L’accusation fut soutenue avec acharnement par les délégués de l’Université de Paris, tandis que le duc de Bourgogne, Philippe le Hardi, oncle du jeune roi Charles VI, plusieurs nobles de Bourgogne et le premier président du Parlement, Philibert Paillart, le défendaient.

Finalement, le vendredi 17 mai 1381, devant le grand portail de Notre-Dame, sur un échafaud élevé pour la circonstance, Aubriot dut faire amende honorable en présence de 40.000 personnes, parmi lesquelles il y avait de nombreux étudiants ; puis il fut condamné à la prison perpétuelle par l’inquisiteur et ramené dans les cachots de l’évêché. Au mois de mars suivant (1382) l’insurrection des Maillotins le délivra et il s’enfuit auprès du pape d’Avignon, Clément VII, qui cassa la sentence de l’inquisiteur et le laissa en liberté.

Par la nature des crimes visés comme par la qualité des juges, cette cause semble intéresser la foi et les mœurs ; en réalité, si l’on considère les antécédents du prévôt, ses ennemis, les circonstances de son arrestation et de sa condamnation, on voit que l’Inquisition fut contre lui l’instrument d’un parti et lui fit un procès politique.

Aubriot avait été nommé prévôt royal de Paris, lorsque, après la tentative manquée d’Étienne Marcel, Charles V avait supprimé la charge élective de prévôt des marchands pour placer à la tête de la capitale un fonctionnaire royal nommé par lui et ne relevant que de lui. Pendant tout le règne de Charles V, il avait réfréné les aspirations communales des Parisiens soutenus par l’Université et il avait été l’homme du roi. Or il avait eu parfois la main dure et à plusieurs reprises, maîtres et étudiants avaient porté plainte contre lui au souverain.

Après la mort de Charles V (1380), sa puissance ne fut plus la même. Pendant la minorité du jeune Charles VI, le pouvoir passa aux princes, frères du feu roi qui s’empressèrent de renvoyer les petites gens avec lesquelles Charles V avait gouverné. Le chancelier Pierre d’Orgemont dut se retirer, dès septembre 1380, suivi bientôt de Jean Le Mercier, ancien trésorier des guerres et conseiller des aides.

Le moment sembla propice à l’Université pour satisfaire ses rancunes contre le prévôt royal. Elle commença par le traduire devant le Parlement de Paris, en se plaignant des violences qu’elle avait subies, de sa part, le jour des obsèques de Charles V ; mais s’étant aperçue de la faveur que lui témoignaient plusieurs membres de cette cour souveraine et surtout son président, Paillart, Bourguignon comme lui, elle crut plus habile de porter l’attaque devant l’Inquisition ; et elle lui intenta un procès d’hérésie.

De ce simple exposé il ressort que la mise en accusation de Hugues Aubriot, son jugement, sa condamnation et sa réhabilitation furent provoqués par la politique. C’était le prévôt de Paris, hostile à ses privilèges et immunités que l’Université poursuivait avec tant de haine ; c’était l’ami de Charles V que réhabilitait Clément VII. Dans cette affaire, comme dans celle des Templiers, l’Inquisition avait été l’instrument de haines politiques et non la gardienne de l’orthodoxie.

Le procès de Jeanne d’Arc est une nouvelle preuve de l’asservissement au pouvoir civil de l’Inquisition sur son déclin ; il rappelle, sur plusieurs points, celui des Templiers.

Quand Jean de Luxembourg se fut fait livrer Jeanne d’Arc par le bâtard de Wandomme qui l’avait faite prisonnière à Compiègne, il refusa tout d’abord de la livrer aux Anglais, l’Université de Paris la réclamant de son côté pour l’Ordinaire. Mais l’Ordinaire du lieu sur lequel la Pucelle avait été prise, Cauchon, évêque de Beauvais, insista pour qu’elle fût livrée aux Anglais et Jean de Luxembourg la vendit pour 10.000 florins. Qu’allaient faire les Anglais de cette femme qui leur avait fait tant de mal et qu’ils avaient tenu à avoir en leur pouvoir ?

Ils auraient pu la mettre à mort en invoquant n’importe quel prétexte ; ils aimèrent mieux lui faire faire un procès religieux aboutissant à une condamnation canonique portée au nom de l’Église et de Dieu lui-même ; car cette condamnation ferait tomber ce prestige merveilleux que la foi lui avait donné ; cette envoyée de Dieu, dépositaire des secrets du ciel, dont les foules baisaient les habits, ne serait plus, après sa condamnation, qu’une aventurière, en rupture de ban, déclarée coupable par l’Église d’avoir violé les lois les plus élémentaires de la morale divine et humaine.