On ne saurait mieux dire que Philippe le Bel et Nogaret sont les précurseurs authentiques de Philippe II et de Torquemada.
Au cours du XIVe siècle, les rois de France firent de l’Inquisition, qui était tout d’abord un tribunal essentiellement religieux et pontifical, une juridiction bâtarde ecclésiastique et canonique par la composition de son personnel, mais séculière et légiste par ses rapports avec les Parlements, les « gens du roi » et l’influence prépondérante qu’exerçait sur sa marche la Couronne.
On le vit bien, en 1322, lorsque comparut devant l’Inquisiteur de Toulouse Amiel de Lautrec, abbé de Saint-Sernin. Il y était cité, non plus par l’inquisiteur, mais par le procureur du roi et, lorsqu’il fut acquitté par elle, le procureur du roi fit appel non pas devant le pape, chef suprême de l’Inquisition, mais devant la Cour royale la plus haute, le Parlement de Paris.
Lorsqu’en 1329, Guillaume de Villars, commissaire du roi, s’empara des Registres de l’Inquisition, le chef de cette dernière protesta non pas auprès de la Curie, mais auprès du Parlement considéré comme une sorte de tribunal d’appel de l’Inquisition.
La diminution de puissance que subit la papauté pendant son séjour à Avignon, et bien plus encore pendant le grand schisme, accentua l’asservissement de l’Inquisition à la monarchie des Valois. En 1385, à Reims, l’archevêque et les magistrats municipaux se disputant la connaissance du crime d’hérésie, finirent par signer entre eux une transaction, sans même penser qu’il existait, à côté d’eux, dans Reims, une Inquisition qui avait reçu du pape la mission de réprimer le blasphème et l’hérésie.
Pendant le grand schisme, l’Université de Paris finit par supplanter complètement le Saint-Office dans l’examen des doctrines et la connaissance des crimes d’hérésie. En 1362, prêchant à Châlons dans la cathédrale, puis dans les églises de Notre-Dame de Vallibus et de Saint-Alpin, le dominicain Jean dit l’Eschacier avait combattu la croyance à l’Immaculée Conception et la même doctrine malsonnante avait été aussi enseignée par un autre dominicain, Jacques de Bosco. Ils furent dénoncés par maître Nicolas de Vertus, augustin, et Jean de Saint-Médard, l’un et l’autre professeurs de théologie, et par plusieurs autres personnages ecclésiastiques et laïques.
Une enquête fut faite aussitôt, au nom de l’évêque, par Galhard Frozin, vicaire général, et frère Nicolas de Vassy, dominicain, subdélégué dans la ville et le diocèse de Châlons de l’inquisiteur général de France. Devant le chapitre, les deux inculpés reconnurent la vérité de l’accusation et ils furent condamnés au nom de l’évêque et de l’inquisiteur, agissant ensemble d’après la procédure du concile de Vienne.
Mais lorsqu’en 1387, un dominicain du couvent Saint-Jacques de Paris, Jean de Montson, eut professé les mêmes doctrines, ce ne fut plus l’inquisiteur qui le condamna, mais l’Université de Paris qui poursuivit tous les Frères Prêcheurs de Paris, ou d’ailleurs qui avaient adhéré à son opinion. C’est elle qui, appuyée par l’évêque et le Chapitre de Paris, mena l’affaire avec une telle vigueur que tous les principaux partisans de Montson et lui-même furent excommuniés par trois cardinaux au nom du pape d’Avignon, Clément VII. Au cours de ce procès, l’Inquisition n’intervint pas et cependant il s’agissait d’un religieux de l’ordre qui avait la charge de l’Inquisition ; ce qui nous indique à quel point l’Université l’avait supplantée dans son rôle de gardienne, contre toutes les hérésies, de l’orthodoxie.
En réalité, elle n’avait plus de vraie vie que celle que lui donnait le gouvernement royal ou le parti au pouvoir lorsque, pour mieux perdre un adversaire, ils estimaient utile de le faire tomber sous une condamnation pour hérésie portée par le Saint-Office. Nous en voyons un cas curieux dans le procès qui fut fait par l’Inquisition, en 1381, à l’ancien prévôt de Paris, Hugues Aubriot.
Le 21 janvier 1381, Aymeric de Magnac, évêque de Paris, Pierre Godefroy, official de la curie épiscopale, et le dominicain Jacques de Morey, inquisiteur de France, le citèrent devant le tribunal de l’Inquisition sous l’inculpation « d’hérésie, de bougrerie, d’être sodomite et faux chrétien ». Après avoir essayé de résister en s’appuyant sur la Cour, Aubriot se constitua prisonnier le 1er février suivant.