Voltaire, quelques jours après son arrivée, assista avec son ami Fleurieu à une séance de l'Académie des sciences et belles-lettres. L'archevêque de Lyon, patron de l'Académie royale, ne pouvait aimer les allusions à la naissance de son neveu; il s'en prit à Voltaire. Pour menacer ses écrits de poursuites on n'avait que l'embarras du choix; il s'entendit avec le duc de Villars, gouverneur de la ville, et Voltaire jugea prudent de quitter Lyon le 9 décembre 1754, en attribuant au discours de Tolomas les tracasseries qui l'inquiétaient. La mauvaise humeur de d'Alembert devait naturellement s'en accroître.
On peut rapprocher de cette affaire Tolomas les efforts de d'Alembert pour obtenir la suppression de la feuille de Fréron, l'Année littéraire.
On attaquait de toutes parts les Encyclopédistes comme ennemis des lois et de la religion. D'Alembert et Diderot étaient traités chaque jour d'empoisonneurs publics. Fréron, que Voltaire a rendu intéressant à force d'injustice, était un des plus violents détracteurs de l'oeuvre. D'Alembert osa porter plainte à M. de Malesherbes, directeur de la librairie. On espérait de lui plus que de la bienveillance pour l'Encyclopédie; on en avait acquis le droit.
M. de Malesherbes, peu de temps avant, forcé par des ordres supérieurs de faire saisir les papiers de Diderot, le fit prévenir quelques heures à l'avance. «On me laisse trop peu de temps! s'écria-t-il, où voulez-vous que je les cache?—Qu'il les envoie chez moi, répondit Malesherbes, ils y seront en sûreté.»
S'il était prêt à protéger ses amis, M. de Malesherbes ne pouvait ni ne voulait persécuter leurs adversaires. Il saisit l'occasion de donner à d'Alembert une leçon de patience et d'équité.
«Mes principes, lui écrivit-il, sont qu'en général toute critique littéraire est permise, et que toute critique qui n'a pour objet que le livre critiqué et dans laquelle l'auteur n'est jugé que d'après son ouvrage, est une critique littéraire.»
Fréron continua sa polémique vigilante et sévère en relevant, non sans esprit, les méprises, les faiblesses et les emprunts de l'Encyclopédie. La voix de Voltaire,
Cette voix qui s'aiguise et vibre comme un glaive,
redoubla de sarcasmes et d'injures contre celui qu'il appelait Zoïle Aliboron et, dans ses jours de grande colère, Cartouche Fréron.
Il ne serait pas juste, en jugeant les faits, d'oublier l'état des esprits. La guerre était déclarée. Quoique faites avec la plume, les blessures étaient dangereuses et les représailles redoutables. L'irritation était universelle. Chaque jour le Parlement supprimait ou condamnait au feu quelque publication nouvelle. L'emprisonnement d'un auteur, son exil sans jugement ou plus souvent encore sa fuite, étaient devenus des événements sans importance. Les imprimeurs et les colporteurs de livres prohibés étaient condamnés avec une rigueur intermittente et capricieuse, tantôt au carcan, tantôt aux galères, quelquefois à mort. De pieux chrétiens, pour avoir obéi à leur conscience, étaient, par une vexation inouïe, privés des sacrements à leur dernière heure et mouraient sans consolation. Un des collaborateurs de l'Encyclopédie, Morellet, venait d'être envoyé à la Bastille. L'abbé de Prades, autre rédacteur des articles théologiques, s'était très prudemment enfui près de Frédéric. «Nous ne pouvons pas en élever un», disait d'Alembert. La confraternité académique et la courtoisie due entre gens de lettres disparaissaient dans ces temps troublés devant les haines de parti. Fréron pour les amis de d'Alembert, pour d'Alembert même, personne dans le parti n'en voulait douter quoique la postérité en doute fort, était un personnage venimeux, un vil spadassin littéraire, l'opprobre de la nation, capable de toutes les infamies et souillé par tous les vices: