Plus tard, le 3 avril 1907, les lignes suivantes furent désignées pour le rachat qui eut lieu effectivement :

Toutes ces lignes furent donc rachetées en 1906 et 1907 pour la somme de 720.878.360 yen comme prix fixe d’achat, augmenté de 61.519.075 yen pour supplément de rachat de constructions, de matériel en stock, etc… ce qui fait la somme totale de 782.397.435 yen soit 1.995.113.459 fr. 25. Ce chiffre indique bien que les chemins de fer japonais sont loin d’avoir la valeur des voies ferrées européennes.

En dehors des lignes précédentes rachetées par l’État et qui constituent le principal réseau ferré de l’Empire, il existe encore plusieurs petites lignes qui continuent à fonctionner en dehors de l’État, entre les mains de sociétés particulières. Ce sont les lignes de :

Bisei, 15 milles ; tête de ligne : Tsushima (Ken d’Aichi) ;

Chugoku, 48 milles ; tête de ligne : Okayama ;

Chuyetsu, 83 milles ; tête de ligne : Shimôseki (Toyama) ;

Hakata wan, 15 milles ; tête de ligne : Fukuoka Ken ;

Iyo, 26 milles ; tête de ligne : Matsuyama ;

Iôbu, 24 milles ; tête de ligne : Saitama ken ;