Pour monter ce procès, ils avaient un homme tout trouvé, l’Ordinaire du lieu où Jeanne avait été prise, prélat tout dévoué à l’Angleterre, Pierre Cauchon, évêque de Beauvais.
Il avait été toujours du parti bourguignon. En 1413, chanoine de Reims et de Beauvais, il s’était mis, à Paris, à la tête de l’émeute cabochienne. En 1414, il avait été, au concile de Constance, l’ambassadeur de Jean-sans-Peur, duc de Bourgogne, et y avait pris la défense du franciscain Jean Petit, l’apologiste de l’assassinat du duc d’Orléans. Il avait été comblé de bénéfices par l’intervention de l’Université de Paris, entièrement acquise au parti bourguignon. Élu évêque de Beauvais, sur la recommandation de l’Université, il fut installé dans son diocèse par Philippe le Bon, duc de Bourgogne. Lorsque le traité de Troyes eut fait du roi d’Angleterre l’héritier présomptif du roi de France, il servit le parti anglais ; ce qui lui valut d’être à la fois l’exécuteur testamentaire de Charles VI et le conseiller du jeune roi d’Angleterre, Henri VI. Lorsque les Français entrèrent à Beauvais (1429) il se retira à Rouen où il faisait partie du grand conseil du duc de Bedford, régent d’Angleterre et vice-roi de Normandie.
Les Anglais ne pouvaient pas confier à un prélat plus dévoué à leurs intérêts le procès de Jeanne d’Arc. Il en accepta la direction en se faisant donner par le chapitre de Rouen, le siège étant vacant, le pouvoir d’exercer à Rouen sa juridiction d’évêque de Beauvais sur Jeanne d’Arc (28 décembre 1430).
L’Inquisition s’était déjà intéressée à l’affaire. En apprenant que la Pucelle avait été faite prisonnière et était aux mains du duc de Bourgogne, deux agents de l’Inquisiteur de France, Le Fourreur et Hébert, avaient écrit à ce dernier pour lui demander qu’on la fît comparaître devant eux. « Usant des droits de notre office, de l’autorité à nous commise par le Saint-Siège de Rome, nous requérons instamment et enjoignons, en faveur de la foi catholique, sous les peines de droit, au dessusdit et à toute personne, de quelque état, condition, prééminence et autorité qu’elle soit, le plus tôt que sûrement et convenablement se pourra faire, d’envoyer et amener prisonnière par devers nous la dite Jeanne soupçonnée véhémentement de plusieurs crimes sentant l’hérésie, afin de comparaître devant nous contre le procureur de la sainte Inquisition et pour répondre et procéder comme de raison, au bon conseil, faveur et aide des bons docteurs et maîtres de l’Université de Paris et autres notables étant par de çà. »
D’après ce texte, dès le 26 mai 1430, l’Inquisition de France avait manifesté son intention de juger elle-même Jeanne à Paris avec les lumières et le concours des maîtres de l’Université. C’était donc en opposition formelle à cette prétention que Cauchon instituait le procès à Rouen, avec l’autorisation du Chapitre de cette ville.
Il le poursuivit pendant plusieurs audiences, nommant des assesseurs, ordonnant des enquêtes préparatoires sans paraître se soucier de l’Inquisition. La première séance ayant eu lieu le 9 janvier, ce ne fut que le 17 février, l’après-midi, que le vicaire général de l’Inquisition à Rouen fut invité par Cauchon à prendre part au procès. « Ce même jour de lundi, vers quatre heures de l’après-midi, sur notre requête, comparut dans notre maison d’habitation vénérable et discrète personne maître Jean Le Maistre, de l’ordre des frères Prêcheurs, vicaire du seigneur inquisiteur du royaume de France et par lui député en la cité et diocèse de Rouen. »
L’inquisiteur de France était alors Jean Graverent prieur du couvent Saint-Jacques de Paris. Au moment où s’ouvrait le procès de Jeanne, il en instruisait lui-même un autre à Coutances, celui de Jean Le Couvreur, bourgeois de Saint-Lô ; c’est pourquoi Cauchon appelait à sa place son délégué à Rouen, Jean Le Maistre.
