Reprenons les origines vénérables de la Ligue.
De fort bonne heure, le clergé avait senti que notre royauté française, violente, mais capricieuse, n'aurait pas la tenue terrible, la suite dans la persécution, qu'eut la royauté espagnole. La tourbe ecclésiastique disait dès le 5 mars 1559, quand elle trouva un obstacle dans la police royale: «S'il le faut, on tuera le roi.» C'est le premier mot de la Ligue.
Le Parlement, comme la royauté, avait ses variations, des alternatives de douceur et de cruauté, quelques magistrats humains, comme furent les Séguier, les Harlay, vers 1558. La robe était très-flottante. On a vu, au grand massacre, ce procureur capitaine qui ne tuait pas, «n'étant pas encore parvenu à se mettre assez en colère.»
La noblesse catholique n'était pas solide non plus. Vigor, le grand précurseur du massacre, s'en plaignait: «Nostre noblesse ne veut frapper... Dieu permettra que cette bâtarde noblesse soit accablée par la commune.»
Donc le clergé crut plus sûr de faire ses affaires lui-même.
Au premier mot que dit le roi en 1561 pour avoir un état des biens ecclésiastiques, ce mot, qui sentait la vente, poussa le clergé de Paris, assemblé à Notre-Dame, à l'acte le plus décisif; son premier pas fut le dernier, l'appel à la guerre étrangère. D'une part, il se remet à la protection du roi d'Espagne. D'autre part, il s'adressa à Guise. Le capitaine souverain du parti dont parle l'acte de 1577 apparaît quinze ans plus tôt. Premier acte de la Ligue, en mai 1561.
La mort de François de Guise entrava. On n'y perdit rien; tout fut arrangé à loisir. D'autre part, on prépara le futur capitaine Henri en concentrant chez les Guises une monstrueuse force d'argent, les revenus de quinze évêchés, et plus tard cinq gouvernements du royaume. Facilité de nourrir une grosse maison armée, d'acheter des bravi, des reîtres. Voilà le premier trésor de la Ligue.
C'était peu de chose en campagne, mais beaucoup dans une grande ville. Paris fut travaillé de main de maître. Les confréries y donnaient prise. Mais, pour les mettre en mouvement, il ne suffisait pas des moines, troupes légères, d'action variable. Il fallait l'action fixe de l'évêché et des cures si puissantes de Paris.
Il suffit de regarder le formidable édifice de Notre-Dame et d'en savoir les origines pour comprendre ce qui se fit. Albigeois, juifs et templiers, jetés dans ses fondements, annoncent, dès le moyen âge, ce qu'en doit au XVIe siècle attendre le protestantisme.
On éleva à l'épiscopat Gondi, propre fils du comte de Retz, le principal conseiller de la Saint-Barthélemy. On choisit pour toutes les cures un personnel admirable des plus véhéments prêcheurs. La violence, de génération en génération, monta, et de curé en curé. Le furieux Vigor, curé de Saint-Paul, était un agneau en comparaison de ses élèves. Prévôt de Saint-Séverin forma à l'invective l'incomparable Boucher, curé de Saint-Benoît. Et, de ces modèles illustres, partit le Gascon Guincestre, le curé de Saint-Gervais, qui, joignant les actes aux paroles, enleva la foule enivrée en poignardant sur l'autel une poupée d'Henri III.