Le prélat avait été le directeur de la comtesse de Richmond, grand'mère du roi. Elle lui avait recommandé son petit-fils. Henri, qui n'ignorait pas cette circonstance, s'était prêté de bonne grâce aux soins et aux leçons de Fisher, dont il estimait la science et l'onction. La bienveillance du roi égalait la fidélité de l'évêque. Le schisme seul pouvait les séparer.
Henri relégua dans un cachot humide de la Tour celui qu'il avait appelé son maître, un prêtre généreux, le confesseur de son aïeule. Fisher ne se démentit point. Il languit des mois et des mois sous ces lourdes voûtes. Bientôt il manqua de tout. Sa détresse fut extrême. On le priva de viande et de vin. Ses vêtements étaient sordides et déchirés. Il eut faim, il eut froid. Kingston, le lieutenant de la Tour, était surveillé et avait les ordres les plus rigoureux. Le noble prélat n'avait ni encre, ni plume, ni papier. Kingston lui en fournit un jour, et Fisher écrivit à Cromwell pour réclamer de sa charité un adoucissement à ce long jeûne, une soutane, une fourrure et un livre d'heures. Ces demandes furent exaucées.
Le Parlement, au mois de novembre 1534, avait déclaré traîtres tous ceux qui ne s'inclineraient pas devant le roi comme devant le chef de l'Église d'Angleterre. Le nom du pape avait été rayé de tous les paroissiens. Chaque dimanche, les curés de tous les presbytères du royaume devaient monter en chaire et déclarer que le roi était le vrai pape. C'était une forfaiture irrémissible que de ne pas jurer pour la suprématie de Henri Tudor. La terreur aidait partout aux apostasies.
Interrogé le 14 juin 1535, Fisher persista dans un serment conditionnel. Il ne repoussait pas la loi de succession, mais il réservait les mariages et la suprématie du roi, sur lesquels il était décidé à se taire.
C'en fut assez pour être condamné à Westminster-Hall, par un tribunal où Henri avait mêlé aux juges des commissaires qui avaient toute sa confiance. Fisher fut proclamé coupable d'attaques sacriléges contre les attributions royales.
Son arrêt ne l'étonna point et ne lui arracha que ces magnanimes paroles: «J'ai quatre-vingts ans. Je remercie mes juges d'abréger un peu mon dur pèlerinage.»
Quand, le 22 juin, Kingston lui annonça en tremblant que le fatal moment était venu, il était cinq heures du matin. Le prêtre demanda au soldat l'instant précis de l'exécution. «Neuf heures, répondit le lieutenant.—Je vais donc dormir encore,» repartit Fisher; et, à l'admiration de Kingston, le prélat sommeilla sur son oreiller jusqu'à sept heures. Des songes ineffables le visitèrent sans doute, car son visage était radieux. Rare privilége et récompense merveilleuse des convictions profondes! Fisher pensait trouver le ciel avec la même certitude qu'il aurait eue de trouver son palais de Rochester, s'il eût été acquitté.
S'étant levé à sept heures, il s'agenouilla, médita, puis choisit dans ses pauvres habits tout ce qui pouvait parer sa sublime décrépitude. «Cette recherche vous surprend, dit-il à Kingston. Ah! c'est que je me marie avec la mort. C'est elle qui me présentera aujourd'hui à mon Sauveur.» Fisher se vêtit donc de son mieux, et passant à son cou son chapelet, il mit sous son bras le Nouveau Testament, après quoi il monta en chaise. Il lut l'évangile de saint Jean depuis sa chambre jusqu'à Tower-Hill. Un assez grand concours de peuple y était. Avant de se livrer au bourreau, il promena des regards calmes sur l'assemblée et dit: «Que le Seigneur protége l'Angleterre et le roi Henri VIII! J'expire, comme j'ai vécu, pour notre antique religion.» Alors, tout en se baissant pour le supplice, il entonna le Te Deum laudamus, comme autrefois dans sa cathédrale. La hache interrompit son chant. Son corps fut inhumé sans linceul et sans cercueil. Sa tête fut exposée sur le pont de Londres. Elle ne chantait plus, raconte la légende, mais elle remuait les lèvres et priait. Elle fut jetée le cinquième jour à la Tamise.
Elle ne fut jamais ornée du chapeau, quoique Paul III, qui avait remplacé Clément VII, eût fait cardinal l'évêque de Rochester. Le messager de Rome s'arrêta en Picardie, où il apprit le trépas de Fisher. Ce trépas fut même précipité par le don de la barrette. Lorsque le roi sut que le pape honorait de cet insigne son prisonnier, il proféra ce mot féroce: «Fisher ne recevra sa barrette que sur les épaules, car lorsqu'elle arrivera en Angleterre, il n'aura plus de tête.»