Ces plaintes fournirent à Philippe le Bel l’occasion qu’il cherchait d’intervenir. Fier de son autorité royale et désireux de la défendre contre toute immixtion pontificale, comme allait le prouver son violent conflit avec Boniface VIII, il ne pouvait pas voir d’un bon œil ces tribunaux inquisitoriaux portant des jugements redoutables au nom de l’autorité spirituelle et obligeant, sous peine d’excommunication, l’autorité temporelle à les exécuter sans discussion. La domination du Saint-Siège que redoutait le roi, n’avait pas d’instrument plus redoutable que l’Inquisition, surtout depuis que le Catharisme étant définitivement vaincu, elle avait singulièrement étendu ses attributions et son action.
Abolir l’Inquisition était difficile ; à le tenter on risquait de passer pour fauteur d’hérésie. Plus habile, Philippe le Bel crut que le mieux était de mettre sur elle la main du roi, en la contrôlant, en prenant une part de plus en plus grande à ses jugements, en discutant leur exécution ; et lorsque ce serait accompli, faire un pas de plus et l’asservir au pouvoir royal pour faire de cette institution de la toute-puissance pontificale l’instrument des volontés royales. Les abus de l’Inquisition, dénoncés par la bourgeoisie et même le clergé séculier, allaient être exploités dans ce sens par Philippe le Bel.
Accueillant la plainte des consuls de Carcassonne, il fit défense à son sénéchal d’emprisonner personne à la demande des inquisiteurs à moins que ce ne fussent des hérétiques manifestes. Bientôt après, il annonça la prochaine arrivée en Languedoc d’enquêteurs royaux qui remédieraient aux abus. Puis, il décréta qu’aucun juif converti ne pourrait être arrêté comme hérétique ou relaps, sur réquisition des inquisiteurs, sans que les motifs de l’arrestation eussent été examinés par le sénéchal ou le bailli royal (1295).
Cette dernière mesure, extension des deux premières, équivalait à imposer l’exequatur royal comme condition préliminaire de toute poursuite inquisitoriale.
Gardons-nous d’expliquer cette politique par le désir de modérer les rigueurs de l’Inquisition ou de rendre plus libres les consciences. Ces sentiments étaient étrangers à Philippe le Bel, quelque « moderne » qu’on le suppose ; il ne recula jamais devant la brutalité quand il la crut utile à son gouvernement et, d’autre part, il était, non moins que son aïeul Saint Louis, le défenseur zélé de l’orthodoxie catholique. Ce qui le prouve c’est que, à plusieurs reprises, il manda à son sénéchal de Carcassonne de prendre des mesures de rigueur contre les juifs, les faisant tous arrêter et jeter hors du royaume, en 1306, et menaçant de mort ceux d’entre eux qui y rentreraient. Ce même prince qui, en 1295, faisait mine de vouloir modérer l’Inquisition, devait, en 1304, en renforcer la puissance et proscrire comme séditieuse toute ligue formée contre les Inquisiteurs. L’intervention de Philippe le Bel n’avait donc que des mobiles politiques.
Le pape Boniface VIII comprit la gravité de cette mainmise du pouvoir royal sur l’Inquisition et pour montrer à quel point il la repoussait, il ordonna, en octobre 1297, à l’inquisiteur de Carcassonne d’entamer des poursuites pour crime d’hérésie à plusieurs fonctionnaires royaux de Béziers. Ainsi le conflit qui mettait aux prises le pape et le roi, au sujet de la levée des décimes, se compliquait d’un autre conflit à propos de l’Inquisition.
Ce désaccord sembla s’apaiser l’année suivante. Pour prix de certaines concessions pontificales dans le domaine politique et fiscal, Philippe le Bel renonça momentanément à ses empiètements sur l’Inquisition. Dans le sixième livre (le Sexte) qu’il ajouta, le 3 mars 1298, au Corpus juris canonici, Boniface VIII réclama comme un droit absolu de l’Église de requérir le concours sans condition des fonctionnaires séculiers à l’action inquisitoriale, et par conséquent, condamna implicitement les prétentions qu’avait émises Philippe le Bel, en 1295, de ne faire exécuter les sentences de l’Inquisition que lorsque, examinées par lui, elles auraient eu son approbation. Or loin de protester contre cette bulle pontificale à laquelle Boniface VIII attachait une telle importance qu’il l’avait insérée dans le Code même de l’Église universelle, le roi ordonna à ses officiers de la respecter scrupuleusement (6 et 15 septembre 1298).
L’une des conséquences immédiates de ces deux actes fut la soumission des Carcassonnais qui, sous la direction de deux légistes, Guillaume Garric et Guillaume Brunet, maintenaient la vive opposition qu’avait dirigée contre l’Inquisition, les années précédentes, l’archidiacre Sanche Morlane. Dans une assemblée, réunissant les évêques, les abbés, les inquisiteurs de Toulouse et de Carcassonne et des « gens du roi » tels que Jean de Burlas, maître des arbalétriers et Lambert de Thury, seigneur de Saissac et lieutenant du sénéchal, ce dernier obtint de l’inquisiteur Nicolas d’Abbeville le pardon des habitants de Carcassonne. Douze des meneurs, anciens consuls, avocats et notaires, reçurent des pénitences ; la ville dut ériger dans le couvent des Prêcheurs une chapelle en l’honneur de Saint-Louis, récemment canonisé, et les excommunications portées par l’inquisiteur furent levées. En somme, Philippe le Bel abandonnait ceux dont, quatre ans auparavant, il avait encouragé la résistance. Ainsi le comprirent les légistes carcassonnais et en particulier Guillaume Garric et Castel Fabre, qui avaient été sévèrement punis par l’Inquisiteur.
Cette entente entre Philippe le Bel et Boniface VIII fut de courte durée ; en 1300, commencèrent entre eux des négociations difficiles à propos de l’évêque de Pamiers, Bernard de Saisset, dont le roi poursuivait le procès malgré le pape. Aussi le roi reprit-il ses entreprises contre l’Inquisition, avec l’aide dévouée d’un certain nombre de légats et de prélats. L’un des plus acharnés fut un membre du conseil du roi qui devait devenir, en plusieurs affaires graves, le bras droit de Philippe le Bel, Guillaume de Nogaret. Il avait des raisons particulières de haïr l’Inquisition : il appartenait à une famille de cathares de la région de Carcassonne ; son grand-père avait été brûlé comme hérétique et si la législation spirituelle et civile frappant d’incapacité les fils et petits-fils d’hérétiques avait été observée, il n’aurait pas pu occuper les charges importantes qu’il détenait et toutes celles dont la confiance du roi allait le combler.
Les prélats du Languedoc furent, avec des nuances, partisans du roi, le soutenant les uns discrètement, les autres plus ouvertement contre le pape et les inquisiteurs. Leur métropolitain, Gilles Aycelin, archevêque de Narbonne, était le chancelier de Philippe le Bel. Ce fut à plusieurs de ces évêques que le roi confia la surveillance de l’Inquisition. Dans son procès, Bernard Délicieux déclara qu’en 1300, Gaucelm, évêque de Maguelone, et Bérenger Frédol, évêque de Béziers, étaient délégués par le roi et les prélats pour examiner les procès de l’Inquisition, « erant deputati per regem et praelatos et suum consilium ad videndum processus dictorum inquisitorum. »