Ce changement de front du pouvoir royal ranima l’opposition contre l’Inquisition ; elle trouva un chef actif et énergique dans la personne d’un frère Mineur du couvent de Narbonne, Bernard Délicieux. Une députation conduite par lui partit pour Senlis où résidait la Cour ; elle apportait au roi les doléances des populations d’Albi, de Carcassonne et de Toulouse contre l’Inquisition. C’était le moment où le procès de l’évêque de Pamiers mettait de nouveau aux prises Philippe le Bel et Boniface VIII. Aussi le roi accueillit-il avec faveur la députation dont Délicieux fut le porte-parole. L’évêque d’Albi, Bernard de Castanet, dénoncé comme ayant pris part aux cruautés de l’Inquisition, fut condamné à une amende de 2.000 livres ; le roi exigea et obtint des dominicains la révocation de l’inquisiteur toulousain Foulques de Saint-Georges, accusé de rigueurs excessives par la députation.

Puis survinrent plusieurs ordonnances qui, sous prétexte de combattre les abus, mettaient l’Inquisition sous le contrôle des évêques et du roi. Le 7 décembre 1301, Philippe le Bel rappelant que la prison inquisitoriale de Toulouse lui appartenait, décidait que son geôlier serait nommé par l’évêque et à son défaut, par le sénéchal ; que l’inquisiteur ne pourrait incarcérer personne sans l’approbation de l’évêque, de deux Mineurs, de deux Prêcheurs, de deux archidiacres et d’autres personnages ecclésiastiques avec lesquels il délibérerait.

Cependant le conflit devenait aigu entre Boniface VIII et Philippe le Bel. Par ses bulles Salvator mundi et Ausculta fili, le pape proclamait ses droits sur le roi et dressait la liste de ses attentats contre les libertés de l’Église et de son peuple. Bientôt après, il convoquait un concile à Rome pour le 1er novembre 1302 afin de délibérer « sur la réformation du royaume et la correction du roi ». Ce dernier devançait le concile, en réunissant, le 10 avril 1302, à Notre-Dame de Paris, les représentants de tous les ordres qui affirmèrent leur attachement au roi dans des déclarations qui furent envoyées à Rome. En novembre 1302, la décrétale Unam sanctam proclamait le droit de contrôle du pape sur le gouvernement royal et bientôt, parvenaient des menaces d’excommunication pour le roi et d’interdit pour le royaume. Le 7 mars 1303, Guillaume de Nogaret recevait mission de conduire la lutte et elle devenait encore plus âpre ; quelques jours après, ce descendant de cathare faisait le procès de Boniface VIII devant une assemblée réunissant au Louvre prélats et seigneurs. Le 14 juin, le roi ayant été excommunié, appel était fait au concile universel contre le pape dont on demandait le jugement et Guillaume de Nogaret et Sciarra Colonna organisaient l’expédition en Italie qui devait aboutir, le 7 septembre, à l’odieux attentat d’Anagni suivi, un mois après (11 octobre), de la mort de Boniface VIII.

C’est parallèlement à ces faits que se poursuivait, dans le Midi de la France, la campagne contre l’Inquisition. Bernard Délicieux parcourut le Languedoc pour prêcher une sorte de croisade contre elle ; à Alet, Caunes, Gaillac et Rabasteins, il souleva les populations par son éloquence de tribun. A Carcassonne, le 3 août 1303, il convoqua les habitants dans le cloître des Frères Mineurs et à la suite de sa harangue, la foule se porta contre les maisons des amis de l’Inquisition et les pillèrent. Peu de temps après, le vidame d’Amiens Jean de Picquigny et Richard Leneveu, enquêteurs royaux pour le Languedoc, vinrent à Carcassonne. Le peuple allant à leur rencontre les conduisit au couvent des Mineurs où étaient déjà réunis les députés de Cordes, d’Albi et d’autres villes ; on les supplia de confier aux consuls la garde des prisonniers de l’Inquisition et ils y consentirent ; et tandis que l’on vidait ainsi les prisons de l’Inquisition, la foule toujours excitée par Bernard Délicieux, se portait une fois de plus contre le couvent des Prêcheurs.

Excommunié, pour cela, par l’inquisiteur de Carcassonne, Geoffroy d’Abluses, le vidame d’Amiens retourna à Paris pour en référer au roi. Délicieux qui l’accompagnait toujours, essaya de gagner l’appui de la reine Jeanne dont le confesseur était franciscain ; mais le roi avant de se prononcer voulut faire un voyage en Languedoc. Il parcourut le pays accompagné par Guillaume de Nogaret, de retour de son expédition d’Agnani ; il fut harangué par les délégués de Carcassonne, de Cordes et d’Albi. Son voyage eut pour effet l’ordonnance royale publiée à Toulouse le 13 janvier 1304.

