La chambre de parade qui touche à la chambre à coucher de Marie et l'un des cabinets, celui qui, par une ironie du destin, était appelé le cabinet de repos, sont encore comme ils étaient au jour du crime ; et le voyageur qui visite Holyrood rencontre en frémissant dans ces deux pièces les traces néfastes, le plancher marqué de larges taches rouges indélébiles.
Marie comprit vite tous les dangers de sa situation, et, malgré sa douleur, sa grossesse et la fatigue de ses nerfs, elle puisa dans son courage une force inouïe de dissimulation. Sachant que les conjurés allaient l'enfermer dans une forteresse et décerner la couronne à Darnley, elle vainquit l'horreur qu'ils lui inspiraient, et se résolut avec promptitude à les caresser, à les tromper. Elle se montra prête à tout céder. Elle proposa même de signer un bill de sûreté pour tous ceux qui avaient pris part à la conspiration. Elle obtint, par cette conduite, un relâchement de surveillance dont elle profita sans hésitation et sans retard. Elle renouvela ses avances pathétiques à Murray. Elle entreprit de détacher Darnley des conjurés. Le moyen était infaillible. Marie ne balança point, quelle que fût sa haine. Darnley, délivré de son rival, ne souhaitait que de rentrer en grâce. Elle lui fit demander s'il ne consentirait pas à la suivre à Dunbar. Il devint fou de désir à cette ouverture. L'enchantement et la fièvre le saisirent. Pour la perspective d'une heure d'amour avec la reine, il aurait vendu son âme. En cette circonstance, il vendit son honneur ; car il trahissait et livrait, par sa désertion, les conjurés. « Le 12 mars, dit le prince Labanoff, la reine reprit son ascendant sur Darnley. » Elle le reprit soudainement par l'attrait de volupté qu'elle fit briller à ses yeux. Darnley redoutait pour son amour le souvenir de son crime. Il tremblait que Marie n'étendît entre eux pour toujours sur leur couche la dague royale dont Douglas avait percé Riccio, et le poignard qu'il avait enfoncé lui-même. Cette dague et ce poignard sanglants, lorsque Darnley comprit qu'il pourrait les franchir et arriver jusqu'aux bras de la reine, il oublia ses serments, ses amis : il sacrifia tout à son égoïste et frénétique passion.
Il s'entendit avec Erskine, qu'il chargea de préparer des chevaux. Il gagna des gardes, enleva la reine à ses arrêts, et la conduisit à toute bride, d'une seule traite, à Dunbar.
Là, Marie respire un peu. Elle reçoit un message d'Élisabeth et y répond. Sa lettre, datée du 15 mars, semble écrite après un naufrage.
Marie se plaint de sa sœur, qui demande le pardon des coupables, quand leur punition est si juste. Elle, la reine d'Écosse, a été prisonnière dans son palais : son plus fidèle serviteur a été assassiné en sa présence. Le sang de Riccio a rejailli sur elle ; sa propre vie a été en danger ; elle s'est vue forcée de fuir dans la nuit du 11 au 12 mars, pour échapper à ses rebelles. Si Élisabeth les soutient, ce que ne peut penser Marie, tous les princes chrétiens, qui sont solidaires, viendront en aide à la couronne d'Écosse. Marie veut croire à l'amitié d'Élisabeth, lorsqu'elle sera mieux instruite. Elle s'excuse de ne pas réclamer cette amitié précieuse de sa propre main, mais elle est obligée de recourir à une main étrangère. La maladie et les chagrins l'ont brisée!
Tout en écrivant ainsi, Marie ne perdit pas de temps. Elle rassembla huit mille hommes d'armes, et marcha précipitamment sur Édimbourg. Réconciliée en secret avec Murray et le comte d'Argill, elle tourna tout son ressentiment contre les meurtriers de Riccio. Pour mieux les flétrir et les condamner au gré de sa colère, elle défendit, à son de trompe, d'oser accuser le roi d'avoir pris part à cet assassinat. Lui-même renia la conjuration et les conjurés dans une déclaration qui fut affichée sur tous les édifices d'Édimbourg. La reine frappa ensuite les conspirateurs. Quelques-uns eurent la tête tranchée. Les lords Ruthven, Morton et Douglas n'échappèrent au supplice que grâce à la vitesse de leurs chevaux. Plusieurs furent condamnés à l'amende, d'autres au bannissement. Presque tous se réfugièrent à Berwick.
« … J'entends dire, écrit Randolph à Cecil, qu'on parle encore plus mal du roi que d'aucun autre. Une personne qui s'est entretenue lundi dernier avec la reine m'a mandé, comme une chose assurée, que la reine avait résolu de rendre la maison de Lennox, en Écosse, aussi pauvre qu'elle l'a jamais été. Le comte est toujours malade et a l'âme agitée. Il se tient à l'abbaye. Son fils a été le voir une fois, et lui, il a été une fois chez la reine depuis qu'elle est arrivée au château. La reine a lu les originaux de toutes les ligues et associations formées entre le roi et les lords. »
Marie, dans sa tendresse pour son favori, nomma à sa place Joseph Riccio secrétaire des dépêches françaises.
Elle permit à Joseph de succéder aux biens de son frère David. D'après un inventaire secret, dressé par les soins du comte de Bedford et de Thomas Randolph pour les ministres d'Élisabeth, ces biens étaient considérables. Ils furent évalués, en or, à la somme de onze mille livres sterling. La garde-robe de Riccio était magnifique : elle contenait vingt-huit paires de culottes de velours. Son mobilier était d'un prince. Il avait beaucoup d'armes, des poignards, des dagues, des pistolets, des arquebuses, vingt-deux épées. Joseph retrouva tout, à l'exception de quelques poignards et d'un joyau de grand prix que David portait au cou le jour fatal. Ce joyau se perdit ou fut dérobé au milieu des horreurs de l'assassinat. Toutes les lettres de la reine que David avait en dépôt furent respectées. Marie les reçut intactes.
Non contente de ses vengeances contre les meurtriers, de sa munificence pour Joseph, des humiliations de Darnley, la reine ne songeait qu'à honorer la mémoire de Riccio. Elle fit exhumer le cadavre mutilé du favori. Dans l'imprudence de sa douleur et de son amour, qu'elle trahit par cet acte solennel, elle ordonna de transporter le pauvre musicien sous les voûtes de l'abbaye d'Holyrood, palais des rois vivants, sépulture des rois morts. Le sentiment public s'en irrita. La vieille chapelle s'étonna de ce nouvel hôte, et se voila d'une ombre de plus. Triste Saint-Denis écossais, semé de ruines, de sang et de larmes! Humide caveau, tragique monument de grandeur et de néant, dont on ne peut oublier le lierre mélancolique, la nef à demi brisée, la rosace disjointe, les tombes ravagées, quand une fois on a vu tous ces débris de pierres, d'herbes et de souvenirs aux rayons pâles du soleil couchant!