Le roi lui-même avait besoin de Dieu dans cette grande détresse, et après ses humiliations de l'Hôtel de Ville. La sœur fit lire à son frère, à sa mère, l'Ancien et le Nouveau Testament. Le lecteur était Michel d'Arande, aumônier de Marguerite, ami, élève de Briçonnet, le mystique évêque de Meaux.
La petite communauté, réfugiée à Meaux autour du vénérable Lefebvre et sous la protection de l'évêque Briçonnet réunissait des personnes de croyances très-diverses. Briçonnet, Lefebvre, et leurs disciples Roussel et Arande, aumôniers de Marguerite, étaient simplement des mystiques, âmes pieuses et tendres, qui ne voulaient de réforme que douce, par l'amour seul et par les lents moyens de l'éducation des enfants. D'autres étaient des humanistes, des critiques, des érudits, comme l'hébraïsant Vatable, première racine du Collége de France, et le Suisse Glareanus, historien rationaliste, qui, avant Vico et Niebuhr, a librement discuté les origines de Rome.
Il n'y avait, à proprement parler, qu'un protestant au milieu d'eux, un vaillant petit homme roux, d'une verve incomparable, Farel, l'apôtre de la Suisse française, le précurseur de Calvin. Les ouvriers de la ville étaient tout autre chose encore, si nous en jugeons par le plus célèbre, le cardeur de laine Leclerc, homme de main et d'action, briseur d'images et d'idoles, un Polyeucte né pour courir au martyre, pour ravir la palme et la mort.
Marguerite, le roi et sa mère étaient favorables aux mystiques, indulgents pour les protestants qui s'en distinguaient peu encore. La sotte violence des sorbonnistes révoltait le roi. Ils avaient condamné d'ensemble, avec Luther, le vieux Lefebvre, pour cette hérésie énorme d'avoir dit que sous le nom de Madeleine il y avait dans l'Évangile trois personnes différentes. Le roi fit plus d'une fois arracher les placards de la Sorbonne, et couvrit de sa protection un gentilhomme distingué, Berquin, qui traduisait et répandait des ouvrages de Luther. Le Parlement brûla ces livres, n'osant encore brûler l'auteur.
Un grand événement populaire changea l'aspect des choses.
Depuis 1519 jusqu'en 1522, les Augustins des Pays-Bas soutenaient, surtout à Anvers, une lutte violente pour les antiques doctrines de leur ordre, renouvelées et glorifiées par Luther. Leurs supérieurs, traînés à Bruxelles, furent forcés de se rétracter, mais les moines persévérèrent. En octobre 1522, la gouvernante Marguerite d'Autriche (sur un ordre d'Espagne sans doute) prêta main-forte au clergé, ferma le couvent d'Anvers. Les moines furent jetés en prison et condamnés à mort. Quelques-uns ayant échappé, de pieuses et bonnes Flamandes, intrépides par charité, les disputèrent à leurs bourreaux, en sauvèrent un, Henri de Zutphen. Elles en cachèrent trois autres. En attendant, on sévit contre les pierres mêmes. Le couvent dut être détruit. On en vendit les vases comme profanés et souillés. Le saint sacrement en fut extrait solennellement, et reçu en grande pompe dans l'église de la Vierge par la gouvernante des Pays-Bas.
Peu de temps auparavant, le clergé anglais avait fait mourir, comme disciple de l'ancien Wicleff, un ouvrier, Thomas Man qui, enfermé depuis 1511, s'était enfin échappé et enseignait dans les greniers de Londres ou dans les bois de Windsor. À Coventry, quatre cordonniers, un gantier, un bonnetier et une veuve, madame Smith, furent brûlés vifs pour avoir enseigné à leurs enfants le Pater et le Credo en anglais.
Ces événements exécrables encouragèrent la Sorbonne. Elle alla jusqu'à défendre non-seulement les traductions de l'Évangile, mais même des prières françaises à la Vierge, même l'Évangile latin de Robert Estienne.
Dans un travail excellent d'un protestant impartial, le professeur Schmidt de Strasbourg, se trouve établie, jour par jour et dans un très-grand détail, la preuve que, de 1521 à 1535, François Ier eut besoin du plus vigoureux emploi du pouvoir et de beaucoup de mesures arbitraires et violentes, pour défendre les protestants contre l'autorité légale, le clergé, le Parlement, et contre le peuple; on appelait surtout ainsi la canaille des petits clercs, aboyant dans la rue Saint-Jacques aux ordres des gros bonnets qui leur donnaient les bénéfices. Ajoutez les marchands, clients du clergé, les vieilles femmes éperdues pour leurs Vierges et leurs reliques, etc., etc.
Ni François Ier, ni sa sœur, n'étaient protestants. Elle était tendre et mystique, lui artiste et fort idolâtre, surtout des images vivantes. Ils lisaient, il est vrai, la Bible. Mais jamais il n'y eut d'esprit moins biblique que François Ier.