La chose était fort scabreuse. Il s'agissait d'un homme certainement aimé du roi, autorisé par lui dans son accusation récente contre la Sorbonne. Le Parlement hésitait. Un miracle fit encore l'affaire. Un serviteur de Berquin, qui, dit-on, allait brûler des livres qui le compromettaient, passe devant une image de la Vierge, est frappé, s'évanouit. On trouvait justement sur lui les preuves dont on avait besoin. Un dominicain les saisit et les porte au Parlement.
Entre le roi et la Sorbonne, entre l'enclume et le marteau, le Parlement crut prendre un temps moyen. Il condamna Berquin, mais non pas à mort, seulement à finir ses jours dans un in pace au pain et à l'eau. Appel au roi. Mais il était à Blois. Le Parlement, mécontent de l'appel, étourdi des cris, entraîné, enveloppé, rendit cette sentence atroce: Que Berquin mourrait dans deux heures. Il était dix heures du matin. Il fut étranglé, brûlé à midi.
Pendant que le roi s'étonne, s'indigne de tant d'audace, Béda lui fait une guerre plus directe et plus personnelle.
Notre ambassadeur à Londres, Jean du Bellay, était revenu à Paris pour obtenir de la Faculté une décision favorable au divorce. Affaire véritablement grave, où Henri VIII jouait sa couronne. Londres et le commerce anglais étaient furieux de la rupture avec la Flandre. Le grand chancelier d'Espagne, Gattinara, avait dit: «Il sera chassé dans trois mois.» La femme répudiée, Catherine d'Aragon, une sainte Espagnole douée de toute l'opiniâtreté aragonaise, devenait le centre des résistances. Elle envoya à Henri VIII une prophétesse épileptique pour le menacer. Les ardents champions de la reine, les moines, en présence d'Henri, prêchèrent que son sang, comme celui d'Achab, serait léché par les chiens.
La décision des universités du continent pour ou contre le divorce devait avoir un grand poids près du peuple d'Angleterre. Il ne tint pas à Béda que la Faculté de Paris ne fût contre. Il s'entendait publiquement avec les docteurs espagnols que Charles-Quint avait envoyés, et travaillait bravement avec eux pour l'Empereur.
Au premier mot que Du Bellay dit à la Sorbonne, Béda l'arrêta, disant: «On sait que le roi veut complaire au roi d'Angleterre.»
François Ier essaya d'influencer la Sorbonne par le Parlement. Mais ce corps, souvent servile pour le roi, l'était bien plus pour le clergé. Il fit le mort. Béda vainqueur, fit décider par la Sorbonne qu'elle ne ferait rien que par ordre du roi, lui renvoyant ainsi toute la responsabilité de la chose, le forçant de se déclarer nettement pour Henri VIII, de briser avec Charles-Quint. Le roi sollicita, négocia et ne l'emporta qu'à une faible majorité.
Il eût voulu une enquête sur les manœuvres de Béda. À la première séance, comme on recueillait les votes, les partisans de ce dernier avaient arraché les pièces au bedeau et empêché de voter. Ce bedeau, gardien des registres, avouait qu'on l'avait forcé de faire un faux dans le procès-verbal. Le Parlement éluda, ajourna l'enquête, disant qu'elle nuirait plutôt au roi d'Angleterre, c'est-à-dire irriterait la Sorbonne contre les deux rois.
François Ier était d'autant plus ulcéré de l'entente de Béda avec les Espagnols, qu'à ce moment il venait de recouvrer ses enfants, et trouvait sur leur visage, changé et méconnaissable, la trace de leur captivité. Béda, dans ce moment d'humeur, pouvait payer pour Charles-Quint. Le roi parlait de le faire enlever. C'eût été le faire adorer. Les sots l'auraient canonisé.
Le mieux était certainement, sans frapper la vieille Sorbonne, de lui élever en face une vraie école de science, école laïque, gratuite, qui enseignât pour tous, librement, en pleine lumière, à portes ouvertes! et fît déserter peu à peu le nid des chauves-souris.