« Sa Majesté a envoyé hier milady Howard et ma femme à lady Lennox, afin de lui apprendre son malheur. On n'a pu la garantir, malgré tous les ménagements qui ont été pris, du désespoir où ce crime horrible devait la plonger. Le doyen de Westminster et le docteur Hinck sont restés avec elle cette nuit dernière. J'espère que Sa Majesté sera touchée de compassion pour cette infortunée lady, à laquelle nulle créature humaine ne peut refuser un sentiment de pitié. »
Le 24 mars 1567, le père de Darnley, le comte de Lennox, non moins désolé que la comtesse sa femme, accusa Bothwell de régicide. On s'empressa de convoquer le tribunal et de fixer le jugement au 12 avril. Le comte de Lennox sollicita un délai plus long, afin de rassembler ses preuves et de mieux démontrer la culpabilité de l'accusé. On rejeta cette demande si juste, et la date du 12 avril fut maintenue.
Ce jour-là, dès le matin, la Tolbooth, un prétoire et une prison à la fois, un sombre et double monument, fut entourée par trois cents arquebusiers. Le comte de Bothwell parut dans Édimbourg étonnée, à la tête de cinq mille hommes d'armes que sa faveur avait réunis. Marie, en cette conjoncture, n'épargna ni argent, ni promesses, ni encouragements. Les plus puissants seigneurs s'exécutèrent de bonne grâce, les uns par ambition, les autres par cupidité, quelques-uns par crainte. La terreur inspirée d'abord par Bothwell et sa bande avait redoublé. Elle régnait dans le château d'Holyrood, dans les rues, dans la salle où siégeaient les jurés, tous choisis parmi la haute noblesse, et présidés par le grand justicier du royaume, le comte d'Argill.
Bothwell se rendit à la Tolbooth, entre Maitland et Morton, monté sur un magnifique cheval harnaché et caparaçonné comme celui d'un roi. C'était un don de Marie. Un frisson d'horreur courut dans la multitude, quand elle eut reconnu que le cheval avait appartenu au pauvre Henri Darnley. Bothwell passa sur la place du château. La reine, d'une des fenêtres de sa tour où elle était avec ses dames, lui fit un geste de tendresse que du Croc, l'ambassadeur de France, surprit avec déplaisir. Le comte, en arrivant au tribunal avec sa suite, trouva ses amis et ceux de la reine qui en remplissaient tous les abords, toutes les salles. Il se présenta fièrement à ses juges, et, après les avoir salués, il dirigea ses regards, en souriant ironiquement, vers le fauteuil réservé à son accusateur. Ce fauteuil était vide. Le malheureux Lennox, averti de l'appareil de forces déployé par son ennemi, s'abstint de paraître. Seulement un de ses vassaux se leva, protesta au nom de son maître, et réclama un ajournement. Un juré appuya le sursis d'une voix faible. Tous ses collègues étaient gagnés ou intimidés. Ils n'accédèrent pas à ce vœu d'un père si indignement outragé et bravé. Ils violèrent toutes les lois divines et humaines, la nature et l'équité tout ensemble, en prononçant un verdict d'acquittement. Il y eut dans le texte du jugement une sorte d'ambiguïté et d'hésitation où la honte se trahissait. Le jury déclarait que là où il n'y avait pas d'accusateur, il ne pouvait y avoir de condamné. Odieux sophisme pour échapper à la nécessité, à la convenance d'un sursis contre un scélérat effronté que tous, même ses partisans avoués, déclaraient entre eux coupable du régicide.
Bothwell, dont l'audace croissait avec l'impunité et avec l'amour désordonné de Marie, profita de tous ses avantages. Il engagea la reine à confirmer les donations faites précédemment aux nobles de son royaume, notamment à Murray et à lui-même. Il rassembla quelques jours après les principaux seigneurs de la cour à la taverne d'Ansley, où l'hydromel, le vin et l'hypocras, coulèrent en abondance dans de grands hanaps écossais d'or et d'argent. Les convives étaient illustres. On y remarquait au premier rang Morton, Maitland, Argill, Huntly, Cassilis, Sutherland, Glencairn, Rothes, Caithness, Herries, Hume, Boyd, Seaton et Sainclair. Soit peur, soit haine, soit calculs personnels, soit lâche complaisance, ils signèrent un écrit où ils désignaient pour époux à la reine l'infâme Bothwell, qu'ils déclaraient innocent du meurtre de Darnley. Murray, l'homme le plus éminent de sa patrie, se rendit à Saint-André la veille du crime, et au milieu des préliminaires que nous racontons, la rougeur au visage, il fit avec l'agrément de sa sœur un voyage en France. Il échappa donc deux fois aux horreurs de l'assassinat et au spectacle des noces maudites. La haute considération dont il était investi s'accrut de cette vertu ou plutôt de cette habileté.
« La reine est folle, écrivait à cette époque la main la plus chevaleresque de l'Europe (Kirkaldy de Grange) au duc de Bedford, les nobles sont esclaves, tout ce qui est corrompu domine maintenant à la cour. Dieu puisse nous délivrer! Bientôt la reine épousera Bothwell. Sa passion pour lui a bu toute honte. Peu m'importe, disoit-elle hier, que je perde pour lui France, Écosse et Angleterre. Plutôt que de le quitter, j'irai au bout du monde avec lui en jupon blanc. »
De Grange écrivait une seconde fois au duc de Bedford :
« La reine ne s'arrêtera pas qu'elle n'ait ruiné tout ce qui est honnête ici. On lui a persuadé de se laisser enlever par Bothwell pour accomplir plus tôt leur mariage. C'étoit chose concertée entre eux avant le meurtre de Darnley, dont elle est la conseillère, et son amant l'exécuteur. Beaucoup voudroient venger l'assassinat ; mais on redoute votre reine. On me presse de me charger de la vengeance ; et de deux choses l'une, ou je le vengerai, ou je quitterai le pays. »
Les choses aplanies par sa noblesse, la reine alla le 21 avril à Stirling, où résidait le jeune prince confié aux soins du comte de Marr. Le comte de Marr était l'homme le plus consciencieux de la cour, et la reine l'avait désigné entre tous pour gouverneur de son fils. Au comble de ses déréglements, la tendresse de Marie pour Jacques, quoi qu'on ait dit, était demeurée entière. Pendant son séjour à Stirling elle le recommanda de nouveau à toutes les sollicitudes du comte, elle le recommanda comme « son plus cher joïau » et fit promettre au gouverneur « de ne le délivrer sinon du consentement exprès de la reine. » Sans s'expliquer bien nettement ses craintes obscures, elle prit ainsi ses sûretés contre les exigences et les desseins possibles de Bothwell.
Tranquille comme mère, elle ne se ménagea pas comme femme et comme reine. Elle se disposait d'avance à son enlèvement. « Quant à jouer mon personnage, écrivait-elle à Bothwell, je sçais comme je m'y dois gouverner, me souvenant de la façon que les choses ont été délibérées. Il me semble que votre long service et la grande amitié et faveur que vous portent les seigneurs méritent bien que vous obteniez pardon, encore qu'en ceci vous vous avanciez par-dessus le devoir d'un sujet… »