Voilà, dans sa gravité funèbre, la dernière lettre de Marie Stuart à Babington.
Elle fut attestée par Babington lui-même, puis par Nau et par Curle, les deux secrétaires de Marie.
Dès que Phelipps eut cette formidable lettre, il jugea que tout était accompli. Il avertit Gilbert Gifford, qui toucha la récompense promise, le prix du sang, et qui se hâta de mettre le détroit entre lui et les malheureux qu'il avait si tortueusement conduits à la boucherie. Maude et les autres espions s'éclipsèrent comme Gifford.
Phelipps quitta Chartley le 24 juillet. Il apportait à son maître les lettres de Babington à Marie Stuart et la réponse, avec les lettres de cette princesse à ses autres amis en Écosse et sur le continent.
C'était assez, c'était trop de preuves. Ballard sollicitait indirectement des passe-ports. Il était impatient de retourner à Reims. Walsingham donna l'ordre de l'arrêter. Instruit de cette mesure, Babington fut saisi d'une soudaine et vague terreur. Son premier mouvement fut de regagner son hôtellerie. Il fit seller précipitamment son cheval, et prit au hasard la route qui s'offrit à lui. Il courut quelques milles avant de retrouver son sang-froid. Le grand air cependant ne tarda pas à dissiper cette panique, et, comme au fond Babington était brave, dévoué, il revint sur ses pas, décidé à jouer intrépidement cette dernière partie, résolu à la mort plutôt qu'au déshonneur.
Il se présenta hardiment à l'hôtel du ministre de la police, le pria de délivrer des passe-ports à Ballard, lui déclara qu'il était lui-même catholique ; que, par ses relations avec les catholiques et son influence sur eux, il pouvait et voulait le servir. Walsingham, feignant de le croire, le remercia, et l'engagea à loger en son propre hôtel, pour que leurs communications fussent plus faciles et plus promptes. Babington ayant accédé à ce désir ou plutôt à ce commandement, s'aperçut bientôt qu'il était gardé à vue, et s'évada.
Ballard fut arrêté. On connaissait les autres conspirateurs. Gifford les avait nommés, signalés. Babington d'ailleurs s'était fait peindre avec les six gentilshommes qui devaient assassiner Élisabeth. Le tableau était surmonté de cette inscription : « Nos périls communs sont les nœuds de notre amitié. » Walsingham, par Gifford, était parvenu à en faire tirer une copie que garda la reine d'Angleterre.
Après l'arrestation de Ballard, les conjurés, se sentant sous la main et sous les yeux de la police, ni Savage, ni aucun autre n'eut l'audace inutile d'attendre dans les jardins, soit à Richmond, soit à Windsor, Élisabeth, pour la frapper. Ils s'échappèrent tous, mais ils furent bientôt pris ainsi que Babington dans un massif de Saint-John's-Wood, où ils s'étaient réfugiés. On les ramena à Londres, et ils furent jetés à la Tour. Jeunes gens du monde pour la plupart, ils avaient acquiescé à un complot comme à une partie de chasse, pour ne se pas séparer et sans se rendre compte de la portée de leur ligue. Le fanatisme chevaleresque de Babington souriait à leur imagination. C'était une chose agréable aux dames de leurs comtés : ce serait une séduction auprès d'elles ; c'était d'ailleurs un lien de plus entre eux. Ils se firent donc presque tous conspirateurs par imitation, par emphase, par affectation de belles manières, par camaraderie, par fougue de tempérament et d'âge, par émulation de bonne compagnie.
« C'était mon triste destin, s'écria Jones devant ses juges, ou de trahir mon ami, ou de rompre mon allégeance et de me perdre, moi et ma postérité. J'ai voulu être compté au nombre des amis fidèles, et je suis condamné comme un traître!… »
« Avant que ceci arrivât, disait Tichbourne au pied de l'échafaud, nous vivions ensemble dans la situation la plus brillante. De qui parlait-on dans le Strand, à Fleet-street, et dans tout autre quartier de Londres, si ce n'est de Babington et de Tichbourne? Dieu sait combien peu les affaires d'État entraient dans ma tête! J'ai toujours refusé de m'en mêler ; mais, par égard pour mon ami, je me suis tu, et j'ai consenti. »