Si Charpentier était un âne en mathématiques, il ne l'était pas dans l'intrigue. Dans le procès des jésuites qui les établit en France, il se mit pour eux, et par là gagna le cardinal de Lorraine, vieux camarade de classe de Ramus, qui jusque-là le protégeait. Il s'unit intimement à l'évêque Vigor et autres futurs ligueurs qui déjà depuis longtemps demandaient la Saint-Barthélemy. Enfin, quand Ramus, en péril, menacé par eux comme protestant, quitta Paris et suivit l'armée de Coligny, Charpentier se mit à la tête des professeurs bien pensants pour demander que les fuyards, les renégats de l'Université, ne pussent y rentrer jamais. À la paix de 1570, Ramus ne trouva plus sa chaire; il eut par grâce un abri dans sa propre maison, dans le collége de Presles, qu'il avait recréé, et même rebâti de son argent.
De ce grenier rayonnait une lumière importune. Toute l'Europe y avait les yeux. Les universités d'Italie, d'Allemagne, de Hongrie, de Pologne, offraient des chaires à Ramus. L'Angleterre acceptait ses doctrines; ses livres, un siècle encore après, y furent commentés par Milton.
Cela était intolérable. Les futurs ligueurs poussaient contre lui des cris de mort. Charpentier mettait la main sur la garde de son épée: «Si j'ai quitté la toge pour l'épée, dit-il, Caton, Cicéron, en firent autant. Le pape aussi. N'a-t-il pas pris son glaive, sonné la charge, combattu avec nous, tout au moins de son argent? La terreur dont vous vous plaignez est un moyen légitime. Les proscriptions! N'en parlez pas, car vous y feriez penser... Prenez garde! prenez garde! Vous ne songez pas assez à l'issue que tout ceci peut avoir...»
Charpentier avait raison. On ne respecte pas assez la redoutable armée des sots, imposants à tant de titres, surtout comme majorité. Elle n'entend pas raillerie. Le spirituel diplomate Jean de Montluc le dit à Ramus, et voulut l'emmener en Pologne, où il allait travailler l'élection du duc d'Anjou. Il eût voulu seulement que Ramus l'y aidât de son éloquence. Ce grand homme, qui était un honnête homme, n'accepta nullement d'entrer dans ce tripotage.
Il resta, et il périt.
Ce fut le mardi 26 août, quand la première fureur était calmée, quand les protestants étaient massacrés pour la plupart, mais qu'on glanait ici et là, chacun cherchant ses ennemis.
Charpentier ne parut pas. Mais le peuple fit l'affaire. Le peuple, c'était un tailleur et un sergent, avec une bonne escouade de gens payés. Ils ne cherchèrent pas au hasard, mais allèrent droit à l'adresse, forcèrent la porte du collége, montèrent sans hésitation au cinquième, où Ramus avait son cabinet de travail.
Ils le trouvèrent qui priait. L'un tira à bout portant, et pourtant si mal, qu'il tira à la muraille. L'autre, plus habile, lui passa une épée au travers du corps. Palpitant, on le jeta du cinquième étage. Il vivait encore.
Les enfants (on a toujours des enfants pour ces fêtes-là) le traînèrent à la rivière; dans la route, un chirurgien coupa, emporta la tête (sans doute pour Charpentier).
Quelque temps, le corps surnagea près du pont Saint-Michel. Mais des bourgeois, qui trouvaient qu'il n'en avait pas assez, payèrent des bateliers pour ramener le corps au rivage, où les petits écoliers lui donnèrent le fouet.