La terrible affaire de Bruxelles les embarrassa (à la fin de 1522). Charles-Quint prenait l'initiative de prêter au clergé le secours du bras séculier. Qu'allait faire le roi? Grave question pour l'alliance du pape et les affaires d'Italie, non moins grave à l'intérieur où le besoin d'argent l'obligeait à solliciter sans cesse des décimes ecclésiastiques. La noblesse, à ce moment, se déclarait pour Bourbon, la robe le favorisait. Le roi allait-il rejeter aussi les prêtres vers lui et vers Charles-Quint?
La cour dès lors se divise. Tandis que Marguerite à Paris, à Lyon, écoute les sermons des mystiques, tandis que le roi, devant lui, fait représenter des farces où se gourment le pape et Luther, la reine-mère consulte la Sorbonne «sur le moyen d'extirper le luthéranisme.» À quoi les docteurs répondent assez durement: Que le roi n'exécute pas les arrêts du Parlement, qu'il faut punir les coupables, les faire rétracter, «de quelque rang qu'ils soient.» Allusion à la sœur du roi.
Mais le roi est pris à Pavie, sa sœur part. La digue est rompue. La Sorbonne et le Parlement sont émancipés. La reine mère, pour regagner le pape, lui demande le meilleur remède au luthéranisme. Il répond: «L'Inquisition.»
Pour n'avoir pas celle de Rome, on en fait une gallicane, mais non moins cruelle, composée de deux sorbonnistes et de deux parlementaires. Elle saisit Jacques Pavannes, qui d'abord s'était rétracté, et qui désavouait sa rétractation. Il est brûlé, et avec lui un ermite de la forêt de Livry. (Plus haut, j'ai mis ce fait deux ans trop tôt, sur la foi du Bourgeois de Paris, qui visiblement se trompe.)
De grandes et terribles scènes se passèrent à Metz, à Nancy. La révolution voisine des pays d'Allemagne, dont une bande passa en Lorraine, avait étroitement ligué les autorités laïques et ecclésiastiques. Jean Chastellain, cordelier, un ardent wallon de Tournay, fut brûlé le 12 janvier 1525. C'est le premier martyre du protestantisme français. Sa mort en suscita un autre, le cardeur Leclerc, réfugié en Lorraine. Déjà à Meaux, il avait été cruellement flagellé, marqué. Sa mère, non moins intrépide, l'avait exhortée elle-même. Au moment où le fer rouge fut approché de son fils, elle s'était troublée d'abord; puis, relevée, elle cria: «Vive Dieu! et le signe de Dieu!»
Leclerc emporta dans sa fuite le cri de sa mère, la soif du martyre. Il prit l'occasion la plus populaire. Il y avait une grande fête à Metz. Toute la ville, à certain jour, allait à une chapelle renommée de la Vierge. Leclerc, indigné des honneurs rendus à l'idole, rêva longtemps de l'abattre. Il était poursuivi des mots de l'Exode: «Tu briseras les faux dieux.» La veille même de la fête, il mit la Vierge en morceaux. Le lendemain, tout un peuple arrive, voit, s'émeut, entre en fureur. Leclerc pris ne désavoue rien.
Il épuisa tous les supplices, le fer et le feu; on lui coupa d'abord le poing, on lui arracha le nez, on lui tenailla les deux bras, on lui brûla les mamelles. Pendant ce temps, il criait les violentes moqueries du psaume: «Leurs dieux sont dieux de fabrique; ils ont des yeux pour ne pas voir, une bouche pour ne pas parler... Et ceux qui les font leur ressemblent, etc.» Il épouvanta ses bourreaux, qui le brûlaient à petit feu. (Juillet 1525.)
Notre Parlement de Paris fut jaloux de Metz. Il précipita l'affaire de Berquin, malgré une lettre du roi. Il était brûlé, si le roi, enfin délivré, n'eût trouvé le temps à Bayonne, où il resta un moment, d'écrire un ordre absolu de surseoir.
Tout ce qu'une mère, une tendre sœur, peut faire pour les siens, Marguerite le fit pour les persécutés. Ceux d'entre eux qui avaient été obligés de fuir à Strasbourg y trouvèrent ses secours et ses recommandations; du fond de l'Espagne, elle était présente et elle agissait.
Le retour du roi fut le triomphe commun des hommes du protestantisme et de ceux de la Renaissance. L'illustre médecin de la reine mère, Agrippa, qui l'avait quittée, osa revenir en France. Le bon vieux Lefebvre, qui était en fuite, fut rappelé avec honneur par le roi, qui lui confia le plus jeune et le plus chéri de ses fils, le Benjamin de Marguerite.