Dénoncé pour son zèle au cardinal Beatoun, surpris au bourg d'Ormiston et livré par lord Bothwell, George Wishart fut jeté dans un cachot du château de Saint-André. Ce château était à la fois la citadelle et le palais du cardinal, sa place de sûreté et sa résidence habituelle. Il avait une prédilection marquée pour cette demeure, dont les jardins étaient étagés en terrasses comme à Babylone, dont les appartements étaient dignes d'un pape. C'était son Vatican, où il trônait comme primat, où il siégeait comme président de la cour criminelle, au-dessus des prisons qui regorgeaient de victimes, et sous la protection des canons de sa forteresse.
Wishart parut devant ses juges avec le calme de l'innocent et la sincérité du juste. Il déclina les droits du tribunal, mais en déclarant qu'il était prêt à tout souffrir pour Dieu. Paisible en lui-même, replié dans sa conscience, ni les questions provocatrices, ni les injures de ses accusateurs ne purent l'émouvoir. Sa patience même, son attitude candide, sa fermeté douce, irritèrent ses ennemis. Ils redoublèrent d'outrages, et ils le condamnèrent à être brûlé vif. Wishart écouta sa sentence dans un recueillement pieux, sans rougeur, ni pâleur, ni frisson. Sa destinée s'accomplissait. Il sentait que bien mourir lui serait facile. Seulement, d'une voix basse, lente et profonde, mais qui, malgré sa faible sonorité, perça les voûtes du palais et les nuées du ciel, il en appela de ses juges au Christ, leur juge et le sien. Il ajouta qu'il implorait pour unique faveur de se préparer au bûcher par la communion. Cette grâce lui fut refusée, et on le reconduisit dans son cachot. Cependant le lendemain, jour de l'exécution, le gouverneur de la forteresse, à qui il avait été confié, lui offrit à sa table de famille un dernier repas. Le capitaine de la garde qui devait présider au supplice y était invité aussi. Wishart s'empressa d'accepter. Il se montra le plus tranquille des convives, dont l'attendrissement était visible. Lui, tout occupé de son âme, versa le vin, rompit le pain en souriant, les bénit, et communia selon le rituel de Luther. Il parla en homme de Dieu jusqu'au moment où il fallut marcher au supplice. Alors il se leva, embrassa tous les assistants, et s'avança d'un pas assuré vers la grande place, en face du château. Un poteau avait été planté au milieu de cette place. On y attacha Wishart, après l'avoir fait monter sur une pyramide de fagots mêlés de sacs de poudre. Wishart observa d'un regard clair la multitude qui l'entourait ; puis apercevant au grand balcon du palais le cardinal, tout enveloppé de velours et d'hermine : « Vous voyez, dit-il au capitaine de la garde, qui était à la hauteur de Wishart, sur un échafaud volant, vous voyez cet homme superbe qui est venu jouir de mon supplice et savourer mon trépas : que Dieu lui pardonne dans l'éternité comme je lui pardonne! Mais son arrêt est déjà porté, et ses minutes sont comptées. Encore un peu de temps, et il sera suspendu mort à ce balcon d'où il se penche avec un orgueil si insolent et si dur! »
Wishart achevait ces mots, lorsque le feu fut mis aux fagots du bûcher, (janvier 1546). Les sacs de poudre firent explosion, et un long cri du peuple répondit douloureusement au suprême hosanna du martyr expirant dans les flammes.
Quand tout fut terminé, la foule en se retirant se répétait tout bas la prédiction du saint ministre. Cette prédiction circula comme une menace. Il semblait que ce fût une étincelle de la colère divine échappée du bûcher, et cette étincelle, en tombant dans les cœurs, y enflamma la haine contre le cardinal. Une inimitié privée ne tarda pas à s'envenimer encore de cette sourde fureur du peuple.
Le meurtre allait bientôt venger les victimes, et punir le bourreau.
