Dans cette banque d'échange entre l'or de ce monde et les biens du monde à venir, deux choses montrent que Borgia n'était pas un financier vulgaire, mais inventif, un esprit créateur.
Le premier des papes, il déclara officiellement qu'il pouvait d'un mot laver les péchés des morts mêmes, délivrer les âmes souffrantes en purgatoire. C'était bien comprendre son temps. Il devinait parfaitement que, si la foi diminuait, la nature prenait force, que, si l'on était moins chrétien, on devenait plus homme, plus tendre, plus sensible. Quel fils eut eu le cœur de laisser sa mère dans les flammes dévorantes? Quelle mère n'eût payé pour son fils?
Mais si les feux spirituels du purgatoire étaient d'un bon rapport, combien les flammes visibles et temporelles étaient plus sûres encore de faire impression et de tirer l'argent des poches! Qui peut dire ce que rapporta au Saint-Siége la terreur de l'Inquisition? En Allemagne, deux moines envoyés par Innocent VIII dans un petit pays, le diocèse de Trêves, brûlèrent six mille hommes comme sorciers. Nous avons parlé de l'Espagne. Quiconque se sentait en péril courait à Rome, mettait ses biens aux pieds du pape. Que faisait celui-ci? L'avide Sixte IV, si sanguinaire en Italie, se fit doux et bon en Espagne, rappelant à l'Inquisition l'histoire du bon pasteur. Alexandre VI, au contraire, bien plus intelligent, comprit que plus elle brûlerait d'hommes, plus on aurait besoin du pape. Il loua les inquisiteurs, fut cruel en Espagne, clément en Italie; les juifs et Maures, contre lesquels il jetait feu et flammes, le trouvaient chez lui le meilleur des hommes, s'établissaient sous sa protection et apportaient leurs capitaux.
Un pape si bien avec les juifs, ami de Bajazet, avait beaucoup à craindre devant l'armée de la croisade. Il y voyait son mortel ennemi, le cardinal Saint-Pierre, Rovère, neveu de Sixte IV, et qui devint Jules II. Rovère ne l'appelait pas autrement que le Marane (le Maure, le mécréant). Il était pendu à l'oreille du roi, et ne perdait pas un moment pour lui dire et redire qu'il fallait en purger l'Église et déposer ce misérable.
Sous cette terreur, Alexandre VI donna un spectacle étonnant, changeant de volonté de quart d'heure en quart d'heure, ne pouvant s'arrêter à rien. Il appelait Bajazet, qui était trop loin pour venir à temps. Il réparait les murs de Rome, recevait les troupes de Naples. Puis il voulait négocier; il envoyait à Charles VIII. Puis il voulait partir, et il faisait promettre aux cardinaux de le suivre. Ils promettaient, et, sous main, faisaient leurs traités, s'arrangeaient un à un. Personne n'était pour le payer, ni la ville, ni la campagne, qui toute se levait contre lui. L'événement le surprit dans ses fluctuations. Il ne put ni partir, ni traiter, ni combattre. Il se blottit tremblant dans le château Saint-Ange.
Selon un récit populaire, le pape aurait fait dire au roi qu'il ne lui conseillait pas de venir à Rome, parce qu'il y avait peste et famine; que, de plus, son arrivée mettrait le Turc en Italie. À quoi le roi aurait répondu en riant qu'il ne craignait pas la peste; que la mort serait le repos de son pèlerinage; qu'il ne craignait pas la faim; qu'il venait pourvu de vivres pour rétablir l'abondance; et que, pour le Turc, ne demandant qu'à le combattre, il lui saurait gré de venir, de lui épargner moitié du chemin.
Les Français trouvaient le pape jugé par sa peur même. Caché dans le tombeau d'Adrien, il avait l'attitude d'un coupable qui se connaît et se rend justice. Ils ne demandaient qu'à tirer dessus, et tournaient leurs canons vers le vieux nid pour déloger l'oiseau. Mais le Roi avait deux oreilles: à l'une criait l'accusateur, le cardinal Rovère; à l'autre, un peu plus bas, parlait le favori, le marchand de Briçonnet, qui s'était fait évêque et voulait être cardinal. Cette bassesse de cœur que nous avons vue à Florence, elle éclata ici dans tout son lustre: l'homme vendit pour un chapeau l'honneur de la France et l'Église.
Le pape, ainsi sauvé et averti, reprit courage et langage de pape; il fit dire au roi dignement qu'il était prêt à recevoir son serment d'obédience. Le roi qui, en faisant cette lâcheté, s'en voulait cependant et restait de mauvaise humeur, répondit: «D'abord, je veux ouïr la messe à Saint-Pierre; je dînerai ensuite; après quoi, je le recevrai.»
Le président du parlement de Paris régla les conditions:
1o Continuation du privilége secret qu'avaient le roi, la reine et le dauphin (celui de pouvoir entendre la messe, même étant excommunié);