Le choix des deux enquêteurs était significatif. Bérenger Frédol était, depuis plusieurs années, l’ami de Bernard Délicieux ; ce religieux, arrêté par ordre de Clément V, à la demande de Philippe le Bel qui le trouvait trop agité, pouvait toujours compter sur la protection, à la curie, du cardinal. Il lui dut tout d’abord, une prison très douce, puis son élargissement. Les prisonniers de l’Inquisition étaient assurés de la sympathie de l’ami de Bernard Délicieux.

Après une séance toute protocolaire dans laquelle furent examinés les pouvoirs et les procurations, les deux cardinaux visitèrent les prisons de l’Inquisition de Carcassonne. Dans les geôles inférieures ils trouvèrent 40 « emmurés », presque tous de l’Albigeois ; après avoir reçu leurs doléances, « ils donnèrent immédiatement l’ordre de transporter plusieurs prisonniers ou malades dans les cachots supérieurs, dès que ces cachots auraient été mis en état. Ils décidèrent que toutes les provisions envoyées aux détenus leur seraient intégralement remises, que l’évêque de Carcassonne et l’inquisiteur pourraient leur accorder la permission de se tenir et de se promener per carrerias muri largi, c’est-à-dire dans les rues bordant la prison. Au gardien principal préposé par l’Inquisition, ils adjoignirent un second gardien qui serait nommé par l’évêque de Carcassonne. Enfin, ils ordonnaient la restitution et le remplacement de tous les agents. Chaque cachot aurait deux clefs, une pour chaque gardien. » Des mesures semblables furent prises à Albi. L’année suivante, Castanet, évêque d’Albi, était déclaré suspens au spirituel et au temporel.

Le pape trouva que Bérenger Frédol avait été trop favorable aux ennemis de l’Inquisition, et rendant ses pouvoirs à Castanet, il le transféra au Puy. Bérenger eut sa revanche au concile de Vienne. Il prit certainement une grande part à la rédaction de la constitution Multorum querela que promulgua le Concile et qui fut insérée dans l’appendice au Corpus juris canonici appelé Clementines. Cette constitution, comme le voulaient Philippe le Bel, les prélats et les adversaires de l’Inquisition, donnait aux Ordinaires un rôle important dans le fonctionnement du Saint-Office. L’inquisiteur ne pouvait pas instrumenter sans eux ; les prisons étaient sous leur surveillance et ils prenaient une part importante aux délibérations et aux sentences du tribunal. L’Inquisition devenait mixte, épiscopale presque autant que papale, et par les évêques entrait dans ces tribunaux l’influence du souverain qui avait barre sur l’épiscopat beaucoup plus que sur les ordres religieux. Cette constitution était la traduction ecclésiastique de ces ordonnances de Philippe le Bel contre lesquelles Boniface VIII avait protesté et qu’approuvaient, moins de dix ans après sa mort, son successeur Clément V et le concile œcuménique.

Du jour où l’Inquisition fut ainsi soumise à l’influence de Philippe le Bel, elle prit un caractère de plus en plus politique et, menée par un pouvoir civil qui s’imposait au pouvoir spirituel lui-même, elle fut entre les mains des rois sans scrupule un terrible instrument de domination et de tyrannie.

C’est ce que nous montre le procès des Templiers.

Il est fort probable que la destruction de l’ordre du Temple fut l’une des conditions qui furent mises par Philippe le Bel à l’élection de Clément V. Le roi de France était, d’une part, effrayé de l’influence politique que les Templiers tiraient de leurs immenses richesses et d’autre part, toujours besogneux lui-même, il désirait vivement s’enrichir de leurs dépouilles. Il suffisait pour cela de les faire condamner comme hérétiques puisque les législations canonique et civile s’entendaient pour frapper de la peine de confiscation le crime d’hérésie. Comme l’Inquisition était le tribunal compétent en cette matière, Philippe le Bel décida de leur faire faire un procès inquisitorial.

Clément V avait été élu le 5 juin 1305 ; or le 5 novembre 1306, il annonçait à Philippe le Bel l’envoi de deux cardinaux munis de sa pleine confiance qui prendraient part à un important conseil tenu par le roi. Cet envoi supposait donc une invitation à lui adressée au moins quelques semaines auparavant. Les événements qui suivirent prouvent que parmi les affaires graves qui allaient être discutées et qui, d’après les paroles mêmes du pape, intéressaient la chrétienté mais plus particulièrement la France, et tenaient à cœur au pape autant qu’au roi, figurait celle des Templiers.

Les cardinaux envoyés par le pape étaient Bérenger Frédol, qui s’occupait de l’Inquisition à Carcassonne et à Albi, et Étienne de Suisi, cardinal de Saint-Cyriaque in Thermis.

Bérenger Frédol avait déjà donné à Philippe le Bel tant de gages de sa soumission qu’il était bien l’homme qu’il fallait dans la circonstance. Après avoir été si avant dans la faveur de Boniface VIII que ce pape lui avait confié la rédaction du Sexte, il avait adhéré au terrible réquisitoire de Guillaume de Plaisians contre lui et, le 3 juillet 1303, avec les deux évêques d’Agde et de Lodève qui ne faisaient que le suivre, il avait signé une déclaration publique d’union avec le roi contre Boniface VIII, et d’appel contre ce dernier au concile universel. Au lendemain d’Anagni, il était à côté de Philippe le Bel et de Nogaret lui-même dans la tournée qu’ils firent dans le Midi. Plus tard, il devait être mêlé à l’absolution de Nogaret et, en décembre 1310, Clément V le présentait comme « un ami du roi et fort au courant de ses affaires ». Cette amitié, il la poussa bien loin lorsque, au cours de l’enquête ordonnée par Clément V sur les accusations portées contre Boniface VIII, devant la commission qui la dirigeait et dont il faisait partie, il se porta garant de la pureté d’intention du roi et affirma « n’avoir jamais entendu parler de l’arrestation du seigneur Boniface, ni en présence du roi d’insulte à faire au dit Boniface, ni n’avoir entendu de la part du roi ni en paroles ni en fait, rien de contraire aux bienséances contre ledit seigneur Boniface. »

De tout cela nous pouvons conclure que Bérenger Frédol, évêque de Béziers, cardinal prêtre des SS. Nérée et Achillée, puis cardinal évêque de Tusculum, était l’homme du roi.