Philippe le Bel, y déclarait, dans le préambule, « qu’informé par les habitants de Carcassonne, d’Albi et de quelques autres villes du pays du scandale survenu à l’occasion des procès inquisitoriaux, d’où il pouvait survenir des troubles dans l’État, et voulant que l’office d’inquisiteur fût exercé à la louange de Dieu et pour l’accroissement de la foi, il avait jugé bon de se rendre lui-même dans le pays tant pour rétablir la paix et la tranquillité que pour réformer les abus. Il rappelait les conférences qu’il avait eues, sur ce sujet, avec les prélats, les princes et les barons du pays, avec Guillaume Peyre, provincial et vice-gérant de l’ordre des Prêcheurs, enfin avec les inquisiteurs. Il avait résolu de faire visiter les prisonniers de l’Inquisition par des commissaires royaux accompagnés des inquisiteurs, « non pas, avait-il soin de préciser, que nous voulions en cela usurper sur la juridiction ecclésiastique ou y mettre obstacle, mais pour apaiser le peuple, éviter le scandale et les périls et faire en sorte que l’office d’inquisiteur soit mieux et plus efficacement exercé. »

Cette ordonnance, concluant à la visite des prisons de l’Inquisition par les gens du roi et élargissant le rôle qui appartenait aux évêques dans la répression de l’hérésie, fut une déception pour Bernard Délicieux et ses partisans. Ils avaient cru que le roi détruirait l’Inquisition ; or il ne voulait que l’aménager à son usage, en la soumettant à son contrôle et en y établissant les évêques dont il se croyait, non sans raison, plus sûr que des dominicains. Cette déception se traduisit par un complot dirigé par Bernard Délicieux et qui avait pour objet de faire passer Carcassonne au pouvoir de l’infant de Majorque, fils du roi d’Aragon, procès qui amena Délicieux, en accusé cette fois, devant l’Inquisition qui lui fut indulgente.

La mort de Boniface VIII facilita la tâche de Philippe le Bel. Le nouveau pape Benoît XI montra quelque résistance. Il était dominicain et à ce titre, attaché à l’Inquisition. Lorsque le vidame d’Amiens se présenta devant lui, à Pérouse, pour recevoir l’absolution de l’excommunication lancée contre lui par l’Inquisition, Benoît XI eut un accès de colère : « Allez, chassez ce patarin de l’église, tandis qu’on y célèbre l’office divin ! » dit-il au maréchal du palais qui l’assistait (17 mai 1304). Le pape étant mort peu après (7 juillet), Bernard de Castanet, évêque d’Albi, Geoffroy d’Abluses, inquisiteur de Carcassonne, et Guillaume de Morières, inquisiteur de Toulouse, firent dresser, le 3 novembre suivant, par Jean, évêque élu du Spolète, un acte constatant que Jean de Picquigny n’avait pas pu recevoir l’absolution du pape défunt.

Les habitants de l’Albigeois ne se laissèrent pas décourager et ils eurent pour interprètes à la curie les chapitres de Sainte-Cécile et de Saint-Salvy d’Albi, l’abbé et le monastère de Gaillac. Prenant parti contre leur évêque, Bernard de Castanet, qui était à Pérouse pour prêter son appui à l’Inquisition, ces chanoines et ces religieux envoyèrent une supplique au Sacré-Collège gouvernant l’Église, sede vacante, après la mort de Benoît XI. Ils le suppliaient de s’interposer entre leur pays et l’inquisiteur, en mettant fin par une sage décision à des décisions préjudiciables au public et à l’Église : « Nostra patria quantis sit exposita praecipitiis et ruinis propter questiones et dissensiones quibus ad invicem se collidunt patria et inquisitores hereticae pravitatis, novit Ille qui nichil ignorat. »

Le pape qui fut laborieusement élu par le conclave, Clément V, n’avait pas la fermeté de Boniface VIII ni même de Benoît XI ; son pontificat marqua le triomphe de Philippe le Bel, en particulier dans l’affaire de l’Inquisition. Dès le 12 mars 1306, il chargea le cardinal de Saint-Vital, Pierre Taillefer de la Chapelle, ancien évêque de Toulouse, et le cardinal de Saints Nérée et Achillée, Bérenger Frédol, évêque de Béziers, d’ouvrir contre Castanet et les inquisiteurs l’enquête que demandaient les habitants d’Albi et de Cordes.