Norman Lesly, fils du comte de Rothes, était l'un des plus braves et des plus hardis seigneurs de l'Écosse. Il s'était signalé dans plusieurs batailles contre les Anglais. Il avait apprivoisé un lion dont il aimait à toucher la crinière, et à provoquer en se jouant les instincts féroces. Il portait dans la vie civile l'arrogance et presque la tyrannie d'un chef militaire. Il eut un différend d'argent avec le puissant cardinal, qui lui persuada de n'avoir pas recours à la justice, et qui lui fixa un dédommagement à court délai. Le délai passé, Lesly se présente chez le cardinal, et le presse de s'acquitter. Le fier prélat répond avec hauteur, et s'écrie, en menaçant Norman : « Vous me manquez de respect. — Vous, reprend le jeune chef hors de lui, vous me manquez de parole, et vous vous en repentirez. »
Les choses en étaient à ce point, lorsque le ressentiment privé de Norman s'enivrant du ressentiment populaire exalté par le supplice de Wishart, ce terrible jeune laird résolut de punir son ennemi particulier, qui était en même temps l'ennemi public. Il s'assura du concours de seize hommes d'élite dont il avait éprouvé l'intrépidité à la guerre. De Grange, son frère d'armes, en était. Le cardinal achevait alors les réparations du château ; et le guichet de la grande porte était libre aux nombreux ouvriers qui travaillaient avec une activité inaccoutumée. Un matin, Lesly et sa petite troupe s'emparèrent du guichet. Il y plaça deux de ses compagnons, qui le fermèrent aux ouvriers ; et lui-même, à la tête de quatorze soldats, désarma les gardes, les domestiques du prélat, et les chassa un à un du château. Le malheureux cardinal, dont le bruit avait éveillé l'attention, et qui avait appelé en vain, pressentit sa destinée, et se barricada dans sa chambre. Bientôt il entendit monter son escalier et frapper à sa porte. Après une assez longue hésitation, Lesly s'étant nommé, il ouvrit. Quinze hommes se précipitèrent dans son appartement, et quinze poignards nus étincelèrent à ses yeux. « Grâce, grâce! s'écria-t-il. — Non, répondit l'un des conjurés, Melvil, un ami de Norman ; non, je ne suis pas, moi, ton ennemi personnel ; et si je me suis joint à cette entreprise, c'est pour venger l'Écosse du tyran qui l'a vendue à la France, c'est pour venger les saints du bourreau qui les a livrés aux tortures et aux bûchers. — Grâce! » répéta le cardinal en se précipitant à genoux comme un suppliant. « Ta grâce sera celle que tu as faite à George Wishart, reprit Melvil. Demande pardon à Dieu, car ton heure est venue. » Il y eut un court intervalle plein d'angoisse pendant lequel le cardinal demanda grâce encore une fois, puis un double signal de Norman Lesly et de Melvil, puis quinze coups de poignard, puis la chute lourde d'un corps sur les dalles. C'en était fait du cardinal Beatoun (mai 1546). Les meurtriers le relevèrent, et, le suspendant au balcon d'où il avait contemplé le supplice de Wishart, ils tinrent à honneur d'accomplir ainsi la prophétie du martyr.
Telle fut cette tragédie, qui épouvanta l'Europe catholique. Beatoun, il est vrai, fut peu regretté de ceux mêmes qui blâmèrent son assassinat. Le sang des victimes criait contre le cardinal, et ce cri étouffa la pitié pour celui qui n'eut jamais de pitié.
De nombreux défenseurs, étrangers à l'assassinat et dévoués au protestantisme, envahirent le château de Saint-André, le gardèrent pendant cinq mois, malgré tous les efforts de l'armée écossaise, commandée par le régent. Mais une flotte arrivait de France, avec une autre armée et des ingénieurs plus habiles.
L'insouciance des assiégés ne s'alarma pas de ces nouveaux ennemis. Ils continuèrent à rire, à boire et à jouer, dans l'espérance des secours de l'Angleterre. La veille de la première attaque des Français, l'orgie se mêlait dans le château au sifflement d'un vent d'orage, aux rumeurs d'un camp, et aux clapotements des flots. Une voix domina tous ces bruits, une voix terrible, la voix de Knox, l'un de ceux qui s'étaient jetés dans le château : « Vous avez été pillards et débauchés, licencieux et impies, s'écria le tribun religieux dans une indignation prophétique ; vous avez ravagé le pays, commis des meurtres et des abominations exécrables. Je vous annonce le jugement prochain du Dieu juste, une captivité dure, et des misères sans nombre. »