La machine d'éducation s'organisa sur l'Europe dans des proportions immenses. En Allemagne, de 1550 à 1570. On eût cru qu'après Ferdinand, qui fonda leur premier collége, ils iraient plus lentement. Son fils les favorisa peu. Mais les filles de ce fils, en revanche, leur appartinrent, et répandirent les Jésuites au fond même du Tyrol et dans toute l'Allemagne du Midi. Ils purent, cinquante ans d'avance, jeter les bases profondes de leur œuvre capitale, la Guerre de trente ans.
En France, plus contestés, mal vus par les parlements, attaqués par les gallicans, ils eurent cependant une action plus directe encore, et par l'intrigue, et par l'enseignement.
Indépendamment de leur collége de Clermont et autres, qui, en dix ans, élevèrent dans un bigotisme étroit, meurtrier, la fatale génération qui va reprendre la Ligue, ils dirigent, ou ils inspirent, les séminaires de prêtres anglais, qui, à Rome, Douai, Saint-Omer et Reims, forment les dévots renards qu'on jettera en Angleterre.
Vers l'année 1577, les Jésuites, par cette double force de la direction et de l'enseignement, se trouvaient la tête réelle du monde catholique. Ils devinrent hommes d'État et directement acteurs dans les affaires humaines. Leur Père Possevin agit en Pologne et dans le Nord, y mena toute l'intrigue diplomatique. De leurs séminaires de France sortirent les auteurs réels des conspirations d'Angleterre.
Tout cela, en apparence, de concert avec l'Espagne, mais, comme on va voir, souvent dans une voie fort indépendante et suspecte à Philippe II.
Un caractère de ce parti, si fin et si informé, c'était d'être cependant extrêmement chimérique. Il est visible qu'il avait bâti tout un roman sur Don Juan d'Autriche, le bâtard de Charles-Quint. Roman qui péchait par la base. On voulait employer Philippe à fonder et élever cette dangereuse création qui aurait tourné contre lui. Et on le supposait si simple, qu'il irait les yeux fermés, sans être éclairé au moins par la jalousie!
On gagna d'abord sur Philippe de ne pas faire le bâtard prêtre, comme l'avait recommandé Charles-Quint dans son testament. On gagna encore sur lui de lui faire donner un commandement, de l'employer à la guerre des Mauresques, guerre intérieure et facile, qui lui assurait des succès. Don Juan, doux et adroit, se montra si dévoué dans l'affaire de Don Carlos (où la mort du fils, il est vrai, était toute à son profit), que Philippe n'hésita pas à investir ce jeune homme modeste du plus brillant commandement, celui de la flotte chrétienne qui battit les Turcs à Lépante (1571). Don Juan vainquit par les Vénitiens (cf. Hammer, Charrière, etc.), comme Guise à Dormans vainquit par Strozzi, dont personne ne parla.
Voilà le héros catholique. Jeune, vainqueur, agréable à tous, rayonnant dans ses cheveux blonds, parmi les fêtes enivrantes que lui donna l'Italie, il commence à se découvrir. Il dit des mots qui font penser: «Qui n'avance pas recule.» Et encore: «Si quelqu'un aime plus la gloire, je me jette par la fenêtre.» Les Guises (du moins le cardinal) étaient alors en Italie. Le lien se forme, lien d'amitié, qui sera plus tard alliance. À ce héros il faut un trône. Les uns disaient à Philippe que, comme époux de Marie Stuart, il vaudrait mieux que Norfolk. D'autres, quand Don Juan s'empare de Tunis, font écrire par le pape au roi qu'il devrait créer pour son frère cette royauté de Barbarie.
Philippe commence à comprendre. Il répond qu'il veut démolir Tunis. Il éloigne de son frère un confident dangereux, met près de lui un espion, un certain Escovedo. Mais celui-ci tourne, se donne à Don Juan, travaille pour lui à Rome, devient la cheville ouvrière du grand projet de la royauté.
En 1574, on revient à la charge près de Philippe pour l'affaire d'Angleterre, et encore en 1577. L'homme influent près le roi était alors le jeune secrétaire Perez. On tâche de le gagner aux intérêts de Don Juan, qui veut aller aux Pays-Bas. Perez révèle tout au roi. Philippe est bien étonné, effrayé même, quand il voit arriver Don Juan, à qui il a défendu de venir. Cependant, soit obsession, soit plutôt dans la pensée qu'il le perdrait plus sûrement dans une aventure impossible, il l'envoie aux Pays-Bas.