Nous ne savons pas ce qui se passa dans le conseil extraordinaire de fin 1306, mais l’année suivante, les faits se précipitèrent grâce à un homme d’Église qui était encore plus l’homme du roi ; et cet homme d’Église était l’inquisiteur de France lui-même, Guillaume de Paris.
Lorsque le roi de France lui eut confié la direction de sa conscience avec tous les problèmes qu’elle posait, ce religieux dominicain était déjà probablement l’« inquisiteur général du royaume » et quand on connaît la politique de Philippe le Bel, il est permis de croire que l’une des raisons de son choix, ce fut de s’annexer en la personne de son confesseur l’Inquisition. Quoi qu’il en soit, dit M. Félix Lajard, dans la notice sur Guillaume de Paris, qu’il a écrite pour l’Histoire littéraire de la France, dans l’affaire des Templiers, « trop disposé peut-être à seconder les intentions de son royal pénitent, le grand inquisiteur se montra l’homme du roi plus que le ministre du Saint-Siège, dont il tenait les pouvoirs, et sans attendre l’autorisation du pape, il se mit à l’œuvre. » En même temps que le roi envoyait à ses officiers l’ordre de s’assurer de la personne de tous les Templiers demeurant dans le ressort de leurs gouvernements ou de leurs bailliages, Guillaume, par une circulaire du 22 septembre 1307, donnait commission aux inquisiteurs de Toulouse et de Carcassonne, aux prieurs, sous-prieurs et lecteurs de l’ordre des Frères Prêcheurs, dans tout le royaume d’interroger les Templiers sur les crimes dont ils étaient accusés.
Il est même à remarquer que, par un zèle vraiment excessif, il déclarait prendre lui-même l’initiative d’un acte qui lui était demandé par le roi ; l’inquisition qu’il ordonnait ainsi, il la faisait par une faveur spéciale du roi. Lui-même instrumenta aussitôt contre plusieurs Templiers pris dans le coup de filet général du roi, à Troyes, à Bayeux et à Paris dans le Temple même ; du 19 octobre au 24 novembre, il en interrogea 138 ; le dernier jour, le maître de l’Ordre, Jacques Molay, comparut devant lui.
Il avait reçu des instructions du roi qu’il communiqua à tous ses délégués dans la France entière. Les commissaires du roi devaient d’abord se saisir des biens de l’Ordre et en faire l’inventaire, mettre les chevaliers sous une sûre et bonne garde, puis les interroger. Ce n’est qu’après ce premier interrogatoire fait par les gens du roi que l’inquisiteur et ses commissaires commenceraient leurs interrogatoires « par torture, s’il en était besoin ». Pour exercer une forte pression sur les inculpés, les inquisiteurs devaient les mettre dans l’alternative d’être absous et relaxés, s’ils avouaient, ou d’être mis à mort s’ils persistaient dans leurs dénégations.
Guillaume de Paris et ses délégués tinrent le plus grand compte de ces instructions, comme le prouvent les procès-verbaux de leurs procédures qui ont été plusieurs fois publiés. Ils nous décrivent les interrogatoires faits en Champagne, Normandie, Quercy, Bigorre et Languedoc. Guillaume de Paris instrumenta à Paris, dans la maison même du Temple, en présence d’autres religieux, de conseillers du roi tels que Simon de Montigny, de greffiers, de bourreaux et d’un nombreux public.
La torture fut administrée avec cruauté. Vingt-cinq Templiers moururent des suites de leurs supplices ; ceux qui n’y furent pas condamnés furent préparés aux aveux par le régime du pain et de l’eau, auquel ils furent soumis pendant le mois qui précéda leur comparution. Malgré tout, quelques-uns n’avouèrent rien et défendirent jusqu’au bout l’honneur de leur Ordre. La plupart avouèrent, les uns d’avoir profané la croix, d’autres d’avoir pratiqué la sodomie, d’autres enfin d’avoir renié le Christ et accompli des rites sataniques.
Les commissaires de Guillaume de Paris procédèrent de même. « A force de géhennes », ils obtinrent les aveux qu’exigeait le roi. Mais dans la suite, la plupart des accusés rétractèrent leurs aveux, sans doute lorsqu’ils eurent la conviction que leur condamnation était déjà faite, parce qu’elle était nécessaire au roi. « Nos frères, écrivaient en 1310 plusieurs Templiers, ont dit ce que voulaient leurs bourreaux. » « Avez-vous été torturé ? demandait-on, en 1310, au frère Ponsard de Gisi. — Oui, trois mois avant ma confession, on m’a lié les mains derrière le dos si serré que le sang jaillissait des ongles et on m’a mis dans une fosse attaché avec une longe. Si on me fait subir encore de pareilles tortures je nierai tout ce que je dis maintenant, je dirai tout ce qu’on voudra. Je suis prêt à subir des supplices pourvu qu’ils soient courts ; qu’on me coupe la tête, qu’on me fasse bouillir pour l’honneur de l’Ordre, mais je ne peux pas supporter des supplices à petit feu, comme ceux qui m’ont été infligés depuis plus de deux ans en prison. »
Lorsque, au printemps de 1308, le maître général de l’Ordre, Jacques Molay, comparut en présence d’une foule considérable réunie dans une église de Paris, devant les commissaires du pape, le cardinal Bérenger Frédol lui rappela les aveux qu’il avait faits au cours de son interrogatoire par l’inquisiteur, le 24 novembre précédent. « Molay découvrit ses membres décharnés, excoriés et fouillés par les instruments de torture, et ses os mis à nu. Ce geste expliquait éloquemment comment on avait pu lui faire dire à lui et aux frères qui l’entouraient tout ce qu’on avait voulu lui faire dire, et il avait crié à la foule son innocence et celle des Templiers. A ce spectacle les deux cardinaux (Bérenger Frédol et Étienne de Suisi) avaient, sans prononcer une parole, versé des larmes et renoncé à porter la sentence que le pape leur avait donné mission de prononcer. » En 1310, dans la seule ville de Paris, 546 Templiers emprisonnés, dont plusieurs avaient fait des aveux, déclaraient vouloir défendre l’Ordre, parce qu’ils n’y avaient jamais vu aucun mal.
Mais les aveux obtenus en 1307 par l’inquisiteur et ses commissaires étaient toujours là, mettant ceux qui les avaient faits dans l’alternative d’être punis gravement pour les crimes dont ils s’étaient accusés ou d’être brûlés comme relaps, s’ils reniaient leur confession. Ces aveux furent mis à profit jusqu’à la condamnation suprême des chevaliers et de leur Ordre. Le pape Clément V les rappelait lorsqu’il évoquait à lui l’affaire, nommant pour remplacer les inquisiteurs des commissaires enquêteurs apostoliques. Ils furent allégués dans les réunions solennelles qui eurent lieu devant le pape et à Paris à l’occasion des Templiers ; enfin les agents de Philippe le Bel et le plus important de tous Bérenger Frédol, cardinal de Tusculum, les apportèrent devant le concile de Vienne pour obtenir des Pères la suppression de l’Ordre, prélude du supplice de ses principaux religieux.
Avec l’inquisiteur confesseur du roi, le meneur principal de tout le procès fut l’homme qui, à Anagni, avait porté un coup terrible à la papauté et que Frédol se préparait à absoudre, le légiste qui, en ébranlant le droit canon, exaltait le droit monarchique, Guillaume de Nogaret.