La reine quitta Stirling le 24 avril pour retourner à Édimbourg. Elle rencontra Bothwell près d'Almond-Bridge, à l'endroit juste où Jacques V avait mené à bien l'une de ses aventures les plus romanesques et les plus périlleuses. Moins heureuse que son père, Marie continua de perdre son honneur là où Jacques avait failli perdre la vie. Bothwell menait mille cavaliers. Il ordonne d'entourer et de désarmer la faible escorte de la reine. Lui-même s'avance vers elle, s'incline avec grâce et saisit la bride du cheval de Marie. Malgré son bouillant courage, elle garde le silence et ne laisse pas échapper une exclamation soit de surprise, soit d'indignation. Huntly, Maitland et Jacques Melvil faisaient partie de la suite royale.

« Nous fûmes, dit Melvil, investis… (tous trois). On laissa aux autres la faculté de s'en aller. Dès ce moment, le comte dit qu'il épouserait la reine quand même tout le monde et elle-même s'y opposeraient. Le capitaine Blakater, dont j'étais le captif, me dit que tout cela se faisait du consentement de la reine. Le lendemain, j'eus la liberté de me retirer chez moi. »

Le comte de Bothwell regagna la route du château de Dunbar où il commandait. Il dirigeait d'une main son cheval, et de l'autre le cheval de Marie. Le comte avait, en s'adressant à elle, un air d'intelligence, de courtoisie et de triomphe modeste. Il se penchait avec une hardiesse respectueuse pour lui parler, et Marie l'écoutait en souriant. Elle était richement vêtue, dans toute la majesté d'une reine et dans toute la coquetterie d'une jeune femme. Le comte s'était paré, pour cette expédition, avec une élégance militaire. Les plus rares dentelles de Malines plissées à son cou retombaient sur son pourpoint de satin. Son manteau court, à la dernière mode, était doublé de fourrure de Russie. Sa toque de velours vert, surmontée d'une plume de héron, brillait de trois rangs de perles qu'il tenait de la magnificence de la reine. Ses bottes de cuir jaune étaient ornées des éperons d'or des chevaliers. Il portait, suspendue à un baudrier étincelant de pierres précieuses, une épée héréditaire rougie de sang anglais, l'épée de son grand-père le comte Adam Hepburn de Bothwell, qui périt en héros à la bataille de Flodden, et dont le corps fut trouvé percé de trente blessures à côté du cadavre de Jacques IV, son suzerain, qu'il avait défendu jusqu'au dernier soupir. Marie se laissait conduire avec bonheur. La flamme vive qui rayonnait de ses yeux n'était pas celle de la colère. Elle passa dix jours avec Bothwell au château de Dunbar.

La reine ne fut ramenée à Édimbourg que le 3 mai.

Le 8 mai, Kirkaldy de Grange écrivit encore au duc de Bedford. Il lui annonça que la plupart des convives de la taverne d'Ansley, désavouant leur assentiment aux projets de Bothwell, s'étaient assemblés à Stirling, et que là, dans cette capitale du jeune prince, ils avaient juré de dégager leur honneur. Les principaux de cette ligue étaient les comtes d'Argill, de Morton, d'Atholl et de Marr ; les comtes de Glencairn, de Cassilis, de Montrose, de Caithness ; les lords Boyd, Ruthven, Gray, Lindsey, Hume et quelques autres.

« Les points convenus entre eux, ajoutait de Grange, sont : d'abord de délivrer la reine des mains de Bothwell qui a les places fortes, les munitions et commande aux hommes de guerre ; ensuite de s'emparer de la personne du prince pour veiller à sa sûreté ; enfin, de poursuivre les meurtriers du roi. Ils se sont engagés, pour obtenir ces trois choses, à risquer leurs vies et leurs biens. Ils m'ont invité à m'adresser à Votre Seigneurie, pour qu'ils puissent avoir l'assistance de votre souveraine dans la poursuite de ce cruel meurtrier, qui, durant la dernière venue de la reine à Stirling, suborna quelques personnes pour empoisonner le prince… »

Les seigneurs coalisés flottaient entre la France et l'Angleterre. Du Croc, sentant que Marie ne représentait plus l'Écosse, se tournait à demi, malgré sa prudence, vers les confédérés, afin de préserver l'influence de sa cour, et de sauver plus tard la reine elle-même. Il disputait un à un les seigneurs écossais à Bedford, par des menées sourdes, par des offres d'argent, de titres, de rubans. Les confédérés ne découragèrent pas du Croc. Ils agissaient avec lui dans la prévision où Bedford leur manquerait. Mais ils évitaient de s'engager. Car, au fond, ils préféraient de beaucoup l'alliance de leurs puissants voisins à celle des Français. La religion et le territoire, ces deux éloignements entre la France et l'Écosse, étaient deux proximités entre l'Écosse et l'Angleterre.

Élisabeth, effarouchée d'abord par l'audace de lord de Grange et par la révolte des seigneurs contre leur reine, inclina peu à peu à les soutenir.

Pendant que cet orage se formait et que les confédérés parcouraient leurs fiefs, afin de préparer leurs vassaux à la guerre civile, le 12 mai, Marie déclara devant les lords de la session qu'elle avait entièrement recouvré sa liberté, et qu'elle pardonnait à Bothwell la violence qu'il avait exercée sur sa personne. Comme témoignage de sa clémence royale, elle le créa duc d'Orkney, et elle fixa au 15 mai l'époque de son mariage.

L'Écosse fut épouvantée de tant de perfidie et de tant d'audace. La reine brava tout, soit mépris de l'opinion, soit vertige de l'amour, soit que son cœur, éperdu de désirs et inassouvi, trouvât une âpre volupté dans cet immense scandale, soit que la pudeur même du crime lui fût impossible.