Les difficultés commencèrent, comme on pouvait prévoir, surtout du côté franciscain. Ils dirent d'abord qu'ils ne voulaient nul autre que Savonarole. Mais Domenico insista, réclama le bûcher pour lui. Ils dirent ensuite que ce Domenico était peut-être un enchanteur et portait quelque sortilége. Ils exigèrent qu'il quittât ses habits, et, qu'entièrement dépouillé, il en prît d'autres à leur choix. Cérémonie humiliante, sur laquelle on disputa fort. Domenico finit par s'y soumettre. Alors Savonarole lui mit en main le tabernacle qui contenait le Saint-Sacrement et qui devait le préserver. «Quoi! s'écrièrent les franciscains, vous exposez l'hostie à brûler. Quel scandale, quelle pierre d'achoppement pour les faibles!» Savonarole ne céda point. Il répondit que son ami n'attendait son salut que du Dieu qu'il portait.
Pendant ces longues discussions qui prirent des heures, la masse du peuple, qui était sur les toits depuis l'aube et se morfondait sans manger ni boire, frémissait d'impatience et tâchait en vain de comprendre les motifs d'un si long retard. Elle ne s'en prenait pas aux franciscains qui faisaient les difficultés. Elle s'irritait plutôt contre les autres qui, sûrs de leur miracle et d'être sauvés de toute façon, n'avaient que faire de chicaner. Elle regardait la place d'un œil sauvage, farouche d'attente et de désir. Cet horrible bûcher lui portait à la tête, lui donnait des vertiges, une soif bestiale de meurtre et de mort. Quoi qu'il advînt, il lui fallait un mort. Et elle ne pardonnait pas que l'on frustrât sa rage.
Tout au milieu de ces transports, un orage éclate, une pluie à torrents qui noie les spectateurs... La nuit, d'ailleurs, était venue. La Seigneurie congédia l'assemblée.
Savonarole était perdu. Il fut assailli d'outrages en retournant à son couvent. Il n'en fut pas moins intrépide, monta en chaire, raconta ce qui venait de se passer, du reste sans vouloir échapper à son sort. Le lendemain, dimanche des Rameaux, il fit ses adieux au peuple et dit qu'il était prêt à mourir. Tous ses ennemis étaient à la cathédrale et ameutaient la foule; le parti des compagnacci, l'armée des libertins, des riches, les amis des tyrans, criant tous à la liberté, disaient qu'il était temps de se débarrasser de ce fourbe, de cet hypocrite, qui avait fait un cloître de la joyeuse Florence, de ce prêcheur de pauvreté qui faisait mourir le commerce, tuait le travail, affamait l'industrie. Eh! sans les riches contre lesquels il parle, qui fera travailler les pauvres?... Ce raisonnement, tant de fois répété, entraîna tout le peuple maigre. On prit des barres de fer, des haches et des marteaux, des torches enflammées. On courut à Saint-Marc, où les partisans de Savonarole entendaient les vêpres. Ils fermèrent en hâte les portes, mais elles furent brûlées; il leur fallut livrer leur maître, avec Domenico et un troisième; la foule les traîna en prison avec des cris de fureur et de joie; la république était sauvée...
La Seigneurie ne parut nulle part en tout ceci. De neuf membres, six étaient les secrets ennemis de Savonarole. Ils laissèrent faire. La nuit avait calmé le peuple. Les compagnacci, au matin, n'en frappèrent pas moins un coup de terreur. Ils prirent Francesco Valori, l'austère républicain qui avait fait voter la mort des traîtres; un parent de ceux-ci le tua en pleine rue, et on tua encore sa femme et la femme d'un de leurs amis. Les partisans de Savonarole n'osèrent plus se montrer. C'est ce qu'on voulait. On convoqua le peuple et on lui fit nommer de nouveaux juges, de nouveaux décemvirs de la guerre. Tout cela vivement et gaiement. La ville reprit l'ancien aspect. Les nouveaux magistrats, aimables et bons vivants, encourageaient les jeux et les amusements publics. On dansa dans les places bien nettoyées de sang; les brelans et les femmes perdues reparurent.
Cependant Alexandre VI faisait instruire à Rome le procès de Savonarole. Il eût voulu tirer une sentence de la justice romaine, du tribunal de Rote. Mais, chose inattendue, qui honore les jurisconsultes italiens, ils soutinrent qu'il n'y avait rien à dire contre l'accusé. Le pape ne trouva que le général des dominicains qui osât entamer ce procès. Ainsi l'ordre de Savonarole le répudia à la mort; il fut jugé, condamné par les siens.
Les moines nous ont donné ce moine, nous l'acceptons; il compte parmi les martyrs de la liberté.
Les crimes de Savonarole étaient trop faciles à prouver; qu'était-ce? des paroles que tout le monde avait entendues, des révélations prophétiques que l'événement avait justifiées. On ne l'en mit pas moins à la torture, et cruellement, et plusieurs fois, dans l'espoir d'en tirer, par l'excès de la douleur, quelques mots indignes de lui. Que répondit-il? Qui le sait? Dans les ténèbres d'une chambre de tortures, au milieu de ses ennemis, quels étaient les témoins pour instruire la postérité? On sait l'usage invariable des jugements ecclésiastiques: c'est d'affirmer que le coupable a avoué, tout rétracté, qu'il s'est démenti à la mort. Depuis que l'Église n'a plus le chevalet ni l'estrapade, elle a toujours le confesseur qui suit le patient bon gré mal gré, et qui ne manque pas de dire du plus ferme des nôtres: «Il s'est reconnu heureusement, il a abjuré ses folies. C'était un grand misérable! Mais, grâce à Dieu, il a fait une très-bonne fin.»
Il en fut ainsi de Savonarole. Ses ennemis assurèrent qu'il avait avoué dans la torture, puis désavoué ses aveux, puis confessé encore dans une nouvelle épreuve, sa nature très-nerveuse et physiquement faible ne lui permettant pas de lutter contre la douleur.
Du reste, quoi qu'il ait avoué, ou quoi qu'on ait écrit de faux dans sa prétendue confession, on ne hasarda pas de la lui faire connaître ni de le mettre à même de réclamer. On ne la lui lut point sur l'échafaud, comme la loi le voulait. Il mourut sans savoir ce qu'on lui faisait dire, laissant sa mémoire aux faussaires qui purent à volonté ajouter ou retrancher.