Celui-ci semble avoir été peu empressé à répondre à l’appel de Cauchon. Il allégua que le procès relevant du diocèse de Beauvais, et ne se faisant à Rouen que par une permission spéciale de chapitre, il se demandait s’il pouvait y prendre part n’ayant aucune délégation de l’Inquisiteur pour Beauvais : Cauchon dut demander à Graverent pour Le Maistre une délégation spéciale pour le procès de Jeanne et il l’obtint ; aussi Le Maistre assista désormais aux audiences et prit part à la condamnation.
Ainsi le procès de Jeanne fut bien un procès inquisitorial dirigé d’après les prescriptions du concile de Vienne par l’Ordinaire, Cauchon, et l’inquisiteur Jean Le Maistre. Or ce qui frappe, quand on lit le procès-verbal du procès, c’est le rôle de second plan qu’y joue le vice-inquisiteur. C’est l’évêque de Beauvais qui dirige tous les débats et mène l’affaire et Jeanne le proclama elle-même, lorsqu’elle lui lança cette apostrophe : « Évêque, c’est par vous que je meurs ! » Dans les procès-verbaux des séances, Jean Le Maistre est mentionné simplement, sans rang spécial, au milieu des assesseurs et des docteurs formant le tribunal. Lorsque, le 13 mars 1431, ayant reçu commission régulière de Graverent, il a désigné le promoteur et le notaire de l’Inquisition chargés de suivre avec lui le procès, Jean Le Maistre choisit ceux-là mêmes qui avaient été déjà institués, à ce titre, par Cauchon : comme promoteur, d’Estivet, chanoine de Bayeux et de Beauvais, homme de confiance de son évêque, et Jean Massieu comme notaire. Ce fut seulement dans « le procès d’office » lequel commença le 26 mars que le tribunal fut dit présidé par Cauchon et par le vicaire de l’Inquisiteur. La citation à entendre la sentence définitive fut faite au nom de l’un et de l’autre et le jugement également rendu par l’un et par l’autre.
Ce qui est encore plus évident que le rôle secondaire du vice-inquisiteur dans un procès essentiellement inquisitorial, c’est l’influence qu’y exerça le pouvoir civil représenté par le duc de Bedford. Sans doute, il n’y parut pas officiellement, mais il le dirigeait par Cauchon qui joua dans le procès de Jeanne d’Arc le même rôle que l’inquisiteur Guillaume de Paris et le cardinal Bérenger Frédol dans celui des Templiers. C’est ce que proclame l’un de nos historiens qui se sont occupés de cette affaire et qui a une tendance marquée à en atténuer non l’injustice, mais l’irrégularité, M. Pierre Champion. « C’est le conseil anglais de Bedford, écrit-il, qui désigna Cauchon afin qu’il réclamât Jeanne comme sorcière, et qui fournit les 10.000 livres nécessaires à son achat. Encore que Bedford n’ait paru qu’une fois dans le procès et dans une singulière attitude pour un noble duc, encore qu’il semblât avoir passé la main au cardinal Beaufort, ce prélat violent et orthodoxe, il n’est pas douteux que Bedford ait conduit personnellement toute l’affaire. On reconnaît partout son esprit puissant ; on retrouve ses créatures parmi les juges : Pasquier de Vaux, son chapelain, Jean Ponchon, qui représentera le chapitre de Rouen en son nom, Jean Bruillot qui le haranguera afin qu’il ne sacrifiât pas le chapitre de Rouen à ses chers Carmes… Quand on voit le gouvernement anglais acheter à un prix considérable la Pucelle aux Bourguignons, faire les frais du procès, quand on sait que le 3 janvier 1431 le conseil écrit : « C’est notre intention de revoir et reprendre par devers nous icelle Jeanne, si elle n’était pas convaincue et atteinte des cas susdits », il est hors de doute que l’affaire que les Anglais feront instruire le sera bien en leur nom. »