La reine faisait des efforts surhumains pour voler au secours du malheureux Riccio. Le roi avait peine à la contenir. Il la remit à d'autres, et accourut dans la chambre de parade où Riccio expirait. Il demanda s'il n'y avait pas encore de la besogne pour lui, et il enfonça dans ce pauvre cadavre le cinquante-sixième et dernier coup de poignard ; après quoi Riccio fut lié aux pieds avec la corde apportée par l'un des conjurés ; il fut traîné ainsi et descendu le long de l'escalier du palais.
Lord Ruthven rentra dans le cabinet de la reine où la table avait été relevée. Il s'assit, et demanda un peu de vin. La reine s'emporta contre cette insolence. Ruthven répondit qu'il était malade, et se versa lui-même à boire dans une coupe vide, celle de Riccio peut-être, puis il ajouta : « Nous ne voulions pas être gouvernés par un valet. Voici votre mari. C'est lui qui est notre chef. — Est-ce vrai? répliqua la reine, doutant encore de la mort de Riccio. — Depuis quelque temps, vous vous étiez donnée à lui plus souvent qu'à moi, dit Darnley. » La reine allait lui répondre, lorsque vint un de ses officiers auquel elle demanda aussitôt si on avait conduit David en prison, et où? « Madame, il ne faut plus parler de David, car il est mort. » Alors la reine poussa un cri, puis se tournant vers le roi : « Ah! traître, fils de traître, lui dit-elle, voilà la récompense que tu réservais à celui qui t'a fait tant de bien et tant d'honneur! Voilà ma récompense à moi, qui, par son conseil, t'ai élevé à une dignité si haute! Ah! plus de larmes, mais la vengeance! Je n'aurai de joie que lorsque ton cœur sera aussi désolé que l'est aujourd'hui le mien. » En achevant ces paroles, la reine s'évanouit.
Tous les amis qu'elle avait à Holyrood s'enfuirent en désordre ; le comte d'Atholl, les lords Fleming et Levingston s'échappèrent par un couloir obscur. Les comtes de Bothwell et de Huntly se laissèrent glisser le long d'un pilier dans les jardins.
Cependant un frisson avait passé sur la ville. Le tocsin avait sonné ; les bourgeois d'Édimbourg, conduits par le lord prévôt, se rassemblèrent un instant autour d'Holyrood. Ils s'enquirent de la reine qui revenait à elle. Tandis que les conjurés la menaçaient, si elle appelait, de la tuer et de la jeter par-dessus les murs, d'autres conjurés disaient aux bourgeois que tout allait bien, que seulement on avait dagué le favori piémontais qui s'entendait avec le pape et le roi d'Espagne pour détruire la religion du saint Évangile. Darnley lui-même ouvrit une fenêtre de la tour fatale, et pria le peuple de se retirer, l'assurant que tout s'était fait sur l'ordre de la reine, et qu'il serait instruit le lendemain.
Retenue prisonnière dans son propre palais, dans sa chambre à coucher, sans une de ses femmes, Marie demeura seule cette effroyable nuit, livrée à toutes les horreurs de son désespoir. Elle était grosse de six mois. Ses émotions furent si profondes, que le fils de ses entrailles, qui fut depuis Jacques Ier, ne put jamais voir une épée nue sans un tressaillement d'effroi. La terreur de sa mère passa sur cette âme endormie encore dans les limbes qui précèdent la naissance, et cette terreur, ni l'éducation du gentilhomme, ni les efforts du roi ne parvinrent plus tard à la dompter.
Cet assassinat, rendu si cruel par les circonstances de l'exécution, eut deux causes : de la part des seigneurs, une jalousie de pouvoir contre Riccio, dont l'influence sur Marie était absolue ; de la part du roi, une jalousie d'amour qui n'était certes pas sans fondement, si l'on en croit une dépêche de Paul de Foix, ambassadeur de France en Angleterre. Témoignage bien grave qui n'absout pas Darnley, mais qui condamne la reine!
« … Le roy, dit Paul de Foix à Catherine de Médicis, quelques jours auparavant, environ une heure après minuict, seroit allé heurter à la chambre de la royne qui estoit au-dessus de la sienne. Et d'aultant que après avoir plusieurs fois heurté, l'on ne lui respondoit point, il auroit appellé souvant la royne, la priant d'ouvrir, et enfin la menaçant de rompre la porte, à cause de quoy elle lui auroit ouvert ; laquelle le roy trouva seule dedans la chambre ; mais ayant cherché partout, il auroit trouvé dedans le cabinet David en chemise, couvert seullement d'une robe fourrée. »
Henri IV, qui connaissait la vertu des princesses de son siècle, entendant raconter, bien des années après, que les courtisans d'Angleterre nommaient Jacques un Salomon, se prit à sourire, et dit : « Salomon en effet, puisqu'il est fils de David, le joueur de harpe. »
Ces choses consommées, les seigneurs exilés reparurent. Le comte de Murray s'empressa d'aller chez la reine. Elle le reçut avec une affectueuse tristesse, et s'écria : « Ah! mon frère, si vous eussiez été près de moi, on ne m'eût pas traitée ainsi ; » et elle lui montra en même temps le parquet souillé du sang de Riccio.
Ce sang est resté ineffaçable.