Le procès ne fut pas long; on craignait un retour du peuple. Savonarole, en son cachot, écrivait son commentaire du Miserere, travail qu'il avait réservé pour ce dernier moment. Il put s'y affermir et assurer son cœur par l'accomplissement littéral de sa grande prédiction. Au retour de Charles VIII, il l'avait vu et lui avait prédit qu'il serait frappé en sa famille, et cela s'était vérifié; il perdit ses enfants. Depuis, il avait annoncé la mort du roi. Le 7 avril, au jour même de l'épreuve du bûcher, au jour où le prophète périt moralement, sa parole se vérifiait: Charles VIII périssait aussi, frappé d'apoplexie. Il avait vingt-huit ans, et depuis quelques mois, il semblait s'amender; il se repentait amèrement, dit-on, d'avoir fait tant de fautes dans l'expédition d'Italie; il aurait voulu soulager son peuple. Il essayait de juger lui-même, s'efforçait de rendre attentive sa faible tête, siégeait jusqu'à deux heures de suite à écouter les pauvres. Tout cela trop tard. Son jugement était prononcé, la punition de son abandon de l'Italie, de tant d'ingratitude pour ceux qui l'avaient salué l'envoyé de Dieu.
Le 23 mai, un bûcher fut dressé sur la place, un pieu et une potence; le bûcher, soigneusement arrosé d'huile et de poudre, pour brûler rapidement. On amena Savonarole, l'intrépide et fidèle Domenico, et un autre, Silvestre Maruffi, qui avait persévéré et voulu mourir pour sa foi. On les lia autour du pieu pour le premier supplice, la risée, la malédiction. Du reste, point de formalités; on ne lut pas même la sentence. Le jugement, comme la question et les aveux, resta dans les ténèbres. Le bourreau les dégrada en leur arrachant la robe ecclésiastique. Savonarole pleura, dit-on, sur cette robe dans laquelle il avait vécu tant d'années digne et pur avec la bénédiction d'une telle intimité de Dieu. Il demandait l'hostie et ne l'espérait pas. Mais le pape, consulté d'avance, et qui savait parfaitement qu'on allait faire mourir un saint, avait répondu qu'on pouvait la lui donner tant qu'il voudrait.
L'évêque de Florence ayant dit qu'il les retranchait de l'Église, Savonarole répliqua: «De l'Église militante, oui; mais non pas de la triomphante; cela n'est pas en ton pouvoir.»
On lui donna d'abord la douleur de voir exécuter ceux qui mouraient par lui. Ainsi il resta longtemps seul. Quand le bourreau lui mit la corde et le hissa à la potence, un de ses ennemis craignit qu'il ne mourût trop vite et n'évitât le bûcher, il accourut et mit le feu; l'huile anima la flamme qui monta vive et claire. Cependant une foule de mauvais garçons, d'apprentis, jetaient des pierres au mort balancé dans les airs, poussant des cris de joie s'ils touchaient le cœur ou la face, cette face sacrée sur laquelle, tant de fois, Florence vit avec tremblement passer la lueur de l'Esprit.
Sauf ces furieux en petit nombre, la masse regardait avec tristesse et doute; dans plus d'une âme s'éveillait le repentir. Beaucoup eurent des visions, et des femmes, au retour, tombèrent en extases prophétiques. Leur plus sûre prophétie, conforme à celle du maître, c'était la mort de Florence. Nul parti ne reprit force; les amis, les ennemis de Savonarole étaient frappés également. Ceux-ci firent horreur et dégoût, et les autres pitié. On les vit sur les places, dans des accès de dévotion monacale, faire des rondes en chantant des hymnes ridicules et criant: «Vive Jésus!» À cela se réduisit le viril effort des amis de la liberté.
Florence avait péri, lui seul était sauvé. Beaucoup le virent vivant dans une triple couronne de gloire. Et il l'eut, en effet, cette couronne, dans la pensée de Michel-Ange, où il vécut toujours, dans celle de tous les grands réformateurs qui ont succédé.
Il influa d'autant plus que, n'ayant point leur audace d'esprit, il ne formula rien de spécial, rien d'exclusif. Il ne donna qu'une âme, un souffle, mais qui passa dans tous.
Le génie des prophètes qui fut en lui, il s'est envolé de son bûcher, fixé aux voûtes de la chapelle Sixtine, triomphe de l'Ancien Testament. Il a lancé les études Hébraïques, les Pics et les Reuchlin, précurseurs de Luther.
Le cœur d'un simple et la brûlante parole qui en jaillit ont rallumé le siècle.
On avait tout prévu pour que Savonarole ne laissât aucune trace; des ordres sévères étaient donnés pour que ses cendres recueillies fussent jetées à l'Arno. Mais les soldats qui gardaient le bûcher en pillèrent les reliques eux-mêmes. Ils ne purent empêcher que d'autres n'approchassent, et le cœur, ce cœur pur, plein de Dieu et de la patrie, se retrouva entier dans la main d'un enfant.