française était de surveiller la maison d'Autriche. Aux premières années du dix-septième siècle, il était visible à bien des signes qu'elle se réveillait et se préparait à reconquérir son autorité en Allemagne en prenant la tête d'un mouvement catholique avec l'appui de Philippe III. Le danger était le même que sous Charles-Quint. Henri IV le vit et il encouragea les princes protestants d'Allemagne à la résistance. Cette politique, si naturelle, était encore plus difficile qu'au temps d'Henri II, car Henri IV devait, plus qu'un autre, éviter de se rendre suspect de sympathies pour la cause de la Réforme. Ses intentions pouvaient trop aisément être travesties. Une politique extérieure purement française, mais dirigée par la force des choses contre une puissance catholique, ranimait les accusations et les soupçons des vieux ligueurs.
Il fallut pourtant prendre parti lorsque se présenta l'affaire de la succession de Juliers. En revendiquant cet héritage, la maison d'Autriche cherchait à s'installer sur la rive gauche du Rhin. De là, elle eût menacé et les Provinces-Unies des Pays-Bas, et la France qui ne pouvait se dispenser d'intervenir. La politique d'Henri IV fut celle de François Ier et d'Henri II: s'opposer à la domination d'une grande puissance, protéger l'indépendance des Etats moyens et petits. Dans son «grand dessein», Sully n'a laissé qu'une caricature de cette vue réaliste, si conforme à la position de la France et à ses intérêts. Henri IV cherchait l'équilibre et non l'utopie.
Il était prêt à chasser les Habsbourg de Juliers, au risque d'une guerre, pour en éviter une plus grave dans l'avenir. Ces préparatifs n'allèrent pas sans murmures. On racontait que le roi s'alliait à tous les protestants d'Europe pour combattre la religion catholique et même le pape. Propagées par l'ennemi, ces fables couraient la France. Il y avait aussi, jusqu'à la cour, un parti qui était hostile à un conflit avec l'Autriche et l'Espagne. Dans cet émoi du sentiment public, où remontaient les souvenirs des guerres de religion, il se trouva un esprit faible et exalté pour penser au régicide. En assassinant Henri IV, le 14 mai 1610, Ravaillac crut faire œuvre sainte. Son crime reproduit celui de Jacques Clément. Henri IV est tombé sous le couteau d'un revenant de la Ligue, comme Henri III sous le couteau du moine quand la Ligue était dans son ardeur.