Ce fut en effet pour le conduire qu’il avait reçu la garde du sceau royal, le 22 septembre 1307 ; car ce fut au lendemain même de sa nomination, que fut décidée par le roi l’arrestation de tous les Templiers (13 octobre 1307).

Guillaume de Nogaret était encore dépassé par un autre légiste, Pierre du Bois. Celui-ci semble avoir eu l’idée de faire porter sur tous les biens ecclésiastiques, même sur ceux du pape, la sentence de confiscation qui se préparait contre le patrimoine du Temple ; c’est Renan qui l’a fait remarquer. « Faire du roi de France le chef de la chrétienté, sous prétexte de croisade, lui mettre entre les mains les possessions temporelles de la papauté, une partie des revenus ecclésiastiques et surtout les biens des ordres voués à la guerre sainte, voilà le projet avoué de la petite école secrète dont du Bois était l’utopiste et dont Nogaret fut l’homme d’action. »

Retourner ainsi l’Inquisition contre la Papauté, en faire contre elle l’instrument de la royauté, n’était pas une entreprise banale.

Clément V, dont l’intelligence était supérieure au caractère, voyait la solidarité qui existait entre l’Église et les Templiers, menacés également par l’impérialisme politique et la fiscalité de Philippe le Bel ; il se rendait compte, d’autre part, que les accusations lancées par Guillaume de Nogaret, petit-fils d’hérétiques, et peut-être hérétique lui-même, de cœur sinon d’esprit, contre la foi et les mœurs du Temple, n’étaient qu’un prétexte pour le spolier et le supprimer. Aussi essaya-t-il de détourner le procès dont le projet lui avait été communiqué apparemment à la fin de 1306, à la suite du fameux conseil secret où il avait député les cardinaux Bérenger Frédol et Étienne de Suisi.

A la suppression projetée du Temple il opposa un projet de fusion des Hospitaliers et des Templiers dont le programme d’action et les règles avaient tant d’analogie. Il appela auprès de lui les maîtres des deux Milices et demanda à celui du Temple, sur ce sujet, un mémoire qui a été conservé. Ce n’était pas ce que voulait le roi ; aussi coupant court au contre-projet pontifical en préparation, il découvrit brusquement son plan. Clément V crut pouvoir en arrêter l’exécution en gagnant du temps et la mort dans l’âme, « non sine magna cordis amaritudine, anxietate et turbatione », il consentit à une enquête sur les Templiers. Philippe le Bel transforma aussitôt l’enquête en un procès confié à Nogaret et à l’inquisiteur de France, Guillaume de Paris.

Le premier, par l’arrestation générale des Templiers, le 13 octobre 1307, le second, par la commission générale d’instruire qu’il donna le 22 septembre 1307, et l’instruction qu’il poursuivit jusqu’au 24 novembre, soit en personne, soit par les commissaires qu’il avait délégués dans la France entière, mirent le pape devant le fait accompli : l’ouverture du procès, les interrogatoires des Templiers et les aveux qui en étaient résultés.

En apprenant toutes ces nouvelles, le pape éprouva un sentiment de colère et d’indignation qui lui dicta sa lettre du 27 octobre 1308 à Philippe le Bel et l’envoi au roi des deux cardinaux Bérenger Frédol et Étienne de Suisi, chargés de prendre sous leur garde les personnes et les biens des Templiers. Clément V annonçait ainsi l’intention de diriger lui-même l’enquête et il en dessaisissait l’Inquisition quelques semaines après (déc. 1308). Philippe le Bel lui fit une réponse cauteleuse d’où il résulta que les prisonniers seraient toujours à la disposition de l’Église, mais demeureraient dans les prisons royales et que, d’autre part, leurs biens ne serviraient qu’aux besoins de la Terre Sainte mais seraient séquestrés et administrés par Bérenger, l’homme du roi. Le procès entrait, dès lors, dans une phase diplomatique.

Pour réduire les velléités de résistance de Clément V, le roi usa envers lui de procédés d’intimidation constituant un vrai chantage ; il le fit menacer d’une campagne de pamphlets. « Que le pape prenne garde ! écrivait son âme damnée, le légiste du Bois, il est simoniaque ; il donne par affection du sang, les bénéfices de la Sainte Église à ses proches parents ; il est pire que Boniface qui n’a pas commis autant de passe-droits ; il faut que cela cesse ! »

Devant ces menaces, Clément V céda et renvoya l’affaire des Templiers à un prochain concile œcuménique ; en attendant, pour fournir des éclaircissements et des dossiers à l’auguste assemblée qu’il allait convoquer, il nomma des commissaires apostoliques à la tête desquels il mit toujours Bérenger Frédol, pour poursuivre l’enquête sur les Templiers. Nous ne la suivrons pas, car l’Inquisition n’y jouait aucun rôle officiel. Mais toute l’affaire avait été montée par elle d’accord avec « les gens du roi » et sur les instructions de Philippe le Bel.

Ainsi créée par les Souverains Pontifes, moins d’un siècle auparavant, pour instruire en leur nom les procès d’hérésie, cette institution était déjà devenue un instrument de règne aux mains du roi de France. C’est ce que reconnaît l’un de ses récents historiens, M. Ch.-V. Langlois écrivant dans l’Histoire de France de Lavisse : « Il n’a pas tenu au Garde des Sceaux de 1307 (Guillaume de Nogaret) que l’Inquisition politique, à la mode des pays du Midi, des princes guelfes d’Italie et des « Rois catholiques » d’Espagne, ne s’acclimatât chez nous. »